轉(zhuǎn)錄因子也稱反式作用因子尉共，在動(dòng)植物的生長(zhǎng)發(fā)育及其對(duì)外界環(huán)境的反應(yīng)中起著重要的調(diào)控作用庭敦，已成為現(xiàn)在生物學(xué)研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)奸汇，其功能分析是重要的研究?jī)?nèi)容之一。因此我們可以通過(guò)...
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知識(shí)分享| 轉(zhuǎn)錄組個(gè)性化分析(5)——轉(zhuǎn)錄因子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè) -
基因家族分析一(NBS基因家族鑒定)一：準(zhǔn)備文件 1. 擬南芥的基因組，CDS，蛋白，GFF以及HMM文件吗铐。 2.利用HMM文件搜尋pep文件 3.利用clustalw進(jìn)行多序列比對(duì)，構(gòu)建物種特定的NB-ARC...
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@Nuvolar 好的好的杏节，謝謝老師
3K水稻SNP數(shù)據(jù)集的簡(jiǎn)單利用
3010份亞洲稻群體重測(cè)序項(xiàng)目是由中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所牽頭唬渗，聯(lián)合國(guó)際水稻研究所、華大基因等16家單位共同完成奋渔。該研究對(duì)來(lái)自89個(gè)國(guó)家的3,010份水稻品種進(jìn)行了重測(cè)序...
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@Nuvolar 好的镊逝，謝謝老師。確實(shí)有屬于哪個(gè)國(guó)家的信息卒稳，但是比如中國(guó)蹋半，中國(guó)也太大了，該怎么寫(xiě)經(jīng)緯度充坑？??
3K水稻SNP數(shù)據(jù)集的簡(jiǎn)單利用
3010份亞洲稻群體重測(cè)序項(xiàng)目是由中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所牽頭减江，聯(lián)合國(guó)際水稻研究所染突、華大基因等16家單位共同完成。該研究對(duì)來(lái)自89個(gè)國(guó)家的3,010份水稻品種進(jìn)行了重測(cè)序...
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老師辈灼，您好份企。請(qǐng)問(wèn)在哪可以下載3K材料的地理位置信息啊，真沒(méi)找到巡莹。
3K水稻SNP數(shù)據(jù)集的簡(jiǎn)單利用
3010份亞洲稻群體重測(cè)序項(xiàng)目是由中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所牽頭司志，聯(lián)合國(guó)際水稻研究所、華大基因等16家單位共同完成降宅。該研究對(duì)來(lái)自89個(gè)國(guó)家的3,010份水稻品種進(jìn)行了重測(cè)序...
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拜讀了您的文章骂远，請(qǐng)問(wèn)shortstack參數(shù)是怎么設(shè)置的？
第一篇SCI
這是一篇純生信的3.5分文章腰根，主要涉及的是小RNA: phasiRNA激才。小麥的基因組前兩年才發(fā)表，而類似的研究以前在水稻中做過(guò)比較多额嘿，因此對(duì)于做小麥的科研人員來(lái)說(shuō)是一個(gè)可以做...
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請(qǐng)教一下瘸恼，phasiRNA怎么鑒定？
small RNA學(xué)習(xí)（四）：鑒定&注釋產(chǎn)生小RNA的基因
1. 使用ShortStack鑒定册养，注釋產(chǎn)生小RNA的基因 1.1 下載安裝 1.2 下載依賴的軟件（包） perl, samtools, bowtie & bowtie-b...
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可不可以通過(guò)測(cè)序的reads去比對(duì)phasiRNA數(shù)據(jù)庫(kù)东帅？
small RNA學(xué)習(xí)（四）：鑒定&注釋產(chǎn)生小RNA的基因
1. 使用ShortStack鑒定，注釋產(chǎn)生小RNA的基因 1.1 下載安裝 1.2 下載依賴的軟件（包） perl, samtools, bowtie & bowtie-b...
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡(jiǎn)信不回答問(wèn)題，有問(wèn)題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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群體遺傳學(xué)習(xí)筆記-基因型缺失數(shù)據(jù)的填充
Genotype Imputation是在高通量測(cè)序中常出現(xiàn)的定義坎炼，按照義譯就是基因型填充阎毅。要真正理解imputation這個(gè)概念，我們就需要先理解基因型缺失（genotyp...
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學(xué)習(xí)筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學(xué)<br>
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公眾號(hào)：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2讀研，學(xué)習(xí)方向：癌癥基因組碳柱、腫瘤免疫捡絮、單細(xì)胞組學(xué)
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能出一期，從vcf文件到fas序列的教程不
2020-12-21利用PopART繪制單倍型網(wǎng)絡(luò)圖
A圖中就是一個(gè)單體型網(wǎng)絡(luò)莲镣，每個(gè)彩色圓代表一種單體型福稳，圓的大小表示該單體型包含的樣本數(shù)，兩個(gè)圓之間的連線表示兩個(gè)單體型彼此相關(guān)瑞侮，連線上的短線表示從一個(gè)單體型變?yōu)榱硪粋€(gè)單體型需要...
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南京櫻花大學(xué)<br>
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西電 北大 SelectDB<br>Apache Doris PMC Member<br>
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Python讀取大文件的"坑“與內(nèi)存占用檢測(cè)python讀寫(xiě)文件的api都很簡(jiǎn)單梅掠，一不留神就容易踩”坑“酌住。筆者記錄一次踩坑歷程，并且給了一些總結(jié)阎抒，希望到大家在使用python的過(guò)程之中酪我，能夠避免一些可能產(chǎn)生隱患的代碼。...
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連雨不知春去，一晴方覺(jué)夏深
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【非模式種轉(zhuǎn)錄組】二谴古、下游分析R語(yǔ)言篇這里是佳奧质涛！我們繼續(xù)非模式種轉(zhuǎn)錄組的下游分析。 上篇我們拿到了raw count矩陣掰担，但是我們還缺少很多東西汇陆，讓我們一步一步來(lái)。 1带饱、選擇合適方法標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)矩陣 2毡代、GO/K...
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ChIP-seq實(shí)踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)在實(shí)踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識(shí)點(diǎn)：（參考文章：http://www.reibang.com/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測(cè)染色質(zhì)的類型（異...
