參考學習GEO提供的GEO2R在線差異分析工具使用的代碼流程途戒。筆記里的代碼在理解每一步的基礎上岩臣,部分做了修改粒没。但大致思路不變琳轿,即使用limma包對芯片測序數(shù)據(jù)進行差異分析(暫...
軌跡分析系列: 單細胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析(Pseudot...
昨天我在單細胞天地講解了使用monocle2進行擬時序分析的方法唾糯,基本上跟著我的代碼走一波就可以學會了,當然具體參數(shù)理解需要自行發(fā)力哦鬼贱,見:使用monocle做擬時序分析(單...
1. 三個目錄 R_HOME移怯、HOME、working directory这难。 R_HOME: the directory in which R is installed. F...
復雜性狀的細胞類型表達特異性整合(CELLECT)是一個計算工具包,用于識別復雜性狀潛在的可能病因細胞類型枷遂。CELLECT利用現(xiàn)有的遺傳優(yōu)先級模型,在識別可能的病因細胞類型時...
前段時間跟師兄聊天,聊到seurat包辉哥,他說學軟件一定要知道這個軟件開發(fā)的目的桦山,它是要解決哪些主要問題,哪些是次要問題醋旦,次要問題其他R包同樣解決恒水,他開發(fā)的主線是什么。單細胞多...