作者，Evil Genius 單細(xì)胞空間外顯子課程這周第四課就結(jié)束了炫刷，感興趣的可以聯(lián)系飒硅。 今日參考文獻(xiàn) 從多樣本空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(ST)數(shù)據(jù)中檢測和解剖異常組織結(jié)構(gòu)域(DDATD...
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多樣本空間轉(zhuǎn)錄組分析異常組織結(jié)構(gòu)域 -
單細(xì)胞空間多組學(xué)分析中的外顯子分析部分作者运沦，Evil Genius 之前分享了很多關(guān)于多組學(xué)的內(nèi)容了击孩，其中涉及到外顯子的部分分析呢，我基本都一筆帶過了昼伴，很多高分文章都運(yùn)用到了外顯子突變類的信息分析匾旭，以下為文章示例...
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全外顯子組測序（WES）分析2: SigProfiler（突變特征分析）SigProfiler 提供一套全面、集成的生物信息學(xué)工具圃郊，用于執(zhí)行突變特征分析价涝。該軟件涵蓋了從生成突變矩陣到特征提取的整個分析生命周期，以及繪圖和模擬支持功能持舆。 1. Si...
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10X單細(xì)胞色瘩、空間、WES測序分析揭示腫瘤微環(huán)境進(jìn)化區(qū)域異質(zhì)性作者逸寓，Evil Genius 科研和臨床其實(shí)有很多共同的地方居兆，大家都知道多組學(xué)是方向，目前單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組竹伸、ATAC泥栖、VDJ、空間轉(zhuǎn)錄組勋篓、空轉(zhuǎn)VDJ吧享、宏基因組、外顯子等幾個方向...
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為小鼠(GRCm38) 構(gòu)建 GATK resource bundle前提：眾所周知拜银，GATK 為人提供了 一些 boundle resource 殊鞭，但是沒有提供小鼠的資源。比如dbsnp尼桶， indel操灿，這些都是需要自己準(zhǔn)備的。而在跑BaseR...
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課前準(zhǔn)備----空間轉(zhuǎn)錄組微生物檢測與分析作者，Evil Genius 參考文章Effect of the intratumoral microbiota onspatial and cellular heterog...
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GTF處理腳本 - GTFtoolsGTFtools：一個靈活而強(qiáng)大的GTF文件處理工具 GTFtools是一款用Python編寫的命令行工具，專門用于處理基因轉(zhuǎn)錄格式（GTF）文件谤碳。GTF文件是一種用于描述基...
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單細(xì)胞筆記9-scATAC-seq測序方法和數(shù)據(jù)分析
引言 轉(zhuǎn)坐酶（Transpose）檢測染色質(zhì)開放性（Accessibility）結(jié)合高通量測序（Assay for Transposase-Accessible Chroma...
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什么是大型語言模型 ？引言 在本文[https://medium.com/@waylandzhang/what-is-large-language-model-llms-zero-to-hero-...
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單細(xì)胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件溢豆、peak calling蜒简，以及counts矩陣的關(guān)系，本文就來梳理一下scATAC-seq的上游數(shù)據(jù)處理中的...
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【圖結(jié)構(gòu)】之圖注意力網(wǎng)絡(luò)GAT詳解以及GAT的推廣部分內(nèi)容轉(zhuǎn)載自：https://blog.csdn.net/qq_41995574/article/details/99931294[https://blog.csdn.ne...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）通訊分析之總結(jié)Nichenet生態(tài)位通訊比較分析作者漩仙，追風(fēng)少年i 系統(tǒng)總結(jié)nichenet多條件通訊差異分析 nichenet的原理大家可以參考文章10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）通訊分析之NicheNet[http://...
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空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之空間軌跡（Spatial tendency）作者搓茬，Evil Genius 今天2024年5月21日，凌晨队他，也就是昨晚卷仑，又一個鮮活的生命在太原從橋上跳下。 往事不堪回首 今天我們來學(xué)習(xí)空間軌跡 空間軌跡包括空間基因軌跡和...
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一文看懂病原微生物檢測（下篇）
作者：biofan審稿：童蒙編輯：amethyst 繼一文看懂病原微生物檢測（上篇）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MjM5NTE4...
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單細(xì)胞空間宏基因組揭秘微生物群對癌癥空間和細(xì)胞異質(zhì)性的作用2作者麸折，Evil Genius 陽了個陽锡凝，出門在外，注意保護(hù)自己垢啼。 本篇參考文章Effect of the intratumoral microbiota on spatial...
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2024空間轉(zhuǎn)錄組分析方向和文獻(xiàn)分享作者窜锯，Evil Genius~~ 這一篇我們來匯總一下最新的空間轉(zhuǎn)錄組的分析思路，這些方面目前都是‘荒漠’芭析，是機(jī)遇锚扎，更是機(jī)會。 空間轉(zhuǎn)錄組的運(yùn)用方向：轉(zhuǎn)錄馁启、蛋白 ST需要解決...
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從頭開始構(gòu)建 Transformer: 注意力機(jī)制引言 Transformer 模型已經(jīng)遍布各個領(lǐng)域驾孔，它們構(gòu)成了像 ChatGPT 這樣的當(dāng)代語言模型的核心。這些模型還協(xié)助了如 Stable Diffusion 和 Dall...
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Roadmap paper解讀Integrative analysis of 111 reference human epigenomes 因?yàn)槲业拿枋龆际腔谖易约旱睦斫夤吒恚灰欢ㄕ_翠勉，所以我的習(xí)慣是解析...
