@開心果_a8df 請(qǐng)問怎么解決呀耐版？
GREAT網(wǎng)頁版學(xué)習(xí)筆記（預(yù)測(cè)順式調(diào)控元件）參考文章：1.使用GREAT對(duì)peak進(jìn)行功能注釋2.用網(wǎng)頁版工具GREAT來對(duì)CHIP-seq的peaks進(jìn)行下游功能分析 前幾天老板心血來潮幽七，在視頻里教給我一個(gè)軟件的使用...
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轉(zhuǎn)換p-adjust
P值叭莫、Q值和P值調(diào)整（P-adjust）是統(tǒng)計(jì)學(xué)中用于量化統(tǒng)計(jì)顯著性和進(jìn)行假設(shè)測(cè)試校正的三個(gè)相關(guān)但不同的概念舅踪。了解它們之間的區(qū)別對(duì)于正確解釋統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果非常重要抚岗。 P值 (P...
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進(jìn)化背景下的人類加速區(qū)域和其他人類特異性序列變異及其與大腦發(fā)育的相關(guān)性
該篇文獻(xiàn)是2018年發(fā)表的綜述雇庙，詳細(xì)整理了加速進(jìn)化區(qū)的概念瞧甩、研究歷程钉跷、目前的研究成果。雖然是比較早的文獻(xiàn)肚逸，但是可作為了解加速進(jìn)化區(qū)的良好工具爷辙。 該領(lǐng)域關(guān)注的問題：智人作為智人...
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LTR組裝指數(shù)（LAI）評(píng)估基因組基因組組裝完成后，可通過查看contig的N50或者BUSCO朦促，以及LAI評(píng)估組裝質(zhì)量膝晾。本文就LAI方法做一簡(jiǎn)單介紹。 基因組中的重復(fù)序列大體分為兩類： 串聯(lián)重復(fù)（Tande...
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2022-06-10關(guān)于基因組LAI評(píng)估的幾點(diǎn)思考
1. LTR鑒定和LAI評(píng)估（> 5G基因組） 1）需要同時(shí)利用LTR_Finder和LTR_harvest同時(shí)鑒定务冕，但是這兩個(gè)都是單線程血当，巨慢，尤其是LTR_Finder禀忆。...
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【生信學(xué)習(xí)記錄】合并vcf文件
參考出處http://www.reibang.com/p/1f5c2cfe20d5 合并個(gè)體的snp的vcf文件 1.建立索引文件： tabix -p vcf *.vcf....
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滑窗統(tǒng)計(jì)基因組的一些特征值比如基因密度和GC含量1.劃分窗口bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows 2.計(jì)算每個(gè)滑窗內(nèi)基因的數(shù)量 #同理可以...
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我要偷偷內(nèi)卷，然后驚艷所有人戴涝！
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生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（六）：基因組質(zhì)量撤奸、一致性、保守性喊括、LAI等評(píng)估寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組組裝指標(biāo)評(píng)估 為什么...
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busco軟件使用詳解BUSCO[https://busco.ezlab.org] - 組裝質(zhì)量評(píng)估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Or...
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請(qǐng)問拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)文件怎么寫的郑什，可以詳細(xì)說說嗎
用qpGraph估計(jì)群體混合程度
混合圖(admixture graph)的一般方法是基于等位基因頻率，通過系統(tǒng)樹重建不同群體之間的遺傳關(guān)系蒲肋，從而允許添加混合事件蘑拯。該方法在定義的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)上運(yùn)行钝满，并與測(cè)試組的預(yù)...
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石河子大學(xué)第一附屬醫(yī)院泌尿外科副主任醫(yī)師
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利用R語言作PPI（免String網(wǎng)頁和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw弯蚜，本人稍作修改，原文是針對(duì)小鼠剃法，現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝笏檗啵芏鄷r(shí)候...
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【動(dòng)植物研究動(dòng)態(tài)】2022年1-3月收藏的文獻(xiàn)
微信收藏夾中的文獻(xiàn)解讀，只整理出今年2022年已收藏的部分文獻(xiàn)贷洲，之前的太多收厨，不列了。后續(xù)計(jì)劃每周更一次优构，自己會(huì)看得更認(rèn)真點(diǎn)诵叁，解讀更詳細(xì)些。 Nature Genetics |...
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生信、AI彪腔、大數(shù)據(jù)侥锦、育種。MiyuanBiotech
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awk基本用法 漫仆、 awk應(yīng)用案例 捎拯、 綜合腳本
鏈接[https://tts.tmooc.cn/ttsPage/LINUX/NSDTN202012/SHELL/DAY05/COURSE/ppt.html] 一，sed其他指...
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群體遺傳學(xué)習(xí)筆記-基礎(chǔ)知識(shí)
群體遺傳學(xué)介紹 傳統(tǒng)群體遺傳學(xué)是基于觀察到的等位基因頻率與預(yù)期頻率的分析盲厌。例如署照，在Wright-Fisher模型下，你可能會(huì)看到有性繁殖的二倍體個(gè)體群體吗浩，而且這些種群沒有重疊...
