畢業(yè)于山東大學(xué)缘圈，具有6年生物信息分析工作經(jīng)驗(yàn)，一直從事動(dòng)植物及人的重測序方向西轩。擅長群體重測序及GWAS分析彭羹；進(jìn)行過NIPT，CNV舱痘，腫瘤ctDNA，遺傳腫瘤等人類健康方向相關(guān)的分析离赫；使用linux芭逝，perl，R渊胸，git等
發(fā)簡信
IP屬地：江蘇
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生物信息學(xué)
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本小推車專門推各種perl相關(guān)的基本語法介紹接剩，資源，應(yīng)用萨咳。特別是與生物信息學(xué)應(yīng)用相關(guān)的文章懊缺。 ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看培他。 ?? perl基本語法鹃两，比如和python語法的區(qū)別 ?? perl上下文，比如將列表賦值給標(biāo)量會(huì)發(fā)生什么 ?? perl特殊變量舀凛，比如$_ $/ $\ ?? perl入門怔毛，比如循環(huán)，常見的正則使用等 ?? perl進(jìn)階腾降，比如引用，比如map grep等 ?? perl高級(jí)碎绎，比如命名空間螃壤，繼承，閉包等 ?? perl的單行程序筋帖，比如與linux的各個(gè)工具搭配 ?? perl常用模塊奸晴，比如File::Basename Yaml ?? perl繪圖，比如svg模塊日麸，GD模塊寄啼，circos工具等等 ?? perl與生物信息學(xué)之間的關(guān)系，比如用perl提取genbank ?? perl6的相關(guān)用法（生信不太建議學(xué)perl6） 備注：本文很多的文章也可在 JSON_NULL 的專題 『碼神之路：perl篇』 中找到代箭。這個(gè)專題對(duì)我的幫助很大墩划，感謝這位簡友
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R語言學(xué)習(xí)筆記精選
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生物信息學(xué)的本質(zhì)是挖掘大數(shù)據(jù)信息以獲取有用信息，對(duì)我們科研工作者來說，需要更為直接的將生物信息學(xué)融入科研過程中诀浪，并加入我們的對(duì)生信結(jié)果的思考棋返，最終獲取想要的信息。
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生物信息學(xué)（Bioinformatics）是一門交叉科學(xué)，它包含了生物信息的獲取求摇、加工射沟、存儲(chǔ)、分配与境、分析验夯、解釋等在內(nèi)的所有方面，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)摔刁、計(jì)算機(jī)科學(xué)和生物學(xué)的各種工具挥转，來闡明和理解大量生物數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義。它隨1990年人類基因組計(jì)劃（HGP）的實(shí)施和信息技術(shù)的發(fā)展而誕生共屈，現(xiàn)已迅速發(fā)展成為當(dāng)今生命科學(xué)最具吸引力和重大的前沿領(lǐng)域绑谣，為生物學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)拗引、數(shù)學(xué)借宵、信息科學(xué)等專業(yè)的高素質(zhì)人才提供了更廣闊的發(fā)展天地
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個(gè)人學(xué)習(xí)生信的一點(diǎn)心得 歡迎討論指摘
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一些生物信息學(xué)用到的軟件哼凯，工具欲间，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast断部、bowtie括改、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega、clustalW家坎、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools嘱能、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree虱疏、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL惹骂、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o做瞪、QIMME ?? 測序質(zhì)量評(píng)估的FastQC对粪、BUSCO右冻、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit著拭、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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作為生信菜鳥，雖然之前用 R 畫了不少圖鄙币，但經(jīng)常是現(xiàn)用現(xiàn)學(xué)肃叶，感覺 R 的知識(shí)不系統(tǒng)，之后系統(tǒng)的學(xué)習(xí)一下 R 語言十嘿。在這里把讀書筆記整理出來因惭，入門書籍包括《R 語言編程藝術(shù)》、《ggplot2：數(shù)據(jù)分析與圖形藝術(shù)》绩衷、《R 語言實(shí)戰(zhàn)》蹦魔、《R 語言與 Bioconductor 生物信息學(xué)應(yīng)用》。
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記錄學(xué)習(xí)生信的點(diǎn)滴
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生信學(xué)習(xí)筆記、腳本編程聪蘸、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)宪肖、數(shù)據(jù)分析 ～～～ 生物信息領(lǐng)域的大雜燴～ 好大一鍋亂燉，快到我的額碗里來～ 好好學(xué)習(xí)健爬，天天學(xué)生信～
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生物信息學(xué)軟件娜遵，perl蜕衡、python、R设拟、shell腳本交流分享
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章纳胧。感謝這些簡友整理的生信分析流程镰吆！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對(duì)性更強(qiáng)的專題中了跑慕。望見諒万皿！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的摧找，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq牢硅、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖蹬耘、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl减余、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用综苔，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來的流程 ?? ?? ??
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客赃承，需要你的參與妙黍。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題瞧剖，貢獻(xiàn)你的文字拭嫁，無論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你抓于，將本專題打造為生信知識(shí)寶庫做粤、交流平臺(tái)。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集捉撮、整理怕品，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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一起來聊聊生命科學(xué)的那些事兒灼舍。
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公眾號(hào)：信息學(xué)競賽從入門到巔峰
