最近在學(xué)習(xí)構(gòu)建進(jìn)化樹，嘗試了用PHYML構(gòu)建ML樹和用MrBayes構(gòu)建貝葉斯樹，因為構(gòu)建ML樹時用的是網(wǎng)站的PHYML進(jìn)行的凌净，操作簡便预明，所以就未做整理秧了，只詳細(xì)整理了一下貝葉...
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用MrBayes構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹操作步驟整理總結(jié)
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七. 植物葉綠體基因組--組裝税灌，注釋和比較作圖（GetOrganelle均函，GeSeq，Chloroplot菱涤，IRscope）一. 簡介 葉綠體是綠色植物苞也，藻類和藍(lán)細(xì)菌進(jìn)行光合作用的場所，光合作用將水和二氧化碳轉(zhuǎn)變?yōu)橛袡C(jī)化合物并放出氧氣粘秆。葉綠體所攜帶遺傳物質(zhì)DNA如迟，以原核細(xì)胞的編碼方式轉(zhuǎn)錄合成一些自...
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基因組大小用Kb （千），Mb（百萬）攻走、Gb（十億）為單位描述基因組的大小殷勘。 bp = base pair(s)=一個堿基對 kb (= kbp) = kilo base pairs ...
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bowtie2比對軟件的安裝及參數(shù)詳解
測序數(shù)據(jù)分析軟件，Bowtie是一個超快的昔搂，存儲高效的短序列片段比對程序玲销。它能夠以每小時處理2500萬35bp reads的速度，將短的DNA序列片段（reads）比對到人類...
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石河子大學(xué)第一附屬醫(yī)院泌尿外科副主任醫(yī)師
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代謝組學(xué)10問10答——帶你輕松入門（基礎(chǔ)版）轉(zhuǎn)錄組瘩绒、蛋白組和代謝組，在這三大組學(xué)中带族，代謝組被認(rèn)為是難度最大的組學(xué)锁荔。因為代謝物種類多，組成復(fù)雜炉菲，涉及到的儀器平臺多堕战，分析方法難，數(shù)據(jù)庫多拍霜，標(biāo)準(zhǔn)品庫不全面等嘱丢，這些原因都導(dǎo)致了...
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RNA-seq 數(shù)據(jù)分析最佳實戰(zhàn)（綜述）知識的學(xué)習(xí)沒有一蹴而就，沒有捷近祠饺，扎實的學(xué)習(xí)是唯一的捷近越驻。 一篇RNA-seq分析流程的綜述，全面而詳細(xì)！深度好文缀旁，可用來反復(fù)閱讀记劈。初學(xué)者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)基礎(chǔ)——什么是RNA-seq當(dāng)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析時，會發(fā)現(xiàn)有兩種數(shù)據(jù)并巍。一種被稱為芯片數(shù)據(jù)（Microarray data)目木，另一種是下一代測序技術(shù)（NGS）得到的數(shù)據(jù)（eg，二代測序懊渡，三代測序）刽射。 目...
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轉(zhuǎn)錄組分析流程
一、讀文章獲取下載數(shù)據(jù) 1剃执、讀文章 一般我都從NCBI上面下載文章誓禁，找到數(shù)據(jù)號 2、下載數(shù)據(jù) 進(jìn)入NCBI的GEO數(shù)據(jù)庫肾档，輸入數(shù)據(jù)號摹恰，通過FTP下載數(shù)據(jù)，并使用fastq-d...
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GenomeSyn基因組共線性及結(jié)構(gòu)變異可視化工具三代Pacbio和Nanopore測序技術(shù)的快速發(fā)展推動了比較基因組學(xué)領(lǐng)域的進(jìn)步，泛基因組構(gòu)建和結(jié)構(gòu)變異識別成為該領(lǐng)域研究前沿速种。其中姜盈，共線性分析是比較基因組學(xué)的重要組成部分，...
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快速下載SRA文件及fastq-dump的小陷阱
基于prefetch, 2023.10.17測試可用在conda環(huán)境進(jìn)行SRA文件快速下載 1.安裝sra-tools: 2. 下載Accession List prefet...
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為什么prefetch不能用了
最近在下數(shù)據(jù)配阵，發(fā)現(xiàn)每次用prefetch都報錯，我很痛苦然后示血，今天早晨棋傍，我鼓起勇氣點開了報錯提供的連接，發(fā)現(xiàn)其實人家說的很清楚难审，只不過我被報錯沖昏了頭腦瘫拣。。https://g...
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Windows10下使用Ubuntu子系統(tǒng)
作者：__lifanxin鏈接：https://blog.csdn.net/A951860555/article/details/110038308[https://blog...
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生信工作者。
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生信初學(xué)者--小瑜
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隨筆記錄淮椰，方便查找；<br>歡迎掃碼交流
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葉綠體基因組基因、外顯子主穗、內(nèi)含子泻拦、基因間隔區(qū)提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 從注釋好的gb格式（GenBank Flat File）...
