運(yùn)行命令 原因：提交任務(wù)指定的核數(shù)和命令里指定的核數(shù)不一致。
發(fā)簡(jiǎn)信
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Linux服務(wù)器安裝fastp，Hisat2, samtools和Htseq
cd /work/home/acwnw4bl7y/HT22/HT22export PATH=/work/home/acwnw4bl7y/sratoolkit.3.1.1-ce...
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Linux服務(wù)器安裝sratoolkit
查看服務(wù)器版本 注：RPM為Centos系統(tǒng)下載并解壓安裝包 加入環(huán)境變量或每次運(yùn)行前運(yùn)行命令 測(cè)試 參考資料： Windows安裝Aspera和sratoolkit - 簡(jiǎn)...
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新格元Celescope（三）：multi_rna生成單細(xì)胞基因表達(dá)矩陣
修改mapfile文件 修改run_shell.sh腳本文件 運(yùn)行 或者 提交計(jì)算任務(wù) 參考資料：
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新格元Celescope（二）：celescope rna mkref構(gòu)建單細(xì)胞比對(duì)的基因組索引文件
使用方法 1 下載基因組序列和基因組注釋文件 大鼠基因組和注釋文件：Rattus_norvegicus - Ensembl genome browser 105[http:/...
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新格元CeleScope（一）：軟件安裝
測(cè)試 顯示報(bào)錯(cuò)： 提示找不到 libcrypto.so.3厢钧，重新安裝openssl 提示不兼容 主要是和htslib不兼容公条，安裝指定版本的htslib 再次測(cè)試 安裝成功；貉蕖菠镇！...
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Cell Ranger(二)：cellranger mkref構(gòu)建單細(xì)胞比對(duì)的基因組索引文件參考資料： Build a Custom Reference for Cell Ranger (mkref) - Official 10x Genomics Support[...
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Cell Ranger(三)：cellranger count生成單細(xì)胞基因表達(dá)矩陣Cell Ranger需要在高配置的集群上才可以運(yùn)行稻励。將以下三個(gè)文件（解壓后的Cell Ranger軟件椎瘟，測(cè)序數(shù)據(jù)覆致，參考基因組）上傳到服務(wù)器端。 核心命令 以下是提交作業(yè)的界...
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R package：masstools畫一個(gè)阿魏酸的二級(jí)質(zhì)譜圖安裝 參考資料： Introduction of masstools ? masstools (tidymass.org)[https://masstools.tidymas...
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R package（二）：xcms代謝組學(xué)初探檢出peak官方推薦參數(shù) 查看檢出的features 上圖中一條線（實(shí)際為矩形）代表一個(gè)離子鉴扫，線的長(zhǎng)度代表峰寬，寬度代表質(zhì)荷比m/z的范圍澈缺。圖形不夠美觀坪创，也不能帶標(biāo)記labe...
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Hisat2報(bào)錯(cuò)：(ERR): hisat2-align exited with value 137
之前遇到過hisat2-align exited with value 134，這次遇到了137姐赡。屏幕顯示報(bào)錯(cuò)： hisat2 log顯示： 百度AI給出的解釋是 hisat...
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@1_2a9d 莱预，這種的我還沒試過，方便發(fā)一個(gè)測(cè)試一下嗎项滑？2018060369@nwafu.edu.cn
R package：xcms(一)：導(dǎo)入數(shù)據(jù)
導(dǎo)入所需要的包 1.單個(gè)樣本 導(dǎo)入 提取基峰色譜圖 2.多組數(shù)據(jù) 導(dǎo)入 提取基峰色譜圖 參考資料： LCMS data preprocessing and analysis ...
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@YaYaL 是的
大鼠轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)
1 軟件安裝 http://www.reibang.com/p/eb89ab4af035[http://www.reibang.com/p/eb89ab4af035]li...
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R package：xcms(三)：原始數(shù)據(jù)的檢查定義分組顏色 tic這個(gè)函數(shù)用于計(jì)算每個(gè)樣本所有保留時(shí)間內(nèi)的總的離子強(qiáng)度（包括二級(jí)質(zhì)譜）依沮，split用于將計(jì)算得到的總離子強(qiáng)度根據(jù)樣本拆分為列表。 計(jì)算樣品之間的相關(guān)性 bp...
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山河已秋，人間已晚
