接上一篇，pySCENIC分析完之后就可以進行可視化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96&...
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單細胞 | pySCENIC·轉(zhuǎn)錄因子分析（二） -
生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本习贫、教程也很多逛球，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費時間苫昌，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識颤绕，不斷記錄反思，也...
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單細胞ATAC分析標(biāo)準(zhǔn)流程（詳細版）背景：單細胞ATAC分析流程介紹氯葬。 1.為什么做單細胞ATAC分析？ 單細胞轉(zhuǎn)錄組分析的是單細胞分辨率上不同細胞之間的轉(zhuǎn)錄組（mRNA）差異婉陷，由中心法則可以知道帚称，生物發(fā)生的過...
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單細胞RNA速率（一）| cellDancercellDancer：一種基于模型的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（DNN）框架 已知：mRNA的轉(zhuǎn)錄動力學(xué)由轉(zhuǎn)錄速率（α）、剪接速率（β）和降解速率（γ）決定憨攒，未剪接和剪接mRNA之間的平衡...
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基于R對TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 利用data.table包導(dǎo)入數(shù)據(jù)杏瞻，以LUAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項包括submitter_id所刀，vital_status，t...
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【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】featureCounts軟件中的length是怎樣計算的捞挥？
分析過程 以rela基因為例浮创，featureCounts結(jié)果文件“all.id.txt”中提供的信息為： 接下來用R語言進行分析:1. 提取featureCounts結(jié)果中的...
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TCGA學(xué)習(xí)03：生存分析TCGA學(xué)習(xí)01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡書 [http://www.reibang.com/p/79816a20cbb1]TCGA學(xué)習(xí)02：差異分析 - 簡書 [htt...
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TCGA-mRNA的生存分析引言：本文主要記錄mRNA生存分析過程中遇到的問題以及具體過程，生存分析用的是最常見的KM法Kaplan-Meier砌函。 工具：TCGA的數(shù)據(jù)通過library(TCGAbio...
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小弟讀過兩年書讹俊，塵世中一個迷途小書僮<br><br>歡迎訪問: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
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單細胞 | 單細胞數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蠅的多個組織的單細胞核轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)垦沉，雖然FCA組織提供了多個在線平臺（例如SCope）進行非常方便的可視化和多種分析...
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Seurat包之導(dǎo)入單細胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細胞數(shù)據(jù)集時，會遇到常見各種單細胞測序數(shù)據(jù)格式∪耘現(xiàn)總結(jié)如下厕倍，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz贩疙、features.tsv....
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單細胞轉(zhuǎn)錄組及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)資源
(1). 單細胞上游軟件cellranger：單細胞上游軟件cellranger從頭說[http://www.reibang.com/p/9a09f7ad9d93] (2)...
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R可視化重復(fù)測量的方差分析，自動兩兩比較參考Mixed ANOVA in R: The Ultimate Guide - Datanovia[https://www.datanovia.com/en/lessons...
