中科院研究生在讀十厢，努力學(xué)習(xí)中
IP屬地：上海
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R代碼合并TCGA數(shù)據(jù)庫中DNA甲基化數(shù)據(jù)前面小編給大家介紹了新版的TCGA數(shù)據(jù)庫，通過文字和視頻給大家講解了如何從TCGA數(shù)據(jù)庫下載RNAseq數(shù)據(jù)绘证，miRNAseq數(shù)據(jù)隧膏，體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)以及DNA甲基化數(shù)據(jù) ? 新...
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單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)——單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+染色質(zhì)可及性測序全流程解析
隨著單細(xì)胞測序技術(shù)的發(fā)展胞枕，各種多組學(xué)技術(shù)都被逐漸引入到這一大家庭中來。上一期我們給大家介紹了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+表面蛋白測序技術(shù)魏宽，本期我們將聚焦另一種多組學(xué)技術(shù)——單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+染...
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【單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析-1】認(rèn)識Seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式及操作一文了解單細(xì)胞對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式腐泻，單細(xì)胞數(shù)據(jù)操作不迷茫。本文內(nèi)容包括 單細(xì)胞seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)湖员， 內(nèi)容構(gòu)成贫悄，對象的調(diào)用、操作娘摔，常見函數(shù)的應(yīng)用等窄坦。 1. 單細(xì)胞seu...
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Seurat官方教程 | pbmc3k_tutorial最新版Compiled: March 18, 2021 來源：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html[...
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計算FPKM、TPM以及FPKM to TPM之前已經(jīng)簡單學(xué)習(xí)了測序raw counts的FPKM標(biāo)準(zhǔn)化[http://www.reibang.com/p/302300b7d782]逆趋，接下來就一個實際例子盏阶，利用R語言手...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--初探Seurat單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序--閑言碎語 時代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后名斟，連車尾燈都看不見。當(dāng)你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時魄眉，已經(jīng)有人悄悄的搞上單細(xì)胞了砰盐。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序，顧...
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名詞解釋：測序深度&RPKM坑律、FKPM岩梳、TPM
測序深度(Sequencing Depth) 相當(dāng)于測了幾遍； 指測序得到的總堿基數(shù)（bp）與所測物種基因組大小的比值晃择，其是評價測序量的重要指標(biāo)之一冀值； 如：測序產(chǎn)生了1000...
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生信綜述？帶你解鎖高分單細(xì)胞發(fā)文騷操作宫屠！
說在前面 我們都知道在科研論文中有兩大類：一類是研究型論文列疗；另一類是綜述型論文。其中浪蹂，前者主要是以研究為主的行文思路作彤，根據(jù)研究發(fā)現(xiàn)的不同發(fā)表在不同級別的雜志上；而后者多是本身...
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Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時乌逐，會遇到常見各種單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)格式。現(xiàn)總結(jié)如下创葡，方便自己日后調(diào)用浙踢，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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10×單細(xì)胞測序分析練習(xí)（一）目前單細(xì)胞測序獲取細(xì)胞的方法主要有兩種：（1）Smart-seq：測序細(xì)胞量少(因為一次通過一個細(xì)胞)灿渴，但是測序的reads數(shù)多洛波；（2）Drop-seq(10X )：可以測許...
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單細(xì)胞測序的知識劉小澤寫于18.7.20https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html 介紹 Bulk RNA-seq: ...
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（一文讀懂scRNA-Seq）到底要花多久時間才能看懂一套單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)結(jié)果？先說我的態(tài)度骚露。 最快的捷徑就是沒有捷徑蹬挤，踏踏實實搞學(xué)問 我一直相信慢工出細(xì)活（當(dāng)然我寫推文都不怎么想回頭檢查錯別字），要學(xué)習(xí)什么東西棘幸，穩(wěn)扎穩(wěn)打才是最快的捷徑焰扳，不求甚解要建立在...
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單細(xì)胞測序分析: Seurat 使用教程原文見Seurat - Guided Clustering Tutorial, Compiled: April 17, 2020 #1 Seurat安裝 #2 數(shù)據(jù)下載 Pe...
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一、二、三吨悍、四代測序技術(shù)原理詳解
測序技術(shù)是基因組學(xué)的核心技術(shù)扫茅，上期的推送【LAI：基因組組裝質(zhì)量評估新標(biāo)準(zhǔn)】簡單介紹了測序技術(shù)的發(fā)展進程。其實育瓜，測序技術(shù)的發(fā)展主要基于兩個非常具有里程碑意義的理念：“生命是序...
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測序數(shù)據(jù)的深度葫隙、覆蓋度等計算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測序...
