@Biofantasy 應(yīng)該是read1和read2標(biāo)反了，因?yàn)楦鶕?jù)bam文件的flag值可以看出來服猪，163 應(yīng)該是 read paired撑柔， read mapped in proper pair南吮，second in pair的結(jié)果源葫，所以應(yīng)該是read2 實(shí)際是read1检疫，read1實(shí)際是read2
lanzinuo 評(píng)論自雙端測序中read1和read2的關(guān)系
文件句柄的概念 在Perl中帮碰，文件句柄就是一個(gè)程序與外界文件間的I/O聯(lián)系的名稱相味，又可以理解為一種通道。即一個(gè)文件句柄建立了程序本身與外界某一文件之間的一個(gè)專用聯(lián)系通道殉挽，這種...
前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重復(fù)樣本的處理ATAC-Seq要求必須有2次或更多次生物學(xué)重復(fù)（十分珍貴或者稀有樣本除外丰涉，但必須做至少2次技術(shù)重復(fù)）。理論上重復(fù)樣本...
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里斯碌，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對）一死，現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個(gè)很火的軟件：STAR。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
從三大核酸數(shù)據(jù)庫NCBI傻唾、Ensembl投慈、UCSC 下載參考序列及注釋文件 0.人類基因組版本對應(yīng)關(guān)系 NCBIEnsemblUCSCGRCh36release_52hg18...
本文就以生信小白的角度，簡述bowtie2的下載冠骄、安裝及使用伪煤。關(guān)于bowtie2的使用教程非常豐富，具體的概念本文不再贅述凛辣，只對操作過程進(jìn)行簡(xi)簡(zhi)單(ru)單...
導(dǎo)讀 轉(zhuǎn)錄組測序一般期望得到的是mRNA的信息抱既，但是總RNA當(dāng)中絕大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是無用的扁誓，所以需要去除總RNA中的rRNA防泵，獲得較純的mRNA蚀之。真核生...
Trimmomatic是一個(gè)廣受歡迎的Tllumina平臺(tái)數(shù)據(jù)過濾工具，支持多線程軟件有兩種模式 SE 和 PE 用法 單末端測序模式 在SE模式下捷泞，只有一個(gè)輸入文件和一個(gè)過...
劉小澤寫于2020.5.6首先是ChIP-seq分析的前言介紹部分：1：了解ChIP-seq的實(shí)驗(yàn)流程2：繼續(xù)了解ChIP-seq3：關(guān)于ChIP-seq的實(shí)驗(yàn)對照與偏差來源...
在NGS分析入門階段足删，我們不需要考慮太多的細(xì)節(jié)，只用知道一個(gè)分析的大致流程并完整跑下來即可锁右。太多的細(xì)節(jié)失受，只會(huì)讓我們對于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼，因此一些“無關(guān)緊要“細(xì)節(jié)就被我們刻...
一直鐘愛印象筆記咏瑟，程序員的電腦上必裝的軟件贱纠，但最近期限到了，再也不能像以前無限制的上傳文件响蕴，續(xù)費(fèi)也比去年的只要九塊九一年高出了很多倍，因此惠桃，注冊試用了其他的筆記浦夷，發(fā)現(xiàn)云筆記眾...
本篇文章主要介紹游離DNA的發(fā)現(xiàn)歷史。 真核生物辜王，DNA作為遺傳物質(zhì)主要存在于細(xì)胞核里面劈狐。血漿中竟然存在未被細(xì)胞包裹的DNA片段，最早是怎么發(fā)現(xiàn)的呢呐馆？ 游離DNA的發(fā)現(xiàn) 令人...
所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
參考鏈接： 用法大全: 官方說明：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.htmlBedtool...
對于集合的可視化肥缔，第一時(shí)間想到的都是韋恩圖（venn diagram），一般集合不超過5個(gè)的時(shí)候汹来，可視化效果還是不錯(cuò)的 但是一旦數(shù)據(jù)集增加续膳，比如說五個(gè)的時(shí)候，你就很難從圖中解...
一收班、背景介紹 通常坟岔，BED文件的overlap/intersect的操作，可以BEDtools intersect功能完成overlap和統(tǒng)計(jì)：Bedtolols inter...
上一期講到了GRanges的特點(diǎn)摔桦，這一期我們講講其具體用法社付。 首先我們需要引入一個(gè)新的函數(shù)DataFrame，它與data.frame類似邻耕，但是它的列變量可以是任何類型鸥咖，比如...
一、不求甚解系列 軟件下載及配置 conda安裝： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER軟件的...
在實(shí)戰(zhàn)之前啼辣，首先對CHIP-seq分析做一些了解，以下是從各個(gè)地方copy過來綜合起來的碘饼，有些散亂熙兔，是我認(rèn)為重要以及應(yīng)該了解的知識(shí)點(diǎn)悲伶。chip-seq 實(shí)戰(zhàn)就跟在轉(zhuǎn)錄組和外顯...
這是我第一次寫簡書上面的文章，為什么這一次提筆想記錄一下整個(gè)下午自己遇見問題住涉，解決問題的過程麸锉，以前都是自己解決完問題記錄在有道云筆記上就OK了，今天感覺像這樣的過程在以往的科...
