ABBA-BABA分析方法最早發(fā)布于2012年NATURE的文章：Butterfly genome reveals promiscuous exchange of mimic...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖北
-
ABBA-BABA遺傳滲入分析（Dsuite軟件） -
吾為鏡晓淀，汝樂论寨，吾笑，汝悲奉瘤，吾泣泌射，汝言說，吾聆聽鞠苟，汝歸去乞榨，吾忘記。
-
RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體当娱，又如R包c(diǎn)hromoMap吃既，IdeoViz，karyploteR跨细，ggbio和在線工具Idiographica鹦倚，雖然能繪制直的...
-
序列比對(duì)軟件 MUMmer 高級(jí)使用（二）
快速上手的話見上一篇，這篇詳細(xì)介紹一下 MUMmer 4 軟件下 nucmer 程序的詳細(xì)參數(shù)冀惭。 序列比對(duì)軟件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jian...
-
很多帖子被下架了散休。以后開直播帶貨吧媒楼。寫不動(dòng)技術(shù)貼了。
-
選擇清除分析軟件XP-CLR的安裝折騰之路1. 原版 安裝比較簡(jiǎn)單溃槐。 直接運(yùn)行bin下的XPCLR即可匣砖，若不能運(yùn)行，則編譯下： 原版分析時(shí)準(zhǔn)備文件過程較為繁瑣昏滴，因此更建議使用Python版猴鲫。 2. Python版本 ...
-
自然雜交研究中有關(guān)漸滲和基因流的軟件2021-08-05
(1)Migrate-n （2)BayesASS3 (3)NewHybrids (4)parallelnewhybrid (5)introgress (6)ABBA-BABA...
-
使用GEMMA進(jìn)行復(fù)雜性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合線性模型的GWAS分析軟件（文獻(xiàn)信息...
-
10.GWAS：LD decay(LD衰減）—— PopLDdecay關(guān)于連鎖不平衡的詳細(xì)介紹在之前的帖子里有說過，這里就不再贅述谣殊，本篇主要介紹LD decay的計(jì)算拂共。1.GWAS：原理與目的 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[https:...
-
TRF (Tandem Repeat Finder) 搜尋串聯(lián)重復(fù)序列官網(wǎng)：http://tandem.bu.edu/trf/trf.html[http://tandem.bu.edu/trf/trf.html] 一、安裝 conda一鍵安裝 ...
-
利用氨基酸計(jì)算mcmc分化時(shí)間1. 多序列比對(duì)文件轉(zhuǎn)phylip 樹文件姻几，在orthofinder下面由物種樹直接拷貝宜狐，刪除枝長势告。 3.修改ctl文件 4. 運(yùn)行第一次mcmc，生成out.BV抚恒，利用co...
-
插件 | 基于序列的 T2T 基因組的著絲粒區(qū)域自動(dòng)判斷寫在前面 Emmm咱台，基因組組裝質(zhì)量的評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)有很多，伴隨著測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展俭驮，尤其是 pacbio hifi 和 nanopore回溺，現(xiàn)在越來越多基因組可以組裝到 T2T 水平...
-
R語言三種方法繪制餅圖R語言中繪制餅圖，有基礎(chǔ)繪圖包的pie()函數(shù)混萝，但是做出來的圖不夠美觀遗遵。ggplot2及其拓展包做出來的圖美觀。下面提供三種以ggplot2及其拓展包繪制餅圖的方法逸嘀。 以mt...
-
bcftools：根據(jù)染色體提取vcf中的信息
根據(jù)染色體提取vcf中的信息： bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_...
-
GWAS | 2.群體結(jié)構(gòu) structure嚴(yán)格意義上說遺傳進(jìn)化中的群體結(jié)構(gòu)應(yīng)該包括PCA车要、群體進(jìn)化樹和群體STRUCRURE，傳統(tǒng)的PCA和群體進(jìn)化樹只能直觀的了解群體中個(gè)體的分類關(guān)系崭倘，但無法解釋群體間具體的分群數(shù)目...
-
使用RGAugury鑒定基因組中的抗性基因RGAugury：用于全基因組預(yù)測(cè)植物抗性基因類似物 (RGA) 的管道論文地址：https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles...
-
國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心（NGDC）---組學(xué)原始數(shù)據(jù)如何上傳GSA前言 在發(fā)表文章之前我們需要將測(cè)序的原始數(shù)據(jù)上傳到一個(gè)公共庫翼岁，并在文中提供accession number，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的公開共享绳姨，這是國際慣例登澜。以前我們上傳數(shù)據(jù)時(shí)只能上傳到美國...
-
GAPIT結(jié)果運(yùn)算和匯總
我們GWAS常用的軟件GAPIT很方便阔挠，但是如果表型數(shù)據(jù)多飘庄，將最后的數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總和處理將也是一件很麻煩的事情。這里购撼，我嘗試編寫了一個(gè)小腳本跪削，可以在GAPIT成功運(yùn)行之后，將所...
-
用ANNOVAR自建數(shù)據(jù)庫注釋基因組
annovar簡(jiǎn)介 在我們做重測(cè)序迂求，或者比較基因組學(xué)分析的時(shí)候碾盐，我們往往在call snp或者indel的時(shí)候，需要對(duì)我們的變異位點(diǎn)進(jìn)行注釋揩局，而annovar官網(wǎng)提供的注釋庫...
-
基因組文章 | 木薯《Mol Plant》/《Genome Biol》2021
2021年4月毫玖，中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院李開綿研究員團(tuán)隊(duì)牽頭完成了高質(zhì)量單倍型木薯基因組，相關(guān)研究成果“Allele-defined Genome Reveals Bialleli...
