@Biofantasy 應(yīng)該是read1和read2標(biāo)反了，因?yàn)楦鶕?jù)bam文件的flag值可以看出來(lái)，163 應(yīng)該是 read paired茧泪， read mapped in proper pair翁涤，second in pair的結(jié)果蚂会，所以應(yīng)該是read2 實(shí)際是read1勾效，read1實(shí)際是read2
lanzinuo 評(píng)論自雙端測(cè)序中read1和read2的關(guān)系
文件句柄的概念 在Perl中枝笨，文件句柄就是一個(gè)程序與外界文件間的I/O聯(lián)系的名稱，又可以理解為一種通道。即一個(gè)文件句柄建立了程序本身與外界某一文件之間的一個(gè)專用聯(lián)系通道伺帘，這種...
前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重復(fù)樣本的處理ATAC-Seq要求必須有2次或更多次生物學(xué)重復(fù)（十分珍貴或者稀有樣本除外昭躺，但必須做至少2次技術(shù)重復(fù)）。理論上重復(fù)樣本...
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里伪嫁，比對(duì)這一步我使用過(guò)bowtie2（DNA比對(duì)）和hisat2（RNA-seq比對(duì)）领炫，現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個(gè)很火的軟件：STAR。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
從三大核酸數(shù)據(jù)庫(kù)NCBI张咳、Ensembl帝洪、UCSC 下載參考序列及注釋文件 0.人類基因組版本對(duì)應(yīng)關(guān)系 NCBIEnsemblUCSCGRCh36release_52hg18...
本文就以生信小白的角度，簡(jiǎn)述bowtie2的下載脚猾、安裝及使用葱峡。關(guān)于bowtie2的使用教程非常豐富，具體的概念本文不再贅述龙助，只對(duì)操作過(guò)程進(jìn)行簡(jiǎn)(xi)簡(jiǎn)(zhi)單(ru)單...
導(dǎo)讀 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般期望得到的是mRNA的信息砰奕，但是總RNA當(dāng)中絕大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是無(wú)用的提鸟，所以需要去除總RNA中的rRNA军援，獲得較純的mRNA。真核生...
Trimmomatic是一個(gè)廣受歡迎的Tllumina平臺(tái)數(shù)據(jù)過(guò)濾工具称勋，支持多線程軟件有兩種模式 SE 和 PE 用法 單末端測(cè)序模式 在SE模式下胸哥，只有一個(gè)輸入文件和一個(gè)過(guò)...
劉小澤寫于2020.5.6首先是ChIP-seq分析的前言介紹部分：1：了解ChIP-seq的實(shí)驗(yàn)流程2：繼續(xù)了解ChIP-seq3：關(guān)于ChIP-seq的實(shí)驗(yàn)對(duì)照與偏差來(lái)源...
在NGS分析入門階段，我們不需要考慮太多的細(xì)節(jié)赡鲜，只用知道一個(gè)分析的大致流程并完整跑下來(lái)即可空厌。太多的細(xì)節(jié)，只會(huì)讓我們對(duì)于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼银酬，因此一些“無(wú)關(guān)緊要“細(xì)節(jié)就被我們刻...
一直鐘愛(ài)印象筆記嘲更，程序員的電腦上必裝的軟件，但最近期限到了揩瞪，再也不能像以前無(wú)限制的上傳文件哮内，續(xù)費(fèi)也比去年的只要九塊九一年高出了很多倍，因此壮韭，注冊(cè)試用了其他的筆記，發(fā)現(xiàn)云筆記眾...
本篇文章主要介紹游離DNA的發(fā)現(xiàn)歷史纹因。 真核生物喷屋，DNA作為遺傳物質(zhì)主要存在于細(xì)胞核里面。血漿中竟然存在未被細(xì)胞包裹的DNA片段瞭恰，最早是怎么發(fā)現(xiàn)的呢屯曹？ 游離DNA的發(fā)現(xiàn) 令人...
所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
參考鏈接： 用法大全: 官方說(shuō)明：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.htmlBedtool...
對(duì)于集合的可視化，第一時(shí)間想到的都是韋恩圖（venn diagram），一般集合不超過(guò)5個(gè)的時(shí)候恶耽，可視化效果還是不錯(cuò)的 但是一旦數(shù)據(jù)集增加密任，比如說(shuō)五個(gè)的時(shí)候，你就很難從圖中解...
一偷俭、背景介紹 通常浪讳，BED文件的overlap/intersect的操作，可以BEDtools intersect功能完成overlap和統(tǒng)計(jì)：Bedtolols inter...
上一期講到了GRanges的特點(diǎn)涌萤，這一期我們講講其具體用法淹遵。 首先我們需要引入一個(gè)新的函數(shù)DataFrame，它與data.frame類似负溪，但是它的列變量可以是任何類型透揣，比如...
一、不求甚解系列 軟件下載及配置 conda安裝： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER軟件的...
在實(shí)戰(zhàn)之前辐真，首先對(duì)CHIP-seq分析做一些了解，以下是從各個(gè)地方copy過(guò)來(lái)綜合起來(lái)的崖堤，有些散亂侍咱，是我認(rèn)為重要以及應(yīng)該了解的知識(shí)點(diǎn)。chip-seq 實(shí)戰(zhàn)就跟在轉(zhuǎn)錄組和外顯...
這是我第一次寫簡(jiǎn)書上面的文章倘感，為什么這一次提筆想記錄一下整個(gè)下午自己遇見(jiàn)問(wèn)題放坏，解決問(wèn)題的過(guò)程，以前都是自己解決完問(wèn)題記錄在有道云筆記上就OK了老玛，今天感覺(jué)像這樣的過(guò)程在以往的科...
