文獻(xiàn)信息： 標(biāo)題：dbCAN-seq: a database of carbohydrate-active enzyme (CAZyme) sequence and anno...
發(fā)簡信
IP屬地：遼寧
-
dbCAN：CAZyme序列和注釋數(shù)據(jù)庫
-
宏基因組分箱（四）Blobology可視化Bin導(dǎo)讀 分箱就是將宏基因組測序數(shù)據(jù)組裝得到的contigs根據(jù)四核苷酸頻率和豐度模式進(jìn)行打包分類的過程罗洗，一個包裹也就是一個Bin代表一種微生物靠粪。Metawrap的Blobolo...
-
R語言：UPGMA聚類分析和樹狀圖導(dǎo)讀 非加權(quán)組平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA或average linkage)是一...
-
NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者左刽，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
-
微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從OTU table到marker物種筆記內(nèi)容：由二代測序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（.fastq）到OTU table， 距離矩陣刃滓，物種多樣性指數(shù)仁烹，序列的進(jìn)化樹及物種注釋信息的可分析數(shù)據(jù)，為常規(guī)分析流程咧虎∽跨郑可以使用usear...
-
16S測序分析（一）菌屬豐度表獲取導(dǎo)讀 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300測序是目前菌群結(jié)構(gòu)譜研究最為常用的測序手段。本文將以此類測序的下機(jī)數(shù)據(jù)為例展示“如何從Miseq測序數(shù)據(jù)中快速...
-
16S測序分析（五）用RandomForest尋找關(guān)鍵細(xì)菌導(dǎo)讀 用隨機(jī)森林“分類”的方法尋找16S測序數(shù)據(jù)中與分組有關(guān)的細(xì)菌老客。 一僚饭、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 標(biāo)準(zhǔn)化細(xì)菌豐度表格式要求：不用放樣本ID；最后一列放分組變量 二胧砰、R分析準(zhǔn)備 三、隨機(jī)森林...
-
如何正確理解菌群alpha-beta多樣性@(Dayueban)[腸道菌群|alpha多樣性|beta多樣性] 導(dǎo)讀 很多時候我們往往拿著現(xiàn)成的數(shù)據(jù)就開始分析了（因為有師兄師姐的代碼啊教程拔辍）尉间，或者干脆是公司測序和分...
-
-
-
做好當(dāng)下的事情
-
16S從實驗到數(shù)據(jù)分析最全流程文中會對遇到的問題進(jìn)行解答画切，圖表部分也做了比較詳細(xì)的說明，對初學(xué)者比較友好囱怕，當(dāng)然知道實驗部分會讓你對數(shù)據(jù)如何得來的有一個整體的把握霍弹，知其然而知其所以然，分析和解釋數(shù)據(jù)起來會更...
-
公眾號 R語言數(shù)據(jù)分析指南，歡迎大家關(guān)注
-
ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識台丛。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組范圍內(nèi)推測可能的開放染色質(zhì)位點...
-
微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié): qiime2-2019.1本次筆記內(nèi)容：qiime2-2019.1的16s分析流程硅蹦，以沒有barcode荣德，以demultiplexed的fastq文件為input.同微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小...
-
Metagenomic workflow 宏基因組分析流程更新 查看新版：宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新 - 簡書 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
