小明的數(shù)據(jù)分析筆記本

最終拿到的數(shù)據(jù)格式如下 第一列是探針id 第二列是染色體編號(hào) 第三類是染色體位置 第四列是第一個(gè)樣本的基因型 接下來依次是每個(gè)樣本的基因型 相當(dāng)于是每行是一個(gè)位點(diǎn)闸餐，每列是一個(gè)...

佳奧

這里是佳奧！我們繼續(xù)非模式種轉(zhuǎn)錄組的下游分析更哄。 上篇我們拿到了raw count矩陣茎刚，但是我們還缺少很多東西扣草，讓我們一步一步來佳头。 1、選擇合適方法標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)矩陣 2注竿、GO/K...

EZ

一茄茁、統(tǒng)計(jì)tns不同染色體上SSR分布 重命名序列名魂贬，使用sed命令(1)先修改染色體序列名稱 （2）重新查看序列名稱 ，因?yàn)槭褂胠ess -SN后一行內(nèi)容太多不能全部復(fù)制 （...

小明的數(shù)據(jù)分析筆記本

論文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...

EwanH

親緣關(guān)系分析實(shí)操 前期準(zhǔn)備 給標(biāo)記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)裙顽，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個(gè)SNP位點(diǎn)的ID付燥。先看一下最開始生成的VCF文...

KS科研分享與服務(wù)

近期在看一篇Nature genetics關(guān)于自閉癥的研究文章的時(shí)候，看到了這樣的可視化圖表愈犹，是一種點(diǎn)線圖键科。 文章提供了數(shù)據(jù)，一開始我想到的繪制方法是畫出線圖漩怎，線的上下就是數(shù)...

geneonto

啟動(dòng)子 啟動(dòng)子是RNA 聚合酶識(shí)別勋颖、結(jié)合和開始轉(zhuǎn)錄的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特異性結(jié)合和轉(zhuǎn)錄起始所需的保守序列勋锤，多數(shù)位于結(jié)構(gòu)基因轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)的上游,啟動(dòng)子本身不被...