相比于網(wǎng)頁工具斟或，使用編程語言處理科研數(shù)據(jù)的一大優(yōu)勢喘沿，在于高度的定制化妻坝，以及批量處理數(shù)據(jù)的快捷性和高效性 目錄批量處理——for循環(huán)批量計(jì)算組間差異[https://www.j...
IP屬地：北京
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批量處理——基因與免疫細(xì)胞的相關(guān)性 -
【數(shù)據(jù)庫】TISIDB→腫瘤免疫大合集在做腫瘤免疫相關(guān)性分析時(shí)候生，發(fā)現(xiàn)一個(gè)神奇的網(wǎng)站：TISIDB(an integrated repository portal for tumor-immune system i...
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Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函數(shù)解析
在用Seurat包做多樣本整合的時(shí)候，我們通常采用兩種方式：（1）merge的方式（2）FindIntegrationAnchors的方式整合這里我們來解析一下FindInt...
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scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包看尼、導(dǎo)入數(shù)據(jù)蹬音、過濾質(zhì)控 - 簡書 [http://www.reibang.com/p/4b751d379e71]scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序---多樣本整合分析完整代碼
最近做了天然胸腺單細(xì)胞測序結(jié)果的分析，我在GEO數(shù)據(jù)庫中下載了10個(gè)樣本（GSE182135）库说，完整的的代碼如下狂鞋，做一個(gè)記錄，還在摸索階段潜的，如果有不對(duì)的地方也請(qǐng)大佬們指正骚揍。后...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析之DoubletFinder去除雙細(xì)胞單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，因?yàn)槠浼夹g(shù)原因啰挪，在很多時(shí)候信不，會(huì)造成雙細(xì)胞的情況，一般我們進(jìn)行基礎(chǔ)的質(zhì)控之后亡呵，好點(diǎn)的數(shù)據(jù)是沒有問題的抽活。目前也有很多算法進(jìn)行雙細(xì)胞的預(yù)測，但是一定要注意锰什，無論是哪種...
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scRNAseq雙細(xì)胞去除-1: DoubletFinder10x平臺(tái)的雙細(xì)胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布下硕，單個(gè)液滴包含超過一個(gè)細(xì)胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機(jī)細(xì)胞的濃度而改變。通常如果上...
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TISCH || 腫瘤免疫單細(xì)胞中心腫瘤免疫單細(xì)胞中心(TISCH)是一個(gè)專注于腫瘤微環(huán)境(TME)的scRNA-seq數(shù)據(jù)庫汁胆。TISCH在單細(xì)胞水平提供了詳細(xì)的細(xì)胞類型注釋梭姓，使不同癌癥類型的TME得以探索。 ...
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數(shù)據(jù)質(zhì)控-單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的數(shù)據(jù)質(zhì)控scRNA-seq03背景：單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制嫩码，質(zhì)量控制去除（1）低質(zhì)量的細(xì)胞（2）雙胞（3）RNA污染的細(xì)胞 1.去除低質(zhì)量的細(xì)胞什么樣的細(xì)胞是低質(zhì)量的細(xì)胞呢誉尖？通常是檢測到的基因數(shù)目少、...
