一赎离、數(shù)據(jù)處理 1、數(shù)據(jù)導入 step1：單擊【文件】-【打開】-【數(shù)據(jù)】气笙，彈出【打開數(shù)據(jù)】對話框。在左上角的【查找范圍】找到文件所在位置怯晕，下方【文件類型】右側下拉菜單中根據(jù)文...
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SPSS-描述性分析 -
計算RSCU值并繪圖1.計算RSCU值 可以直接用pip安裝CAI 自己寫個RSCU.py計算RSCU值潜圃，當然你也可以通過在線版EMBOSS[http://www.bioinformatics....
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選擇壓力（dn/ds）計算dn/ds又叫ka/ks，具體的概念舟茶，意義百度上都有√菲冢現(xiàn)主要介紹最近用到的三種計算途徑，分別是maga7稚晚，datamonkey崇堵，paml。 做選擇壓力分析的序列文件客燕，需要先c...
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Fst鸳劳、PI、TajimaD值的計算Fst值的計算 群體間分化指數(shù)fst,取值范圍0~1也搓，值越大表明群體間分化程度越高赏廓，親緣關系越遠。 這個窗口大小和步長不影響結果 曼哈頓圖 首先上傳數(shù)據(jù)傍妒，每列數(shù)據(jù)類型都為數(shù)值...
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vcftools 計算 pi、fst颤练、tajima's D
計算每個位點的多態(tài)性既忆； vcftools --vcf test.vcf --site-pi --positions SNP_list.txt --out out.txt...
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讀文章重復結果：使用DnaSp軟件計算核苷酸多態(tài)性Pi(nucleotide diversity)
葉綠體基因組的文章中通常會有一小部分內容是運用DnaSp軟件來進行核苷酸多態(tài)性π分析，斷斷續(xù)續(xù)看了也好長時間了嗦玖，今天終于重復出了結果患雇，簡單記錄自己的重復過程： 論文：comp...
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系統(tǒng)發(fā)育樹構建簡明教程1. 前言 構建一棵系統(tǒng)發(fā)育樹是研究系統(tǒng)學和進化的基礎。然而庐舟，發(fā)育樹的構建是對分類單元進化歷史的推測，因此對發(fā)育樹的可靠性檢驗也是重中之重。一棵發(fā)育樹的獲得大致分為數(shù)據(jù)輸入墨辛、...
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iTOL進化樹調圖細節(jié)記錄iTOL基本用法已經(jīng)會了，之前記錄過一點：系統(tǒng)發(fā)育（進化）樹繪制小結[http://www.reibang.com/p/20af7e003d19]趴俘。最近重用睹簇，調圖時又發(fā)現(xiàn)了...
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進化樹-itol上色美化
進化樹或者系統(tǒng)發(fā)育樹在微生物及群體結構分析中是很常見的分析條目。進化樹構建有很多方法寥闪，結果也大體相似太惠，但是最終呈現(xiàn)的形式確是多種多樣的，今天給大家介紹使用itol進行進化樹的...
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進化樹在線制作工具iTOL教程（1）：基本操作使用界面 與Evolview一樣疲憋，可以注冊后使用凿渊，也可以白嫖，點擊upload即可上傳樹文件 基本操作 右側controls負責對進化樹進行修改： basic主要負責修改樹的...
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進化樹美化——evolview基本命令速查與教程EVOLVIEW能干什么缚柳？ Evolview是一款強大的進化樹在線編輯軟件埃脏，使用它可以制作出高顏值的進化樹，網(wǎng)站地址為https://evolgenius.info//evo...
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使用iTOL美化進化樹
小編之前寫過一篇使用“ggtree" 快速美化進化樹的文章（使用ggtree對進化樹進行分組美化 - 簡書）秋忙，但是有好多同學反映不會使用R語言彩掐，很難讀懂那些代碼。于是灰追，小編又...
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Iqtree2：新模型高效構建系統(tǒng)發(fā)育樹
系統(tǒng)發(fā)育推斷（phylogenetic inference）的算法五花八門裁奇，從最簡單的UPGMA法桐猬，到鄰接法（neighbor joining）麦撵、最大簡約法（maximum ...
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MEGA導出蛋白編碼序列第1,2位密碼子2021-01-241.準備一個密碼子比對好的序列 2.使用MEGA打開選擇分析模式 3.選擇核酸序列 4.詢問是不是編碼蛋白序列刽肠，選擇“是” 5.選擇序列物種類群密碼子表溃肪，我選擇的是5號無脊椎...
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linux腳本 | 去除系統(tǒng)發(fā)育樹的支長和節(jié)點信息介紹 系統(tǒng)發(fā)育樹文件通常帶有支長和節(jié)點信息，如遺傳距離音五、位點數(shù)惫撰、支持率、分化時間等等躺涝，生成這樣的信息一般是通過軟件基于序列信息計算得到的厨钻。而在某些情況，我們需要刪除這些信息坚嗜，...
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Linux查看軟件包安裝目錄及位置
linux系統(tǒng)中夯膀，軟件一般默認安裝在“/usr/share”和“/usr/local”這兩個路徑下。想知道系統(tǒng)下安裝了哪些軟件包苍蔬，以及軟件包具體安裝在哪個目錄下诱建，可以用以下6...
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使用partitionfinder分區(qū)建系統(tǒng)發(fā)育樹當我們用多個串聯(lián)基因建樹時，如果把多基因串聯(lián)數(shù)據(jù)看做一個整體碟绑，只計算整體的核苷酸替換模型及參數(shù)俺猿，那么就是不分區(qū)建樹，操作方法和單基因的建樹相同格仲，具體的操作方法參照之前寫過的文...
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如何用PPT設計繪制一個分割型圓弧圖緣起：看到這樣一張PPT押袍，大家有沒有想過這個分割型的圓弧的形狀是怎么做成的呢？ 首先我想到的是插入形狀凯肋，但是我去形狀里面找啊找谊惭，也沒有找到這樣的形狀啊。那只能另辟蹊徑了侮东。 第...
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小Tips||如何提取論文中的高清圖片午笛？
我們平時在做各種匯報的時候，經(jīng)常會引用各種圖表苗桂，部分文章會單獨提供圖表作為補充材料药磺，而大多數(shù)文章會把圖放在原文中，我們在提取的時候煤伟，多采用截屏的方式癌佩，清晰度往往會比較低，不僅...
