文獻(xiàn)信息： 標(biāo)題：dbCAN-seq: a database of carbohydrate-active enzyme (CAZyme) sequence and anno...
發(fā)簡信
IP屬地：四川
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dbCAN：CAZyme序列和注釋數(shù)據(jù)庫
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宏基因組分箱（四）Blobology可視化Bin導(dǎo)讀 分箱就是將宏基因組測序數(shù)據(jù)組裝得到的contigs根據(jù)四核苷酸頻率和豐度模式進(jìn)行打包分類的過程芋浮，一個(gè)包裹也就是一個(gè)Bin代表一種微生物基茵。Metawrap的Blobolo...
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R語言：UPGMA聚類分析和樹狀圖導(dǎo)讀 非加權(quán)組平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA或average linkage)是一...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從OTU table到marker物種筆記內(nèi)容：由二代測序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（.fastq）到OTU table， 距離矩陣忆肾，物種多樣性指數(shù)，序列的進(jìn)化樹及物種注釋信息的可分析數(shù)據(jù)菱肖，為常規(guī)分析流程客冈。可以使用usear...
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16S測序分析（一）菌屬豐度表獲取導(dǎo)讀 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300測序是目前菌群結(jié)構(gòu)譜研究最為常用的測序手段蔑滓。本文將以此類測序的下機(jī)數(shù)據(jù)為例展示“如何從Miseq測序數(shù)據(jù)中快速...
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16S測序分析（五）用RandomForest尋找關(guān)鍵細(xì)菌導(dǎo)讀 用隨機(jī)森林“分類”的方法尋找16S測序數(shù)據(jù)中與分組有關(guān)的細(xì)菌郊酒。 一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 標(biāo)準(zhǔn)化細(xì)菌豐度表格式要求：不用放樣本ID键袱；最后一列放分組變量 二燎窘、R分析準(zhǔn)備 三、隨機(jī)森林...
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如何正確理解菌群alpha-beta多樣性@(Dayueban)[腸道菌群|alpha多樣性|beta多樣性] 導(dǎo)讀 很多時(shí)候我們往往拿著現(xiàn)成的數(shù)據(jù)就開始分析了（因?yàn)橛袔熜謳熃愕拇a啊教程疤憧А）褐健，或者干脆是公司測序和分...
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做好當(dāng)下的事情
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16S從實(shí)驗(yàn)到數(shù)據(jù)分析最全流程文中會(huì)對(duì)遇到的問題進(jìn)行解答坐梯，圖表部分也做了比較詳細(xì)的說明，對(duì)初學(xué)者比較友好刹帕，當(dāng)然知道實(shí)驗(yàn)部分會(huì)讓你對(duì)數(shù)據(jù)如何得來的有一個(gè)整體的把握吵血，知其然而知其所以然，分析和解釋數(shù)據(jù)起來會(huì)更...
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公眾號(hào) R語言數(shù)據(jù)分析指南，歡迎大家關(guān)注
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識(shí)挫掏。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組范圍內(nèi)推測可能的開放染色質(zhì)位點(diǎn)...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié): qiime2-2019.1本次筆記內(nèi)容：qiime2-2019.1的16s分析流程杠河，以沒有barcode碌尔，以demultiplexed的fastq文件為input.同微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小...
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Metagenomic workflow 宏基因組分析流程更新 查看新版：宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新 - 簡書 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
