@Athena404 我現(xiàn)在注釋完了，用EDTA+repeatmodeler+HiTE，得到庫最后注釋了大約50%
2024-07-26 關(guān)于基因組重復(fù)序列的分析大致上可以分為兩步：第一步是從情況不明（新）基因組中注釋避诽。第二步是優(yōu)化和后續(xù)分析 一叔磷、注釋重復(fù)序列在不同物種中含量不同虚倒，但是有TElib园爷，比如 GyDB Intro - Gy...
IP屬地：四川
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EVM整合注釋及報錯
1 使用conda安裝EVM浴骂。conda源的evidencemodeler 不是作者編譯上傳的钱磅，所以pasa的依賴和庫都不在梦裂，如果是重新創(chuàng)建環(huán)境安裝EVM的話，需要安裝這倆P...
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PASA-alignAssembly PASA配置
安裝mysql之后忘記密碼了盖淡，查看用戶塞琼，重置密碼，加入pasa的用戶和密碼禁舷。 現(xiàn)在已經(jīng)配置好mysql的用戶和密碼彪杉，可以進(jìn)入下一步，去除污染序列牵咙。 注意有個報錯派近，如果在con...
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提取染色體對應(yīng)三代hifi數(shù)據(jù)
近期做hic掛載發(fā)現(xiàn)一個物種的染色體有問題，需要把對應(yīng)兩條染色體的三代測序數(shù)據(jù)挑出洁桌，比對到兩條染色體上查看深度渴丸，以及挑出這部分序列重新拼接，拿到完整的染色體另凌。
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braker3注釋基因組基因遇到的問題
1 安裝 參照“基因組結(jié)構(gòu)預(yù)測|Braker3流程”這篇知乎文章https://zhuanlan.zhihu.com/p/659050212[https://zhuanlan...
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HiTE注釋重復(fù)序列
使用conda安裝HiTE 我本來打算安裝好之后使用conda-pack遷移到服務(wù)器使用献汗，運(yùn)行之后發(fā)現(xiàn)有部分依賴并不能被conda-pack遷移敢订，比如LTR識別，以及他們的依...
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我單使用repeatmodeler注釋出來大概30%罢吃，有一半未知楚午。HiTE注釋出來20%，幾乎沒有未知尿招。EDTA注釋也差不多20%矾柜。單一的庫確實注釋不全，我也準(zhǔn)備合并TEsorter再跑repeatmasker了就谜。
2024-07-26 關(guān)于基因組重復(fù)序列的分析
大致上可以分為兩步：第一步是從情況不明（新）基因組中注釋怪蔑。第二步是優(yōu)化和后續(xù)分析 一、注釋重復(fù)序列在不同物種中含量不同吁伺，但是有TElib饮睬，比如 GyDB Intro - Gy...
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個人塔式服務(wù)器搭建-生物信息分析本文從1 功能需求，2 硬件選擇篮奄，3 搭建過程 三個方面來闡述捆愁。 1 功能需求 最近在進(jìn)行植物基因組的組裝注釋和分析流程，需要一臺多線程的linux服務(wù)器窟却。之前使用的是wi...
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EDTA注釋重復(fù)序列報錯
使用conda安裝好EDTA環(huán)境 運(yùn)行后發(fā)現(xiàn)LTR鑒定過程報錯 github搜索昼丑，發(fā)現(xiàn)問題與LTR_retriever有關(guān)，遂指定LTR_retriever路徑夸赫，報錯相同菩帝。改...
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解決Repeatmodeler運(yùn)行報錯
使用conda安裝了Repeatmodeler，版本為Version 2.0.5茬腿。在基因組重復(fù)序列注釋過程中運(yùn)行時間 過長呼奢，而且最終產(chǎn)生的文件中只有families.stk ...
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也沒有那么成功，最后改用haphic了
juicer掛載遇到的報錯
conda配好環(huán)境之后切平，運(yùn)行結(jié)果如下 經(jīng)群友指點(diǎn)之后發(fā)現(xiàn)握础，在fastq文件夾中的hic測序文件格式，需要遵循_R1.fastq或者_(dá)R1.fastq.gz的命名格式悴品。而且每次...
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juicer掛載遇到的報錯
conda配好環(huán)境之后禀综，運(yùn)行結(jié)果如下 經(jīng)群友指點(diǎn)之后發(fā)現(xiàn)，在fastq文件夾中的hic測序文件格式苔严，需要遵循_R1.fastq或者_(dá)R1.fastq.gz的命名格式定枷。而且每次...
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5才是最終的解決辦法，前面都是踩坑
r8s安裝遇到的問題
1 r8s 1.81 make show "no rules to target " about memory.0 & erron.h 2 繼續(xù)報錯 3 繼續(xù)報錯 4 ...
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葉綠體注釋和注意問題
大致分為以下步驟：1 PGA 批量注釋壤靶，并得到兩個IR區(qū)位置2 導(dǎo)入geneious內(nèi)缚俏，與ref-seq align，標(biāo)出LSC與SSC位置贮乳，注釋區(qū)間需根據(jù)IR區(qū)的位置修改忧换。...
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blobtools鑒定轉(zhuǎn)錄組污染來源方法參考De Novo Transcriptome Assembly and Analysis of the Flat Oyster Pathogenic Protozoa ...
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@云巔之上 用docker的r8s
「基因組學(xué)」使用CAFE進(jìn)行基因家族擴(kuò)張收縮分析
環(huán)境準(zhǔn)備 安裝軟件: 參考「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析 安裝OrthoFinder，然后再安裝CAFE 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備: 一共會分析mouse, r...
