有時候進行比對的物種沒有GTF文件，需要轉(zhuǎn)化GFF為GTF文件才能用于featureCounts計數(shù)勉吻，這時需要用到gffread這個軟件，進行以下操作：
發(fā)簡信
IP屬地：北京
-
GFF文件轉(zhuǎn)化為GTF并用于featureCounts計數(shù)
-
Excluding Oct4 from Yamanaka Cocktail Unleashes the Developmental Potential of iPSCs從山中四因子OSKM中排除 Oct4 可以釋放 iPSC 的發(fā)育潛力Excluding Oct4 from Yamanaka Cocktail Unleashes the D...
-
成纖維細(xì)胞誘導(dǎo)hiPSC優(yōu)化Optimization of episomal reprogramming for generation of human induced pluripotent stem...
-
pySCENIC運行報錯：python3.9/site-packages/pyscenic/transform.py:42: FutureWarning: In the future `np.o...按照網(wǎng)上教程安裝各種依賴包后旅赢，運行pyscenic仍然報錯： 經(jīng)查閱是由以下原因?qū)е碌某萏遥琜BUG] Installation error · Issue #518 · aer...
-
tximport報錯：Error in .local(object, ...) : None of the transcripts in the quantification files ...
salmon數(shù)據(jù)用txiport導(dǎo)入R時，明明用的都是一樣的轉(zhuǎn)錄本注釋鲜漩，但是提示None of the transcripts in the quantification f...
-
那些常用的limma操作劉小澤寫于19.12.29 + 2020.1.1這一篇不扯別的源譬，只列我認(rèn)為比較重點的limma包的知識，所以代碼部分可能比較多孕似。但也會用不同的知識點來區(qū)分 前言 limma的...
-
加速你的Conda——LibmambaAnaconda | A Faster Solver for Conda: Libmamba[https://www.anaconda.com/blog/a-faster-c...
-
conda install 報錯 File "/home/lilab/miniconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/exception_hand ...conda install 或update安裝軟件一直出現(xiàn)以下報錯信息 踩娘，始終無法更新或安裝新的軟件，估計是之前有一次更新軟件時中間被意外打斷造成的沖突 后來嘗試過各種方法，...
-
如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù)如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù) 總體介紹 deeptools是基于Python開發(fā)的一套工具帆疟，用于處理諸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq,...
-
ChIP-seq實踐（非轉(zhuǎn)錄因子，非組蛋白）在實戰(zhàn)之前宇立，首先對CHIP-seq分析做一些了解踪宠，以下是從各個地方copy過來綜合起來的，有些散亂妈嘹，是我認(rèn)為重要以及應(yīng)該了解的知識點柳琢。chip-seq 實戰(zhàn)就跟在轉(zhuǎn)錄組和外顯...
-
ChIP-seq實踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)在實踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識點：（參考文章：http://www.reibang.com/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測染色質(zhì)的類型（異...
-
2020-06-17 RIPSeeker: 用于從RIP-seq實驗中識別蛋白質(zhì)相關(guān)轉(zhuǎn)錄本的統(tǒng)計R包
RIPSeeker clp 17 June, 2020 RIPSeeker: 用于從RIP-seq實驗中識別蛋白質(zhì)相關(guān)轉(zhuǎn)錄本的統(tǒng)計R包 RIPSeeker使用具有負(fù)二項分布概...
-
CLIP润脸、RIP-seq講座視頻筆記系列筆記基于達澈生物講座視頻柬脸，從中初步學(xué)習(xí)了解生信分析中常遇到的組學(xué)分析技術(shù)。ChIP-seq和 CUT&Tag毙驯、CUT&RUN講座視頻筆記 - 簡書 [https://w...
-
利用HOMER預(yù)測目標(biāo)序列的motif（從運行程序到結(jié)果解讀倒堕，以及注意事項）關(guān)于查找motif，目前有很多種軟件可以進行預(yù)測爆价。我所在的實驗室通常使用FIMO（MEME套件里的一個）涩馆，但是有很多文獻里也提到了HOMER這個軟件，并且不乏一些影響因子很高...
-
CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（3）這是CUT&Tag數(shù)據(jù)分析的最后一部分允坚，這一部分基本就是進行各種的可視化了。 第七節(jié) 可視化 通常蛾号，我們感興趣的是使用基因組瀏覽器在各個區(qū)域可視化染色質(zhì)landscape稠项。I...
-
CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（2）在開始筆記之前我只想吐槽一下，官網(wǎng)里這一部分的代碼錯的離譜Ｏ式帷Ｕ乖恕！各種報錯報的我懷疑人生精刷。拗胜。。 第四節(jié) 比對結(jié)果過濾和文件格式轉(zhuǎn)換 （一）利用比對質(zhì)量過濾比對上的【可選步驟】 ...
-
CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（1）前幾天學(xué)習(xí)了文獻CUT&Tag[http://www.reibang.com/p/335aec753039]怒允，了解了原理以后埂软，可以跟著官網(wǎng)來學(xué)習(xí)如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
-
MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心勘畔，又辜負(fù)了努力
-
SCTransform：單細(xì)胞樣本的標(biāo)準(zhǔn)化Seurat從3.0版本引進了SCTransform這個函數(shù)用來對數(shù)據(jù)做標(biāo)準(zhǔn)化所灸，并且這一個函數(shù)可以代替三個函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
