前段時間在幫女朋友做基于MIMICIII的臨床數(shù)據(jù)分析往枷，需要用到傾向性分析，下面總結一下個人在這個過程中積累的知識和學習的R包自沧。1.什么是傾向性分析：2.PSM纵柿，CBPS，I...
IP屬地：浙江
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R中完成PSM沪编，CBPS憾赁，IPTW，Doubly robust estimation總結 -
可變剪切軟件CASH測試
可變剪切介紹： 什么是基因的可變剪切毒返？ 有些基因的前體mRNA（pre-mRNA）通過不同的剪接方式（選擇不同的剪接位點）產(chǎn)生不同的mRNA剪接異構體租幕，這一過程稱為可變剪接（...
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里程碑生存分析（Milestone suvival）(上）:概述隨著免疫治療和靶向治療的發(fā)展，原有的腫瘤生存率分析出現(xiàn)了局限性拧簸。免疫檢查點是指植入免疫系統(tǒng)的大量抑制通路劲绪，這些通路對于維持自我耐受性和調(diào)節(jié)外周組織生理免疫反應的持續(xù)時間和幅度...
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centos 安裝brew
MAC 上homebrew 比較好用 因此也準備在centos上安裝 brew 主要參考官網(wǎng)教程 Homebrew 官網(wǎng) 很顯然安裝失敗 git clone 方式安裝 按成成...
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運行STAR時遇到的錯誤
在開始對比時读整，使用如下參數(shù) 出現(xiàn)如下錯誤BAMoutput.cpp:27:BAMoutput: exiting because of OUTPUT FILE error: c...
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謝謝詩翔，正好用到咱娶。
【r<-基礎|方案|轉載】怎么在終端運行R腳本
轉載地址：http://www.cnblogs.com/lexus/archive/2011/12/01/2271287.html 在復習 《An Introduction ...
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Cell Ontology:解析細胞類型新維度記得在文章CD8+CD28- Treg||我就不信就我一個人覺得現(xiàn)有的細胞群命名有點麻煩和文章單細胞數(shù)據(jù)科學的十一個重大挑戰(zhàn)中米间，我們提出過傳統(tǒng)細胞類型定義的困惑：細胞名稱及其...
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【r<-分析|繪圖】 使用NMF包繪制熱圖
學習文檔:https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中...
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NMF rank度量圖該怎么看幕布筆記 NMF W basis H coefficients Rank選擇 圖 Sparseness 殘差和殘差平方和自不必說 dispersion 離差In statis...
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簡單直觀地理解非負矩陣分解NMF我對NMF的理解是一個反反復復的過程，時懂時不懂膘侮，因此在這里簡單記錄下我目前清醒的認知屈糊。 NMF的基本思想可以簡單描述為：對于任意給定的一個非負矩陣A，NMF算法能夠?qū)ふ业揭?..
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廈大本科昧诱，清華生科院博士生在讀，對表觀遺傳所袁，計算生物學盏档，發(fā)育生物學領域感興趣
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處理SAM、BAM你需要Samtools
關于SAM Sam: I Want You! sam是短序列比對默認的標準格式纲熏，由sanger制定妆丘，是以TAB為分割符的文本格式。主要應用于測序序列mapping到基因組上的...
