生信小白一枚，我不是牛人供常，我只是一頭開荒牛竹捉，希望大家能在我的學習基礎(chǔ)上更進一步违帆，共同提高挣磨！
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菜雞
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TE的鑒定轉(zhuǎn)座子鑒定方法 轉(zhuǎn)座子的鑒定方法基本歸于兩大類：從頭預測、基于同源比對弓乙。 從頭預測算法 de novo 包括：基于基因組序列比對的方法末融、K-mer 方法、基于結(jié)構(gòu)特征的方法基...
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神器 | 計算Non-coding序列選擇壓暇韧！KaKs_Calculator 3.0 重磅發(fā)布~寫在前面 早前我在 TBtools 中基于NG86邏輯實現(xiàn) Ka/Ks 計算時走了不少彎路勾习，其中種種，或許只有 Coding 的人才知道懈玻。當然巧婶，其中還另外牽扯到如何快速進行序...
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生信分析23：基因?qū)χg的正選擇分析在這篇文章中，作者提到候選基因受到正選擇涂乌∫照唬看附表19給的數(shù)據(jù)，該說法的依據(jù)是作者對普通蕎麥和苦蕎的直系同源基因?qū)ψ隽薑a/Ks分析骂倘，其值大于1眼滤。 今天的推送，將介紹如何對兩個...
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GeneOverlap: 用于基因Overlap的檢驗及可視化R包參考學習資料：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GeneOverlap/inst/do...
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ATAC-seq 及其升級版Omni-ATAC最近在學習ATAC-seq堰塌，整理了筆記分享一下赵刑，歡迎批評指正 a、為啥要ATAC-seq? ATAC-seq全稱Assay for Transposase Accessibl...
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聯(lián)合使用deeptools和自編R腳本分析鏈特異性數(shù)據(jù)不積跬步無以至千里 deeptools作為分析深度測序數(shù)據(jù)的一大利器场刑，受到了廣泛的歡迎和關(guān)注般此，這一點從Github的星標數(shù)以及conda的安裝次數(shù)就可以知道，很多人都對它非常...
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ggplot2回顧(7): geom_bar()和 geom_histogram()比較適用范圍不同 bar圖x一般為離散變量牵现，直方圖x一般為連續(xù)變量 默認的統(tǒng)計變換不同 前者是stat = "count"铐懊，統(tǒng)計一個數(shù)量就完事了，即生成新變量..count..d...
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生信分析16：基于PSMC估計有效群體大小本次推送是文獻分享16的對應內(nèi)容瞎疼。 Fig 1 有效群體大小的估計或者種群歷史動態(tài)的估計經(jīng)常出現(xiàn)在基因組/重測序相關(guān)文章中科乎，可視化形式一般是Fig 1。 Fig 1的解讀：由...
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hicPro+EndHiC(二)染色體掛載
EndHic 想比較HiC-Pro，EndHic的安裝就簡單很多太抓，就是下載即可用 EndHiC的安裝 要用到的腳本都在文件夾下空闲，直接調(diào)用就行 怎么使用呢？不得不說一下走敌，git...
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單/多個基因在組間同時展示的多種選擇：分組小提琴圖碴倾、分組/分面柱狀圖、單基因蜂群點圖拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第二個實例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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生信分析8：染色質(zhì)的二價性前一篇推送介紹了馬鈴薯在冷脅迫后的染色質(zhì)可及性和組蛋白修飾的轉(zhuǎn)變掉丽。在組蛋白修飾中重點關(guān)注了H3K4me3和H3K27me3兩種影斑，其中K4通常認為是激活型組蛋白修飾，K27通常...
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【Hi-C】交互頻率與距離衰減曲線繪制參考： 發(fā)現(xiàn)AB區(qū)室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding ...
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生信分析22：完整的轉(zhuǎn)座子注釋流程本次推送是文獻分享22的對應內(nèi)容片迅。我與生信残邀，公眾號：我與生信文獻分享22：泛基因組解析柑橘亞科進化以及柑橘果實中檸檬酸積累的關(guān)鍵基因[http://mp.weixin.qq....
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任何人！十分鐘掌握Circos圖繪制
寫在寫在前面的前面 我不喜歡調(diào)用外部程序柑蛇，如果是簡單的事情芥挣。我覺得應該用最簡單的方式來實現(xiàn)。如果你只是想畫一個簡單的Circos圖耻台，perl空免？不用的。R盆耽？不用的蹋砚。網(wǎng)頁扼菠？不用的...
