Strand bias 鏈偏好 背景 造成鏈偏好的原因： 1.Local realignment目的就是將比對(duì)到indel附近的reads進(jìn)行局部重新比對(duì)伤极，將比對(duì)的錯(cuò)誤率降到...
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2020-05-11Strand bias 鏈偏好 -
一步到位-生信分析流程構(gòu)建框架介紹我們都知道生物信息學(xué)（Bioinfomatics）包含兩個(gè)部分：bio和informatics，即利用生物數(shù)據(jù)通過計(jì)算機(jī)學(xué)或統(tǒng)計(jì)學(xué)或數(shù)學(xué)的方法發(fā)現(xiàn)這些數(shù)據(jù)背后所具有的生物學(xué)意...
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gatk VariantFiltration（Mutect2后）參數(shù)調(diào)整關(guān)于vcf文件的學(xué)習(xí)（所有的需要信息都在頭文件中） FORMAT variants的格式，例如GT:AD:DP:GQ:PL GT:樣品的基因型（genotype） 兩個(gè)數(shù)字中...
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R包c(diǎn)lusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID缺脉、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無參考基因組該怎么辦悦穿，值得一看 簡(jiǎn)單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開頭...
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使用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包攻礼，看過了它的繪圖就會(huì)使人沉迷于其顏值無法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔栗柒，加上了我的測(cè)試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）礁扮。 一、...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)中到底應(yīng)該如何處理線粒體基因
什么是線粒體基因 線粒體是參與細(xì)胞凋亡啟動(dòng)和執(zhí)行的主要細(xì)胞器之一瞬沦。線粒體基因在大多數(shù)細(xì)胞中表達(dá)太伊，其表達(dá)水平是細(xì)胞類型特異性的。也就是說這個(gè)也是和細(xì)胞類型及其狀態(tài)有關(guān)系的逛钻。 為...
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CellPhoneDB：細(xì)胞受體配體互作分析工具最近在學(xué)習(xí)cellphoneDB僚焦，順便寫一個(gè)學(xué)習(xí)記錄吧。 簡(jiǎn)介 CellPhoneDB是一個(gè)可公開獲取的受體曙痘、配體及其相互作用的存儲(chǔ)庫芳悲。配體和受體都包含亞基結(jié)構(gòu)立肘，準(zhǔn)確表征異質(zhì)...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）通訊分析之NicheNethello，大家好名扛，今天我們來分享一個(gè)做細(xì)胞通訊的分析軟件NicheNet谅年，這個(gè)軟件最大特點(diǎn)就是預(yù)測(cè)配體活性，所以很多文章里都將NicheNet和cellphoneDB聯(lián)合使...
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RNA velocity分析練習(xí)（四）聚類以及velocity可視化系列回顧：1.RNA velocity分析練習(xí)（一）文件下載以及預(yù)處理2.RNA velocity分析練習(xí)（二）軟件安裝3.RNA velocity分析練習(xí)（三）生成loom...
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Seurat::DoHeatmap 的謎之報(bào)錯(cuò)Seurat::DoHeatmap 的謎之報(bào)錯(cuò) 最近在學(xué)習(xí)Seurat教程（Seurat版本3.0.2）肮韧，發(fā)現(xiàn)運(yùn)行到倒數(shù)第二步做熱圖展示marker genes時(shí)總是報(bào)錯(cuò) 主...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-5-熟悉文獻(xiàn)作者提供的兩個(gè)表達(dá)矩陣劉小澤寫于19.6.17-第二單元第三講：熟悉文獻(xiàn)作者提供的兩個(gè)表達(dá)矩陣 筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：ht...
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這個(gè)世界流行離開惹苗，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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ReactomeGSA：高效的單細(xì)胞通路分析工具前情提要： SPATA：基因集驅(qū)動(dòng)的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架[http://www.reibang.com/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集結(jié)果可視...
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R語言可視化（三十一）：棒棒糖圖繪制31. 棒棒糖圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用ggplot2包繪制棒棒糖圖 使用ggpubr包繪制棒棒糖圖
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[http://www.reibang.com/p...
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單細(xì)胞軌跡推斷分析（擬時(shí)間分析）dyno使用教程作者：yuanzan鏈接：dyno使用教程--1個(gè)R包實(shí)現(xiàn)59種單細(xì)胞軌跡推斷分析)來源：微信公眾號(hào)著作權(quán)歸作者所有殿较，任何形式的轉(zhuǎn)載都請(qǐng)聯(lián)系作者。 在上一期的《單細(xì)胞軌跡分析...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)擬時(shí)序分析-destiny單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析常用到建立trajectory和pseudoTime桩蓉，擬時(shí)序分析可以用 Diffusion（ Destiny R package） 給每個(gè)細(xì)胞添加注釋信息淋纲，如這...
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空間轉(zhuǎn)錄組教程||用BayesSpace提高分群和基因分辨率最近開發(fā)的空間基因表達(dá)技術(shù)，如空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以在保留空間背景的同時(shí)院究，全面測(cè)量轉(zhuǎn)錄組譜洽瞬。然而，現(xiàn)有的空間基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析方法往往不能有效利用空間信息业汰，不能解決技術(shù)分辨率有限的問...
