相比于網(wǎng)頁工具，使用編程語言處理科研數(shù)據(jù)的一大優(yōu)勢剩蟀，在于高度的定制化，以及批量處理數(shù)據(jù)的快捷性和高效性 目錄批量處理——for循環(huán)批量計算組間差異[https://www.j...
IP屬地：北京
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批量處理——基因與免疫細胞的相關(guān)性 -
【數(shù)據(jù)庫】TISIDB→腫瘤免疫大合集在做腫瘤免疫相關(guān)性分析時荔仁，發(fā)現(xiàn)一個神奇的網(wǎng)站：TISIDB(an integrated repository portal for tumor-immune system i...
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Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函數(shù)解析
在用Seurat包做多樣本整合的時候，我們通常采用兩種方式：（1）merge的方式（2）FindIntegrationAnchors的方式整合這里我們來解析一下FindInt...
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scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包芽死、導(dǎo)入數(shù)據(jù)乏梁、過濾質(zhì)控 - 簡書 [http://www.reibang.com/p/4b751d379e71]scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組測序---多樣本整合分析完整代碼
最近做了天然胸腺單細胞測序結(jié)果的分析，我在GEO數(shù)據(jù)庫中下載了10個樣本（GSE182135）关贵，完整的的代碼如下遇骑，做一個記錄，還在摸索階段揖曾，如果有不對的地方也請大佬們指正落萎。后...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組分析之DoubletFinder去除雙細胞單細胞轉(zhuǎn)錄組亥啦，因為其技術(shù)原因，在很多時候练链，會造成雙細胞的情況翔脱，一般我們進行基礎(chǔ)的質(zhì)控之后，好點的數(shù)據(jù)是沒有問題的媒鼓。目前也有很多算法進行雙細胞的預(yù)測届吁，但是一定要注意，無論是哪種...
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scRNAseq雙細胞去除-1: DoubletFinder10x平臺的雙細胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布绿鸣，單個液滴包含超過一個細胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機細胞的濃度而改變疚沐。通常如果上...
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TISCH || 腫瘤免疫單細胞中心腫瘤免疫單細胞中心(TISCH)是一個專注于腫瘤微環(huán)境(TME)的scRNA-seq數(shù)據(jù)庫。TISCH在單細胞水平提供了詳細的細胞類型注釋枚驻，使不同癌癥類型的TME得以探索濒旦。 ...
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數(shù)據(jù)質(zhì)控-單細胞轉(zhuǎn)錄組分析的數(shù)據(jù)質(zhì)控scRNA-seq03背景：單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制株旷，質(zhì)量控制去除（1）低質(zhì)量的細胞（2）雙胞（3）RNA污染的細胞 1.去除低質(zhì)量的細胞什么樣的細胞是低質(zhì)量的細胞呢再登？通常是檢測到的基因數(shù)目少、...
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結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我們一般拿到單細胞矩陣需要做的一個預(yù)處理步驟是去雙胞晾剖，而常用的一個R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包锉矢、導(dǎo)入數(shù)據(jù)、過濾質(zhì)控已經(jīng)學(xué)習(xí)了轉(zhuǎn)錄組基本入門知識齿尽，現(xiàn)在了解沽损、學(xué)習(xí)下單細胞轉(zhuǎn)錄組(scRNA)相關(guān)知識。依舊是站在巨人的肩膀上看世界循头，入門學(xué)習(xí)目前主要參考 微信公眾號--生信會客廳的單細胞轉(zhuǎn)錄組分...
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R表格導(dǎo)出的笨辦法今天本打算寫ggplot學(xué)習(xí)的心得绵估，可本周的學(xué)習(xí)小組回答問題花費了一些時間，學(xué)完已經(jīng)將近11點了卡骂。無奈只好今天準(zhǔn)備一下數(shù)據(jù)国裳，下回繼續(xù)吧。 關(guān)于入門學(xué)習(xí)小組的報名全跨，下一次開課是...
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簡書答疑公告
其實我轉(zhuǎn)移到了別的平臺缝左，簡書很久才看一次，評論看到的時候基本已經(jīng)過去很多天浓若，另外平時工作繁忙渺杉，很少有功夫回復(fù)。如果是跟我的教程學(xué)習(xí)挪钓，有卡住的情況是越，迫切需要我?guī)椭膯栴}，請參考...
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WGCNA（三）代碼實現(xiàn)0.數(shù)據(jù)預(yù)整理 這是從GEO數(shù)據(jù)庫下載的數(shù)據(jù)碌上，GSE199335英妓。 整理數(shù)據(jù)的代碼挽放，尤其是分組信息和探針注釋，因數(shù)據(jù)而異蔓纠。 下面的代碼主要自WGCNA的官方文檔辑畦，本強迫癥進行...
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RSEM的TPM,FPKM,COUNT數(shù)據(jù)整合
RSEM的數(shù)據(jù)整合只能整合count內(nèi)容所以簡單寫了個函數(shù)整合RSEM的TPM,FPKM,COUNT
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（十一）：WGCNA加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析——關(guān)聯(lián)基因模塊與表型本節(jié)概覽1. WGCNA基本概念：定義、關(guān)鍵術(shù)語腿倚、基本流程纯出、一些注意事項2. WGCNA運行：?輸入數(shù)據(jù)準(zhǔn)備①判斷數(shù)據(jù)質(zhì)量，繪制樣品的系統(tǒng)聚類樹②挑選最佳閾值power③ 構(gòu)...
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