前段時(shí)間在幫女朋友做基于MIMICIII的臨床數(shù)據(jù)分析，需要用到傾向性分析丸升，下面總結(jié)一下個(gè)人在這個(gè)過程中積累的知識和學(xué)習(xí)的R包粗仓。1.什么是傾向性分析：2.PSM譬挚，CBPS空民，I...
IP屬地：貴州
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R中完成PSM，CBPS，IPTW焚志，Doubly robust estimation總結(jié) -
可變剪切軟件CASH測試
可變剪切介紹： 什么是基因的可變剪切衔瓮？ 有些基因的前體mRNA（pre-mRNA）通過不同的剪接方式（選擇不同的剪接位點(diǎn)）產(chǎn)生不同的mRNA剪接異構(gòu)體，這一過程稱為可變剪接（...
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里程碑生存分析（Milestone suvival）(上）:概述隨著免疫治療和靶向治療的發(fā)展抖甘，原有的腫瘤生存率分析出現(xiàn)了局限性报辱。免疫檢查點(diǎn)是指植入免疫系統(tǒng)的大量抑制通路，這些通路對于維持自我耐受性和調(diào)節(jié)外周組織生理免疫反應(yīng)的持續(xù)時(shí)間和幅度...
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centos 安裝brew
MAC 上homebrew 比較好用 因此也準(zhǔn)備在centos上安裝 brew 主要參考官網(wǎng)教程 Homebrew 官網(wǎng) 很顯然安裝失敗 git clone 方式安裝 按成成...
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運(yùn)行STAR時(shí)遇到的錯(cuò)誤
在開始對比時(shí)袒啼，使用如下參數(shù) 出現(xiàn)如下錯(cuò)誤BAMoutput.cpp:27:BAMoutput: exiting because of OUTPUT FILE error: c...
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謝謝詩翔哈扮，正好用到。
【r<-基礎(chǔ)|方案|轉(zhuǎn)載】怎么在終端運(yùn)行R腳本
轉(zhuǎn)載地址：http://www.cnblogs.com/lexus/archive/2011/12/01/2271287.html 在復(fù)習(xí) 《An Introduction ...
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Cell Ontology:解析細(xì)胞類型新維度記得在文章CD8+CD28- Treg||我就不信就我一個(gè)人覺得現(xiàn)有的細(xì)胞群命名有點(diǎn)麻煩和文章單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)的十一個(gè)重大挑戰(zhàn)中蚓再，我們提出過傳統(tǒng)細(xì)胞類型定義的困惑：細(xì)胞名稱及其...
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【r<-分析|繪圖】 使用NMF包繪制熱圖
學(xué)習(xí)文檔:https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中...
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NMF rank度量圖該怎么看幕布筆記 NMF W basis H coefficients Rank選擇 圖 Sparseness 殘差和殘差平方和自不必說 dispersion 離差I(lǐng)n statis...
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簡單直觀地理解非負(fù)矩陣分解NMF我對NMF的理解是一個(gè)反反復(fù)復(fù)的過程滑肉，時(shí)懂時(shí)不懂，因此在這里簡單記錄下我目前清醒的認(rèn)知摘仅。 NMF的基本思想可以簡單描述為：對于任意給定的一個(gè)非負(fù)矩陣A靶庙，NMF算法能夠?qū)ふ业揭?..
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廈大本科矾端，清華生科院博士生在讀恬吕，對表觀遺傳，計(jì)算生物學(xué)须床，發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域感興趣
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處理SAM铐料、BAM你需要Samtools
關(guān)于SAM Sam: I Want You! sam是短序列比對默認(rèn)的標(biāo)準(zhǔn)格式，由sanger制定，是以TAB為分割符的文本格式钠惩。主要應(yīng)用于測序序列mapping到基因組上的...
