The re-squiggle algorithm aligns raw signal (electric current nanopore measurements) to...
IP屬地：上海
-
Nanopore 數(shù)據(jù)分析軟件tombo（三）Re-squiggle (Raw Signal Genomic Alignment)
-
10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞過濾那些事hello，大家好，今天已經(jīng)是五一假期的第二天责球，本人呢李丰，哪也去不了，只好在家歇著，所以呢，給自己找點(diǎn)事做真友，本人93年，單身紧帕，現(xiàn)居天津武清盔然，女孩子有沒有想談戀愛了，可以聯(lián)系我是嗜，...
-
單細(xì)胞RunPCA()結(jié)果解讀+DimHeatmap的用法單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析-SCENIC1 簡(jiǎn)介： 轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是與特定DNA序列結(jié)合 (TFBS/motif) 愈案，調(diào)控DNA轉(zhuǎn)錄過程的一類蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄因子在...
-
2023-09-13-SCENIC 踩坑全記錄-第一篇下載數(shù)據(jù)： 1. 網(wǎng)站地址: https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/old/[https://resource...
-
scRNA基礎(chǔ)分析-5：偽時(shí)間分析scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包鹅搪、導(dǎo)入數(shù)據(jù)站绪、過濾質(zhì)控 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細(xì)胞類型 - 簡(jiǎn)書 scRNA基...
-
“AnnotatedDataFrame” is not a defined class/“AnnotatedDataFrame”不是有定義的類別
library(monocle)就可以了
-
plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)簡(jiǎn)介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級(jí)功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對(duì)象直接進(jìn)行可視化繪圖丽柿，主要依賴于Seurat V4崇众，circlize，Compl...
-
Seurat查看不同亞群的高表達(dá)基因排行（AverageExpression）2022-06-01
適用背景 雖然單細(xì)胞絕大多數(shù)時(shí)候都關(guān)注差異表達(dá)基因（DEG）航厚，但在分析中途會(huì)發(fā)現(xiàn)有些奇奇怪怪的基因會(huì)在所有細(xì)胞中都高表達(dá)，所以這篇文章才寫了下面這個(gè)函數(shù)ave_top锰蓬，用于選...
