參考學(xué)習(xí)GEO提供的GEO2R在線差異分析工具使用的代碼流程幅聘。筆記里的代碼在理解每一步的基礎(chǔ)上狼犯,部分做了修改余寥。但大致思路不變,即使用limma包對(duì)芯片測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析(暫...
軌跡分析系列: 單細(xì)胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析(Pseudot...
昨天我在單細(xì)胞天地講解了使用monocle2進(jìn)行擬時(shí)序分析的方法,基本上跟著我的代碼走一波就可以學(xué)會(huì)了呐馆,當(dāng)然具體參數(shù)理解需要自行發(fā)力哦肥缔,見:使用monocle做擬時(shí)序分析(單...
1. 三個(gè)目錄 R_HOME、HOME汹来、working directory续膳。 R_HOME: the directory in which R is installed. F...
復(fù)雜性狀的細(xì)胞類型表達(dá)特異性整合(CELLECT)是一個(gè)計(jì)算工具包,用于識(shí)別復(fù)雜性狀潛在的可能病因細(xì)胞類型腕柜。CELLECT利用現(xiàn)有的遺傳優(yōu)先級(jí)模型济似,在識(shí)別可能的病因細(xì)胞類型時(shí)...
前段時(shí)間跟師兄聊天,聊到seurat包幻枉,他說學(xué)軟件一定要知道這個(gè)軟件開發(fā)的目的碰声,它是要解決哪些主要問題,哪些是次要問題熬甫,次要問題其他R包同樣解決胰挑,他開發(fā)的主線是什么。單細(xì)胞多...