看到知乎一個(gè)好的文章分享沧烈。https://www.zhihu.com/tardis/sogou/art/83654843[https://www.zhihu.com/tard...
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@開(kāi)心果_a8df 您好蓬蝶，這個(gè)asia的網(wǎng)點(diǎn)也不是很穩(wěn)定蝌麸，有時(shí)候能跑出來(lái)，很快，有時(shí)候就依舊報(bào)錯(cuò)是尖，網(wǎng)站限制問(wèn)題瞒御，我之前查閱解決這個(gè)問(wèn)題的時(shí)候發(fā)現(xiàn)有些人用的是這個(gè)網(wǎng)站2020年或者2021年的鏡像網(wǎng)站羽德，但是很可惜我嘗試后都行不通几莽，挺看運(yùn)氣的。
biomaRt基因同源轉(zhuǎn)換時(shí) 使用中遇到Timeout was reached的解決辦法
根據(jù)之前別人po文中的代碼進(jìn)行宅静，發(fā)現(xiàn)行不通 出現(xiàn)了下面這樣子的報(bào)錯(cuò)： 看了下bioconduct上管理員還是誰(shuí)回復(fù)的說(shuō)是近期biomaRt上有很多下載大量數(shù)據(jù)的人银觅，導(dǎo)致速度變...
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雙熒光素酶實(shí)驗(yàn)學(xué)習(xí)報(bào)告基因: 螢火蟲(chóng)熒光素酶內(nèi)參基因：海參熒光素酶 應(yīng)用，我需要用到的兩個(gè)方面：1.驗(yàn)證miRNA和mRNA靶向互作坏为，將待測(cè)基因的3'UTR序列插入報(bào)告基因載體究驴，再共轉(zhuǎn)入該mi...
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通過(guò)NCBI下載mRNA的序列
最近需要獲得一批引物，直接交給公司設(shè)計(jì)較慢匀伏，設(shè)計(jì)過(guò)程中需要獲得mRNA的序列洒忧，于是稍微學(xué)習(xí)了一下，現(xiàn)記錄一下够颠。 先是登陸NCBI網(wǎng)站主頁(yè)：https://www.ncbi.n...
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@CrimsonUMO 感謝您的回復(fù)熙侍，我之前在醫(yī)院里、家里履磨、學(xué)校校園網(wǎng)都嘗試過(guò)了蛉抓，只有一次在深夜2點(diǎn)用這個(gè)2020年的網(wǎng)頁(yè)歷史記錄跑成功過(guò)一次，第二天再試就失敗了剃诅。瀏覽器能進(jìn)入ensemble.org網(wǎng)站巷送，今天使用的是校園網(wǎng)，嘗試跑了一下您的整體代碼矛辕。
rm(list=ls())# 一鍵釋放工作環(huán)境
library(biomaRt)
listMarts()
mart = useMart('ensembl')
head(listDatasets(mart))
dataset <- listDatasets(mart)
dataset$description[grep("mouse",dataset$description)]
bmart <- useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
dataset = "mmusculus_gene_ensembl",
host = "www.ensembl.org")
在最后這個(gè)函數(shù)的時(shí)候依舊出現(xiàn)了網(wǎng)絡(luò)報(bào)錯(cuò)：
Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :
Timeout was reached: [www.ensembl.org:80] Operation timed out after 10001 milliseconds with 154534 bytes received
In addition: Warning message:
Ensembl will soon enforce the use of https.
Ensure the 'host' argument includes "https://";
加上https://也無(wú)法成功笑跛，報(bào)錯(cuò)為Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :
Timeout was reached: [www.ensembl.org:443] Operation timed out after 10005 milliseconds with 116619 bytes received×钠罚可能就是網(wǎng)絡(luò)問(wèn)題吧飞蹂，您有掛梯子嗎，我科學(xué)上網(wǎng)后運(yùn)行也失敗了翻屈。R語(yǔ)言biomart包獲取小鼠的基因長(zhǎng)度
接上回的故事陈哑，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重伸眶，需要去批次惊窖。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值赚抡，但是counts在很多分析里不能直接用爬坑，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm纠屋。目...
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@黃甫一 用了好像也會(huì)失敗涂臣，可能是vpn網(wǎng)速不夠？曾在深夜兩點(diǎn)用2020年的的網(wǎng)絡(luò)host跑成功過(guò)。
跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)基因名對(duì)不上赁遗，或者找不到基因署辉，這時(shí)候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt岩四，另外還查到NCB...
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R也可以計(jì)算保守性得分(phastCons100way.UCSC.hg19)
看文獻(xiàn)時(shí)哭尝，翻到一張保守性得分圖： 圖片來(lái)源：Reducing the structure bias of RNA-Seq reveals a large number of ...
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這個(gè)是linex系統(tǒng)嗎
關(guān)于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT軟件分析氨基酸變異的有害性剖煌，經(jīng)過(guò)一段時(shí)間的探索材鹦，對(duì)這兩款軟件已經(jīng)有了還算全面的認(rèn)識(shí)，在此記錄一下分...
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這個(gè)host好像也不是很穩(wěn)定耕姊，不定時(shí)能跑出來(lái)桶唐，有朋友有好用的host嗎，求分享茉兰，
biomaRt基因同源轉(zhuǎn)換時(shí) 使用中遇到Timeout was reached的解決辦法
根據(jù)之前別人po文中的代碼進(jìn)行尤泽，發(fā)現(xiàn)行不通 出現(xiàn)了下面這樣子的報(bào)錯(cuò)： 看了下bioconduct上管理員還是誰(shuí)回復(fù)的說(shuō)是近期biomaRt上有很多下載大量數(shù)據(jù)的人，導(dǎo)致速度變...
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human <- useMart('ENSEMBL_MART_ENSEMBL',dataset = "hsapiens_gene_ensembl", host = "https://nov2020.archive.ensembl.org/";)這個(gè)规脸，換了很多host都下載不下來(lái)坯约，您現(xiàn)在的代碼還能運(yùn)行嗎？
R語(yǔ)言biomart包獲取小鼠的基因長(zhǎng)度
接上回的故事莫鸭，公司給了新一批的數(shù)據(jù)闹丐，但是批次效應(yīng)比較重，需要去批次被因。去批次之后妇智，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值，但是counts在很多分析里不能直接用氏身，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm巍棱。目...
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這個(gè)host我運(yùn)行錯(cuò)誤，Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :
Timeout was reached: [www.ensembl.org:443] Operation timed out after 10000 milliseconds with 161647 bytes received蛋欣。很奇怪R語(yǔ)言biomart包獲取小鼠的基因長(zhǎng)度
接上回的故事航徙，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重陷虎，需要去批次到踏。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值尚猿，但是counts在很多分析里不能直接用窝稿，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...
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雙曲線火山圖一鍵拿捏日常瞎掰 ??火山圖作為展示差異基因的首選凿掂，可以說(shuō)是生信分析常見(jiàn)的圖形了伴榔。常規(guī)的火山圖會(huì)在x纹蝴、y軸方向上添加垂直參考線，以方便區(qū)分滿(mǎn)足閾值的差異基因踪少。常規(guī)的火山圖這里就不多了...
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從fasta文件中批量提取特定序列
如題塘安，目的是從fasta文件中批量提取特定的基因序列.實(shí)現(xiàn)辦法有幾種： perl腳本：CSDN博主「little^raccoon」的原創(chuàng)文章perl實(shí)現(xiàn)根據(jù)序列ID從提取fa...
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跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)基因名對(duì)不上，或者找不到基因援奢，這時(shí)候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換兼犯。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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現(xiàn)在指定https://dec2021.archive.ensembl.org/為host，好像也不行了具篇，前天晚上我用https://nov2020.archive.ensembl.org跑出來(lái)了绕娘，現(xiàn)在重新跑又不行了
跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)基因名對(duì)不上，或者找不到基因栽连，這時(shí)候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換险领。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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你好秒紧，感謝分享绢陌，這個(gè)問(wèn)題我已經(jīng)解決，方法在我的文章中熔恢。
學(xué)習(xí)筆記| RNA-seq之biomart基因注釋
biomart是一個(gè)R package脐湾，能夠完成基因注釋的工作。在我得到差異表達(dá)基因之后叙淌，可以直接使用該包直接注釋秤掌。 網(wǎng)絡(luò)上許多代碼已經(jīng)過(guò)時(shí)，特此更新用法鹰霍。 1 安裝 2 p...