接上一篇码党，pySCENIC分析完之后就可以進(jìn)行可視化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96&...
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單細(xì)胞 | pySCENIC·轉(zhuǎn)錄因子分析（二） -
簡(jiǎn)書(shū)筆記匯總
以下是我簡(jiǎn)書(shū)里所有的文章鏈接燕偶，按不同的專(zhuān)題分類(lèi)夺欲，方便大家根據(jù)不同專(zhuān)題以及文章題目快速的查看所需內(nèi)容望侈。 持續(xù)更新中~ Linux學(xué)習(xí)筆記 《Linux命令行與shell腳本編程...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級(jí)分析+多組學(xué)分析寫(xiě)在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了直奋，相關(guān)腳本诗越、教程也很多厘熟，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧匹厘。有時(shí)候感覺(jué)是浪費(fèi)時(shí)間嘀趟，但是在寫(xiě)的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí)，不斷記錄反思愈诚，也...
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單細(xì)胞ATAC分析標(biāo)準(zhǔn)流程（詳細(xì)版）背景：?jiǎn)渭?xì)胞ATAC分析流程介紹。 1.為什么做單細(xì)胞ATAC分析汗唱？ 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的是單細(xì)胞分辨率上不同細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)錄組（mRNA）差異宫莱，由中心法則可以知道，生物發(fā)生的過(guò)...
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單細(xì)胞RNA速率（一）| cellDancercellDancer：一種基于模型的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（DNN）框架 已知：mRNA的轉(zhuǎn)錄動(dòng)力學(xué)由轉(zhuǎn)錄速率（α）哩罪、剪接速率（β）和降解速率（γ）決定授霸，未剪接和剪接mRNA之間的平衡...
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蕪湖碘耳，我又回來(lái)了显设，和坐過(guò)山車(chē)一樣
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基于R對(duì)TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 利用data.table包導(dǎo)入數(shù)據(jù)辛辨，以LUAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項(xiàng)包括submitter_id捕捂，vital_status，t...
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【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】featureCounts軟件中的length是怎樣計(jì)算的斗搞？
分析過(guò)程 以rela基因?yàn)槔冈埽琭eatureCounts結(jié)果文件“all.id.txt”中提供的信息為： 接下來(lái)用R語(yǔ)言進(jìn)行分析:1. 提取featureCounts結(jié)果中的...
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TCGA學(xué)習(xí)03：生存分析TCGA學(xué)習(xí)01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡(jiǎn)書(shū) [http://www.reibang.com/p/79816a20cbb1]TCGA學(xué)習(xí)02：差異分析 - 簡(jiǎn)書(shū) [htt...
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TCGA-mRNA的生存分析引言：本文主要記錄mRNA生存分析過(guò)程中遇到的問(wèn)題以及具體過(guò)程，生存分析用的是最常見(jiàn)的KM法Kaplan-Meier僻焚。 工具：TCGA的數(shù)據(jù)通過(guò)library(TCGAbio...
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小弟讀過(guò)兩年書(shū)虑啤，塵世中一個(gè)迷途小書(shū)僮<br><br>歡迎訪問(wèn): <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
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單細(xì)胞 | 單細(xì)胞數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蠅的多個(gè)組織的單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)隙弛，雖然FCA組織提供了多個(gè)在線平臺(tái)（例如SCope）進(jìn)行非常方便的可視化和多種分析...
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Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時(shí)，會(huì)遇到常見(jiàn)各種單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)格式∧剑現(xiàn)總結(jié)如下全闷，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對(duì)象（1）barcodes.tsv.gz萍启、features.tsv....
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)資源
(1). 單細(xì)胞上游軟件cellranger：?jiǎn)渭?xì)胞上游軟件cellranger從頭說(shuō)[http://www.reibang.com/p/9a09f7ad9d93] (2)...
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R可視化重復(fù)測(cè)量的方差分析勘纯，自動(dòng)兩兩比較參考Mixed ANOVA in R: The Ultimate Guide - Datanovia[https://www.datanovia.com/en/lessons...
