本次推送是文獻分享16的對應內(nèi)容。 Fig 1 有效群體大小的估計或者種群歷史動態(tài)的估計經(jīng)常出現(xiàn)在基因組/重測序相關(guān)文章中，可視化形式一般是Fig 1直颅。 Fig 1的解讀：由...
IP屬地：北京
-
生信分析16：基于PSMC估計有效群體大小 -
-
hicPro+EndHiC(二)染色體掛載
EndHic 想比較HiC-Pro报腔，EndHic的安裝就簡單很多蜈彼，就是下載即可用 EndHiC的安裝 要用到的腳本都在文件夾下，直接調(diào)用就行 怎么使用呢总滩？不得不說一下纲堵，git...
-
單/多個基因在組間同時展示的多種選擇：分組小提琴圖、分組/分面柱狀圖咳秉、單基因蜂群點圖拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第二個實例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
-
生信分析8：染色質(zhì)的二價性前一篇推送介紹了馬鈴薯在冷脅迫后的染色質(zhì)可及性和組蛋白修飾的轉(zhuǎn)變婉支。在組蛋白修飾中重點關(guān)注了H3K4me3和H3K27me3兩種，其中K4通常認為是激活型組蛋白修飾澜建，K27通常...
-
-
【Hi-C】交互頻率與距離衰減曲線繪制參考： 發(fā)現(xiàn)AB區(qū)室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding ...
-
生信分析22：完整的轉(zhuǎn)座子注釋流程本次推送是文獻分享22的對應內(nèi)容炕舵。我與生信何之，公眾號：我與生信文獻分享22：泛基因組解析柑橘亞科進化以及柑橘果實中檸檬酸積累的關(guān)鍵基因[http://mp.weixin.qq....
-
任何人！十分鐘掌握Circos圖繪制
寫在寫在前面的前面 我不喜歡調(diào)用外部程序咽筋，如果是簡單的事情溶推。我覺得應該用最簡單的方式來實現(xiàn)。如果你只是想畫一個簡單的Circos圖奸攻，perl蒜危？不用的。R睹耐？不用的辐赞。網(wǎng)頁？不用的...
-
-
生信小工具：bedtools的使用(2)
bedtools "merge" 許多基因組特征的數(shù)據(jù)集具有許多彼此重疊的個體特征（例如來自ChiP seq實驗的對象）。將多個有重疊的序列組合成單個連續(xù)的序列通常對下游很有...
-
2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個人分析記錄貼）0_1 前言 有時間再詳細寫introduction窖梁。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來赘风，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
-
WSL2出現(xiàn)“參考的對象類型不支持嘗試的操作”的解決方法
前言 最近用wsl2老是提示“參考的對象類型不支持嘗試的操作”纵刘，搜索了下收集了兩種解決方案邀窃。 解決 1、臨時方法 管理員身份執(zhí)行 2假哎、永久方法 下載此工具 管理員運行
-
recos軟件繪制不同類型TE在染色體的分布熱圖1蛔翅、前期準備 第一步, 獲取repeat注釋結(jié)果，使用RepeatMasker對基因組進行repeat分析位谋，可以得到以out結(jié)尾的文件，命令行如下： 第二步堰燎，獲取關(guān)心TE類型...
-
-
-
R語言 -- 【optparse 包】如何給R腳本設(shè)置命令行參數(shù)
optparse使得我們很方便地給R腳本設(shè)置命令行參數(shù)爵政，從而使得R腳本的復用和流程化使用。 1 安裝 2 使用 創(chuàng)建參數(shù)列表:make_option 將參數(shù)列表傳遞給一個變量...
-
saddleplot | A/B compartments日常瞎掰 ??HiC-seq可以用來研究基因組范圍內(nèi)的染色體片段之間的交互情況陶缺，這其中會涉及到染色質(zhì)區(qū)室(A/B compartments)的變化情況钾挟。HiC的相關(guān)概念這里不...
-
龍穴往事：血龍狂舞----人性黑暗，慘烈無比饱岸，巨龍殆盡《權(quán)力的游戲》第七季最后一集中的龍穴會議掺出，讓我們看到了破敗不堪的龍穴，據(jù)說這以前是坦格里安家族龍的棲息地苫费，每當夜晚來臨汤锨，巨龍就會飛回此處歇息。為防止巨龍傷人百框，會大門緊閉闲礼，由御...
-
修改hicPlotMatrix完成定制HiC互作熱圖使用conda安裝hicexplorer時經(jīng)常會報錯，下面介紹mamba安裝方法铐维；同時柬泽，hicPlotMatrix繪制的熱圖沒有添加染色體邊界，并且圖例太大嫁蛇，下面介紹了源代碼...
