中科院研究生在讀饭望，努力學(xué)習(xí)中
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R代碼合并TCGA數(shù)據(jù)庫中DNA甲基化數(shù)據(jù)前面小編給大家介紹了新版的TCGA數(shù)據(jù)庫圆恤，通過文字和視頻給大家講解了如何從TCGA數(shù)據(jù)庫下載RNAseq數(shù)據(jù)湾趾，miRNAseq數(shù)據(jù)绽昼，體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)以及DNA甲基化數(shù)據(jù) ? 新...
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單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)——單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+染色質(zhì)可及性測序全流程解析
隨著單細(xì)胞測序技術(shù)的發(fā)展硅确，各種多組學(xué)技術(shù)都被逐漸引入到這一大家庭中來。上一期我們給大家介紹了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+表面蛋白測序技術(shù)明肮，本期我們將聚焦另一種多組學(xué)技術(shù)——單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+染...
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【單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析-1】認(rèn)識(shí)Seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式及操作一文了解單細(xì)胞對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式菱农，單細(xì)胞數(shù)據(jù)操作不迷茫。本文內(nèi)容包括 單細(xì)胞seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)柿估， 內(nèi)容構(gòu)成循未，對(duì)象的調(diào)用、操作，常見函數(shù)的應(yīng)用等的妖。 1. 單細(xì)胞seu...
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Seurat官方教程 | pbmc3k_tutorial最新版Compiled: March 18, 2021 來源：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html[...
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計(jì)算FPKM、TPM以及FPKM to TPM之前已經(jīng)簡單學(xué)習(xí)了測序raw counts的FPKM標(biāo)準(zhǔn)化[http://www.reibang.com/p/302300b7d782]星虹，接下來就一個(gè)實(shí)際例子零抬，利用R語言手...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--初探Seurat單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序--閑言碎語 時(shí)代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后平夜，連車尾燈都看不見。當(dāng)你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時(shí)卸亮，已經(jīng)有人悄悄的搞上單細(xì)胞了忽妒。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序，顧...
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名詞解釋：測序深度&RPKM兼贸、FKPM锰扶、TPM
測序深度(Sequencing Depth) 相當(dāng)于測了幾遍； 指測序得到的總堿基數(shù)（bp）與所測物種基因組大小的比值寝受，其是評(píng)價(jià)測序量的重要指標(biāo)之一坷牛； 如：測序產(chǎn)生了1000...
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生信綜述？帶你解鎖高分單細(xì)胞發(fā)文騷操作很澄！
說在前面 我們都知道在科研論文中有兩大類：一類是研究型論文京闰；另一類是綜述型論文。其中甩苛，前者主要是以研究為主的行文思路蹂楣，根據(jù)研究發(fā)現(xiàn)的不同發(fā)表在不同級(jí)別的雜志上；而后者多是本身...
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Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時(shí)讯蒲，會(huì)遇到常見各種單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)格式∪粒現(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用墨林，以創(chuàng)建Seurat對(duì)象（1）barcodes.tsv.gz赁酝、features.tsv....
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10×單細(xì)胞測序分析練習(xí)（一）目前單細(xì)胞測序獲取細(xì)胞的方法主要有兩種：（1）Smart-seq：測序細(xì)胞量少(因?yàn)橐淮瓮ㄟ^一個(gè)細(xì)胞)，但是測序的reads數(shù)多旭等；（2）Drop-seq(10X )：可以測許...
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單細(xì)胞測序的知識(shí)劉小澤寫于18.7.20https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html 介紹 Bulk RNA-seq: ...
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（一文讀懂scRNA-Seq）到底要花多久時(shí)間才能看懂一套單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)結(jié)果酌呆？先說我的態(tài)度。 最快的捷徑就是沒有捷徑搔耕，踏踏實(shí)實(shí)搞學(xué)問 我一直相信慢工出細(xì)活（當(dāng)然我寫推文都不怎么想回頭檢查錯(cuò)別字）隙袁，要學(xué)習(xí)什么東西，穩(wěn)扎穩(wěn)打才是最快的捷徑，不求甚解要建立在...
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單細(xì)胞測序分析: Seurat 使用教程原文見Seurat - Guided Clustering Tutorial, Compiled: April 17, 2020 #1 Seurat安裝 #2 數(shù)據(jù)下載 Pe...
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一菩收、二梨睁、三、四代測序技術(shù)原理詳解
測序技術(shù)是基因組學(xué)的核心技術(shù)娜饵，上期的推送【LAI：基因組組裝質(zhì)量評(píng)估新標(biāo)準(zhǔn)】簡單介紹了測序技術(shù)的發(fā)展進(jìn)程坡贺。其實(shí)，測序技術(shù)的發(fā)展主要基于兩個(gè)非常具有里程碑意義的理念：“生命是序...
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測序數(shù)據(jù)的深度划咐、覆蓋度等計(jì)算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強(qiáng)度有多大拴念？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測序...
