??Seurat的FeaturePlot可以展示基因在降維空間里各個(gè)分群的表達(dá)情況，也可以展示metadata里面的數(shù)據(jù)情況挤渐，例如基因集打分情況侈咕。雖然這個(gè)函數(shù)繪圖好用怜俐，但是對(duì)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：臺(tái)灣
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FeaturePlot 對(duì)負(fù)值并不友好 -
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riborex：差異翻譯基因分析
??分析差異翻譯基因時(shí)制圈，為了保證結(jié)果的正確性，除了使用Xtail軟件外侯养，也用riborex分析了一遍敦跌，該軟件封裝了常規(guī)轉(zhuǎn)錄組常用的三種差異分析框架DESeq2、edgeR逛揩、V...
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Tips：ChIPseeker注釋的peak文件不要隨意命名
??ChIPseeker用來(lái)做peak注釋體驗(yàn)感確實(shí)很好柠傍，所以也經(jīng)常用，為此還特意包裝了一個(gè)性化腳本方便命令行直接使用辩稽，后臺(tái)也有不少人獲取腳本惧笛，省時(shí)省力能解決問(wèn)題的工具當(dāng)然是...
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沒(méi)錯(cuò)，就是這么解決的
jupyter筆記無(wú)法導(dǎo)出為html
日常瞎掰 ??jupyter做為一種可以交互式的文本化編程工具搂誉，真的是越用越順手，尤其是針對(duì)那些很快就執(zhí)行完成的代碼真的是所見(jiàn)即所得静檬。做為代碼筆記工具炭懊，jupyter也可以像...
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xtail | 差異翻譯基因分析??基因翻譯，即遺傳密碼從轉(zhuǎn)錄本到蛋白質(zhì)的過(guò)程拂檩，也是功能基因能夠發(fā)揮自身作用前的必經(jīng)之路侮腹。基因的翻譯效率收到很多因素的調(diào)控稻励，這其中最直接的是基因本身的轉(zhuǎn)錄豐度父阻，正常情況下，翻...
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@Glckspilz_864d 簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)是無(wú)效區(qū)域望抽，就像基因在表達(dá)譜里面沒(méi)有表達(dá)值一樣加矛，是基因本身沒(méi)表達(dá)，還是建庫(kù)測(cè)序時(shí)沒(méi)有測(cè)到煤篙，原因沒(méi)法確定
HiCExplorer分析HiC-seq挺順手
日常瞎掰 ??這一波疫情的反彈給上海很多地方按下了“暫停鍵”斟览，從干飯人變成 “飯人” ，也許只有一個(gè)通告的距離辑奈。一覺(jué)醒來(lái)苛茂，也許小區(qū)大門口就貼上了“封閉管理的告示”已烤。本以為就像...
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ChIPseeker個(gè)性化注釋腳本修復(fù)??之前的推文[個(gè)性化ChIPseeker注釋peak結(jié)果[http://www.reibang.com/p/f1307325d8a2]]里面分享了利用ChIPseeker...
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TCellSI：巧用housekeeping genes矯正樣本間效應(yīng)??TCellSI：一款借助Mann-Whitney U統(tǒng)計(jì)量，通過(guò)特定marker基因集和背景基因妓羊，對(duì)T細(xì)胞狀態(tài)進(jìn)行評(píng)估打分的軟件胯究。該軟件能夠準(zhǔn)確評(píng)估T細(xì)胞的八種不同狀態(tài)分...
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生信云筆記 ·蟹蟹分享，但我用install.packages('installr')
library(installr)
install.Rtools()安裝下載的是4.3的版本躁绸，可能是我用的武漢的鏡像源沒(méi)有更新裕循？（我下的是4.4的R）
最后我刪除.Renviron文件（可能還有.Rprofile文件？但我沒(méi)找到）的路徑涨颜，刪除rtools文件夾费韭，官網(wǎng)下載安裝對(duì)應(yīng)版本的rtools成功啦，借樓主寶地分享一下~AAA宇宙戰(zhàn)神PLC 評(píng)論自安裝Rtools -
PCA：這樣應(yīng)該懂了吧庭瑰！??在RNA-seq分析結(jié)果中經(jīng)常會(huì)看到由兩個(gè)主成分(PC1星持，PC2)繪制的PCA (principal component analysis)質(zhì)控圖，來(lái)反映樣本間的遠(yuǎn)近關(guān)系...
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R tips：Seurat應(yīng)該這么讀取多樣本
"槍響了""看到是誰(shuí)開(kāi)的槍了嗎""看不清弹灭，他站在道德的制高點(diǎn)上督暂，他在陽(yáng)光下。"????????????????????——溫特伯格《狩獵》 ??知其道穷吮，用其妙逻翁。 ??vect...
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RNA-seq比對(duì)/定量工具的選擇，好的開(kāi)始是成功的一半??都4202年了捡鱼，還需要糾結(jié)RNA-seq分析軟件的選擇么八回？一般來(lái)說(shuō)無(wú)需在軟件的選擇上糾結(jié)，如果數(shù)據(jù)中的信號(hào)比較強(qiáng)驾诈，用什么軟件都應(yīng)該能檢測(cè)到缠诅，改變的效應(yīng)也都應(yīng)該能get到，...
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@shRDJr 軟件文檔里沒(méi)有看到過(guò)乍迄，個(gè)人覺(jué)得差異結(jié)果的行與輸入的區(qū)間行一一對(duì)應(yīng)
MAnorm2：ChIP-seq數(shù)據(jù)分組比較軟件
前言 ??ChIP-seq 技術(shù)是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的重要手段管引，被廣泛用于揭示轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾在全基因組范圍內(nèi)的結(jié)合位點(diǎn)的分布情況。近年來(lái)闯两，隨著實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展和測(cè)...
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Spatial transcriptome | 空間依賴性褥伴，理解MISTy回答的三個(gè)問(wèn)題??分析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的時(shí)候，簡(jiǎn)單地學(xué)習(xí)了一下MISTy模型框架：一個(gè)靈活擴(kuò)展漾狼，可解釋的機(jī)器學(xué)習(xí)框架重慢，可用于從任何空間組學(xué)數(shù)據(jù)中提取關(guān)系，可同時(shí)評(píng)估數(shù)十到數(shù)千個(gè)marker逊躁。...
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transcript整合為gene表達(dá)值伤锚，tximport到底干了啥...
??有些問(wèn)題來(lái)來(lái)回回，學(xué)了忘，忘了學(xué)屯援，反反復(fù)復(fù)很多次猛们，用到時(shí)依然是模糊的。之所以被遺忘狞洋，也許是問(wèn)題本身不重要弯淘，沒(méi)有什么存在感；也許是要學(xué)的東西很多吉懊，腦容量不夠庐橙。Anyway，...
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畫個(gè)GO/KEGG富集圖有多簡(jiǎn)單??clusterProfiler包做富集分析后借嗽，可直接使用配套的可視化函數(shù)展示結(jié)果态鳖，最常見(jiàn)的形式有barplot、dotplot恶导。網(wǎng)上有很多相關(guān)的推文浆竭，今天咱來(lái)說(shuō)點(diǎn)不一樣的...
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基因組最鄰近區(qū)域距離計(jì)算，去噪音多線程優(yōu)化版??上周的推文[計(jì)算基因組范圍內(nèi)鄰近DSB的間距[http://www.reibang.com/p/d8f19cb90279]]介紹了鄰近DSB間距的計(jì)算方法惨寿。雖然結(jié)果沒(méi)有...
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計(jì)算基因組范圍內(nèi)鄰近DSB的間距
??最近客戶想驗(yàn)證一下基因組內(nèi)鄰近DSB之間的距離分布在實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組是否有差別邦泄。不熟悉DSB的朋友可以先看一看這篇推文：END-seq數(shù)據(jù)分析[https://mp.wei...
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