畢業(yè)于山東大學(xué)，具有6年生物信息分析工作經(jīng)驗(yàn)，一直從事動(dòng)植物及人的重測(cè)序方向。擅長(zhǎng)群體重測(cè)序及GWAS分析；進(jìn)行過(guò)NIPT揍鸟，CNV，腫瘤ctDNA句旱，遺傳腫瘤等人類健康方向相關(guān)的分析阳藻；使用linux，perl谈撒，R腥泥，git等
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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生物信息學(xué)
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本小推車專門(mén)推各種perl相關(guān)的基本語(yǔ)法介紹，資源夹厌，應(yīng)用豹爹。特別是與生物信息學(xué)應(yīng)用相關(guān)的文章。 ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的矛纹，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看臂聋。 ?? perl基本語(yǔ)法，比如和python語(yǔ)法的區(qū)別 ?? perl上下文或南，比如將列表賦值給標(biāo)量會(huì)發(fā)生什么 ?? perl特殊變量孩等，比如$_ $/ $\ ?? perl入門(mén)，比如循環(huán)采够，常見(jiàn)的正則使用等 ?? perl進(jìn)階肄方，比如引用，比如map grep等 ?? perl高級(jí)蹬癌，比如命名空間扒秸，繼承，閉包等 ?? perl的單行程序冀瓦，比如與linux的各個(gè)工具搭配 ?? perl常用模塊，比如File::Basename Yaml ?? perl繪圖写烤，比如svg模塊翼闽，GD模塊，circos工具等等 ?? perl與生物信息學(xué)之間的關(guān)系洲炊，比如用perl提取genbank ?? perl6的相關(guān)用法（生信不太建議學(xué)perl6） 備注：本文很多的文章也可在 JSON_NULL 的專題 『碼神之路：perl篇』 中找到感局。這個(gè)專題對(duì)我的幫助很大，感謝這位簡(jiǎn)友
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R語(yǔ)言學(xué)習(xí)筆記精選
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生物信息學(xué)的本質(zhì)是挖掘大數(shù)據(jù)信息以獲取有用信息受啥，對(duì)我們科研工作者來(lái)說(shuō)做个，需要更為直接的將生物信息學(xué)融入科研過(guò)程中鸽心，并加入我們的對(duì)生信結(jié)果的思考，最終獲取想要的信息居暖。
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生物信息學(xué)（Bioinformatics）是一門(mén)交叉科學(xué)膝但，它包含了生物信息的獲取冲九、加工、存儲(chǔ)跟束、分配莺奸、分析、解釋等在內(nèi)的所有方面冀宴，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)灭贷、計(jì)算機(jī)科學(xué)和生物學(xué)的各種工具，來(lái)闡明和理解大量生物數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義略贮。它隨1990年人類基因組計(jì)劃（HGP）的實(shí)施和信息技術(shù)的發(fā)展而誕生甚疟，現(xiàn)已迅速發(fā)展成為當(dāng)今生命科學(xué)最具吸引力和重大的前沿領(lǐng)域，為生物學(xué)逃延、計(jì)算機(jī)科學(xué)览妖、數(shù)學(xué)、信息科學(xué)等專業(yè)的高素質(zhì)人才提供了更廣闊的發(fā)展天地
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個(gè)人學(xué)習(xí)生信的一點(diǎn)心得 歡迎討論指摘
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一些生物信息學(xué)用到的軟件府树，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測(cè)序組裝使用的Spades料按、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast奄侠、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega载矿、clustalW垄潮、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS闷盔、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建工具IQtree魂挂、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 ?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK馁筐、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o涂召、QIMME ?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC、BUSCO敏沉、QUAST ?? 可視化工具比如IGV果正、3D Genome ?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit炎码、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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作為生信菜鳥(niǎo)迫皱，雖然之前用 R 畫(huà)了不少圖歉闰，但經(jīng)常是現(xiàn)用現(xiàn)學(xué)，感覺(jué) R 的知識(shí)不系統(tǒng)卓起，之后系統(tǒng)的學(xué)習(xí)一下 R 語(yǔ)言和敬。在這里把讀書(shū)筆記整理出來(lái)，入門(mén)書(shū)籍包括《R 語(yǔ)言編程藝術(shù)》戏阅、《ggplot2：數(shù)據(jù)分析與圖形藝術(shù)》昼弟、《R 語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn)》、《R 語(yǔ)言與 Bioconductor 生物信息學(xué)應(yīng)用》奕筐。
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記錄學(xué)習(xí)生信的點(diǎn)滴
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生信學(xué)習(xí)筆記、腳本編程渊胸、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)旬盯、數(shù)據(jù)分析 ～～～ 生物信息領(lǐng)域的大雜燴～ 好大一鍋亂燉，快到我的額碗里來(lái)～ 好好學(xué)習(xí)蹬刷，天天學(xué)生信～
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生物信息學(xué)軟件办成，perl、python搂漠、R迂卢、shell腳本交流分享
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章而克。感謝這些簡(jiǎn)友整理的生信分析流程！ 如果簡(jiǎn)友投稿沒(méi)有被我收入專題怔毛，可能是我沒(méi)看到或者收入到其他針對(duì)性更強(qiáng)的專題中了员萍。望見(jiàn)諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的拣度，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看碎绎。 ?? 全基因組測(cè)序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq螃壤、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測(cè)序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python筋帖、perl奸晴、R的包的使用過(guò)程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過(guò)程 ?? 數(shù)據(jù)庫(kù)的挖掘方法日麸，比如TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來(lái)的流程 ?? ?? ??
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生信技能樹(shù)：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA代箭，技術(shù)文檔與博客墩划，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡(jiǎn)書(shū)創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者梢卸、愛(ài)好者以及相關(guān)編程人員加入本專題走诞，貢獻(xiàn)你的文字，無(wú)論是原創(chuàng)還是筆記蛤高，我們需要你蚣旱，將本專題打造為生信知識(shí)寶庫(kù)、交流平臺(tái)戴陡。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集塞绿、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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一起來(lái)聊聊生命科學(xué)的那些事兒诀浪。
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公眾號(hào)：信息學(xué)競(jìng)賽從入門(mén)到巔峰
