最近在學(xué)習(xí)構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)玷坠，嘗試了用PHYML構(gòu)建ML樹(shù)和用MrBayes構(gòu)建貝葉斯樹(shù)哈肖，因?yàn)闃?gòu)建ML樹(shù)時(shí)用的是網(wǎng)站的PHYML進(jìn)行的惧互，操作簡(jiǎn)便粪糙，所以就未做整理，只詳細(xì)整理了一下貝葉...
IP屬地：浙江
-
用MrBayes構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)操作步驟整理總結(jié)
-
-
七. 植物葉綠體基因組--組裝，注釋和比較作圖（GetOrganelle福铅，GeSeq萝毛，Chloroplot，IRscope）一. 簡(jiǎn)介 葉綠體是綠色植物滑黔，藻類(lèi)和藍(lán)細(xì)菌進(jìn)行光合作用的場(chǎng)所笆包，光合作用將水和二氧化碳轉(zhuǎn)變?yōu)橛袡C(jī)化合物并放出氧氣。葉綠體所攜帶遺傳物質(zhì)DNA略荡，以原核細(xì)胞的編碼方式轉(zhuǎn)錄合成一些自...
-
基因組大小用Kb （千）庵佣，Mb（百萬(wàn)）、Gb（十億）為單位描述基因組的大小汛兜。 bp = base pair(s)=一個(gè)堿基對(duì) kb (= kbp) = kilo base pairs ...
-
bowtie2比對(duì)軟件的安裝及參數(shù)詳解
測(cè)序數(shù)據(jù)分析軟件巴粪，Bowtie是一個(gè)超快的，存儲(chǔ)高效的短序列片段比對(duì)程序序无。它能夠以每小時(shí)處理2500萬(wàn)35bp reads的速度验毡，將短的DNA序列片段（reads）比對(duì)到人類(lèi)...
-
石河子大學(xué)第一附屬醫(yī)院泌尿外科副主任醫(yī)師
-
-
代謝組學(xué)10問(wèn)10答——帶你輕松入門(mén)（基礎(chǔ)版）轉(zhuǎn)錄組哟玷、蛋白組和代謝組狮辽，在這三大組學(xué)中，代謝組被認(rèn)為是難度最大的組學(xué)巢寡。因?yàn)榇x物種類(lèi)多喉脖，組成復(fù)雜，涉及到的儀器平臺(tái)多抑月，分析方法難树叽，數(shù)據(jù)庫(kù)多，標(biāo)準(zhǔn)品庫(kù)不全面等谦絮，這些原因都導(dǎo)致了...
-
RNA-seq 數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)戰(zhàn)（綜述）知識(shí)的學(xué)習(xí)沒(méi)有一蹴而就题诵，沒(méi)有捷近洁仗，扎實(shí)的學(xué)習(xí)是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的綜述性锭，全面而詳細(xì)赠潦！深度好文，可用來(lái)反復(fù)閱讀草冈。初學(xué)者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個(gè)...
-
轉(zhuǎn)錄組學(xué)基礎(chǔ)——什么是RNA-seq當(dāng)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析時(shí)她奥，會(huì)發(fā)現(xiàn)有兩種數(shù)據(jù)。一種被稱(chēng)為芯片數(shù)據(jù)（Microarray data)怎棱，另一種是下一代測(cè)序技術(shù)（NGS）得到的數(shù)據(jù)（eg哩俭，二代測(cè)序，三代測(cè)序）蹄殃。 目...
-
轉(zhuǎn)錄組分析流程
一携茂、讀文章獲取下載數(shù)據(jù) 1、讀文章 一般我都從NCBI上面下載文章诅岩，找到數(shù)據(jù)號(hào) 2讳苦、下載數(shù)據(jù) 進(jìn)入NCBI的GEO數(shù)據(jù)庫(kù)，輸入數(shù)據(jù)號(hào)吩谦，通過(guò)FTP下載數(shù)據(jù)鸳谜，并使用fastq-d...
-
-
GenomeSyn基因組共線(xiàn)性及結(jié)構(gòu)變異可視化工具三代Pacbio和Nanopore測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展推動(dòng)了比較基因組學(xué)領(lǐng)域的進(jìn)步咐扭，泛基因組構(gòu)建和結(jié)構(gòu)變異識(shí)別成為該領(lǐng)域研究前沿。其中滑废，共線(xiàn)性分析是比較基因組學(xué)的重要組成部分蝗肪，...
-
快速下載SRA文件及fastq-dump的小陷阱
基于prefetch, 2023.10.17測(cè)試可用在conda環(huán)境進(jìn)行SRA文件快速下載 1.安裝sra-tools: 2. 下載Accession List prefet...
-
為什么prefetch不能用了
最近在下數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)每次用prefetch都報(bào)錯(cuò)蠕趁，我很痛苦然后薛闪，今天早晨，我鼓起勇氣點(diǎn)開(kāi)了報(bào)錯(cuò)提供的連接俺陋，發(fā)現(xiàn)其實(shí)人家說(shuō)的很清楚豁延，只不過(guò)我被報(bào)錯(cuò)沖昏了頭腦。腊状。https://g...
-
Windows10下使用Ubuntu子系統(tǒng)
作者：__lifanxin鏈接：https://blog.csdn.net/A951860555/article/details/110038308[https://blog...
-
生信工作者缴挖。
-
生信初學(xué)者--小瑜
-
隨筆記錄法焰，方便查找；<br>歡迎掃碼交流
-
葉綠體基因組基因倔毙、外顯子、內(nèi)含子乙濒、基因間隔區(qū)提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一陕赃、用途 從注釋好的gb格式（GenBank Flat File）...
