生信小小白
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@Biofantasy 應該是read1和read2標反了揖赴，因為根據(jù)bam文件的flag值可以看出來袖牙，163 應該是 read paired， read mapped in proper pair搁骑，second in pair的結果喂江，所以應該是read2 實際是read1汁蝶，read1實際是read2
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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Perl學習筆記4——I/O位仁、文件測試、目錄操作
文件句柄的概念 在Perl中嫂伞，文件句柄就是一個程序與外界文件間的I/O聯(lián)系的名稱孔厉，又可以理解為一種通道。即一個文件句柄建立了程序本身與外界某一文件之間的一個專用聯(lián)系通道帖努，這種...
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第6篇：重復樣本的處理——IDR前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重復樣本的處理ATAC-Seq要求必須有2次或更多次生物學重復（十分珍貴或者稀有樣本除外拴清，但必須做至少2次技術重復）陨帆。理論上重復樣本...
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比對軟件STAR的使用
在之前的學習和練習里，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對），現(xiàn)在學習另一個很火的軟件：STAR肢扯。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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參考基因組及注釋文件下載從三大核酸數(shù)據(jù)庫NCBI较解、Ensembl笤昨、UCSC 下載參考序列及注釋文件 0.人類基因組版本對應關系 NCBIEnsemblUCSCGRCh36release_52hg18...
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生信小白——初學 bowtie2
本文就以生信小白的角度我注，簡述bowtie2的下載、安裝及使用舅柜。關于bowtie2的使用教程非常豐富梭纹，具體的概念本文不再贅述，只對操作過程進行簡(xi)簡(zhi)單(ru)單...
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宏轉錄組分析：SortMeRNA鑒定過濾rRNA導讀 轉錄組測序一般期望得到的是mRNA的信息致份，但是總RNA當中絕大部分都是rRNA变抽。rRNA的信息一般是無用的，所以需要去除總RNA中的rRNA氮块，獲得較純的mRNA绍载。真核生...
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Trimmomatic使用說明
Trimmomatic是一個廣受歡迎的Tllumina平臺數(shù)據(jù)過濾工具，支持多線程軟件有兩種模式 SE 和 PE 用法 單末端測序模式 在SE模式下滔蝉，只有一個輸入文件和一個過...
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ChIP-seq數(shù)據(jù)比對注意事項劉小澤寫于2020.5.6首先是ChIP-seq分析的前言介紹部分：1：了解ChIP-seq的實驗流程2：繼續(xù)了解ChIP-seq3：關于ChIP-seq的實驗對照與偏差來源...
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討厭又迷人的reads去重復在NGS分析入門階段击儡，我們不需要考慮太多的細節(jié)，只用知道一個分析的大致流程并完整跑下來即可蝠引。太多的細節(jié)阳谍，只會讓我們對于分析產生莫須有的恐懼蛀柴，因此一些“無關緊要“細節(jié)就被我們刻...
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推薦幾款好用的云筆記軟件一直鐘愛印象筆記，程序員的電腦上必裝的軟件矫夯，但最近期限到了鸽疾，再也不能像以前無限制的上傳文件，續(xù)費也比去年的只要九塊九一年高出了很多倍训貌，因此制肮，注冊試用了其他的筆記，發(fā)現(xiàn)云筆記眾...
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大話cfDNA--起源篇本篇文章主要介紹游離DNA的發(fā)現(xiàn)歷史旺订。 真核生物弄企，DNA作為遺傳物質主要存在于細胞核里面超燃。血漿中竟然存在未被細胞包裹的DNA片段区拳，最早是怎么發(fā)現(xiàn)的呢？ 游離DNA的發(fā)現(xiàn) 令人...
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R語言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過的最形象的教程所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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【不定期更新】Bedtools大全--42個子命令介紹參考鏈接： 用法大全: 官方說明：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.htmlBedtool...
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UpSetR：集合可視化神包對于集合的可視化意乓，第一時間想到的都是韋恩圖（venn diagram）樱调，一般集合不超過5個的時候，可視化效果還是不錯的 但是一旦數(shù)據(jù)集增加届良，比如說五個的時候笆凌，你就很難從圖中解...
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Intervene: BED文件的intersect和繪制韋恩圖一、背景介紹 通常士葫，BED文件的overlap/intersect的操作乞而，可以BEDtools intersect功能完成overlap和統(tǒng)計：Bedtolols inter...
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bioconductor入門——第三彈
上一期講到了GRanges的特點，這一期我們講講其具體用法慢显。 首先我們需要引入一個新的函數(shù)DataFrame爪模，它與data.frame類似，但是它的列變量可以是任何類型荚藻，比如...
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motif分析——從實戰(zhàn)到原理（Homer篇）一屋灌、不求甚解系列 軟件下載及配置 conda安裝： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER軟件的...
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ChIP-seq實踐（非轉錄因子，非組蛋白）在實戰(zhàn)之前应狱，首先對CHIP-seq分析做一些了解共郭，以下是從各個地方copy過來綜合起來的，有些散亂疾呻，是我認為重要以及應該了解的知識點除嘹。chip-seq 實戰(zhàn)就跟在轉錄組和外顯...
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R語言循環(huán)多個文件畫圖生成一個or批量生成多個pdf文件
這是我第一次寫簡書上面的文章，為什么這一次提筆想記錄一下整個下午自己遇見問題岸蜗，解決問題的過程尉咕，以前都是自己解決完問題記錄在有道云筆記上就OK了，今天感覺像這樣的過程在以往的科...