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比對軟件（DNA or RNA序列）的區(qū)別
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deeptools工具系列——比較不同bw_bam的信號差異目錄 前言 bamCompare 工具1.1 工具原理1.2 使用說明1.3 使用實(shí)例 bigwigCompare 工具2.1 使用說明2.2 使用實(shí)例 前言 今天主要介紹下...
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聚焦「 數(shù)據(jù)科學(xué) | 深度學(xué)習(xí) | 生命科學(xué) | Python | 機(jī)器學(xué)習(xí) 」等前沿交叉學(xué)科，定期分享理論教程與應(yīng)用實(shí)踐等违诗。
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ChIPseeker 餅圖圖層覆蓋問題參考： 「r<-包|ggplot2|grid」ggplotify——連接各類R圖形R神包export的使用 緣由; 最近使用ChIPseeker 對peak進(jìn)行了注釋漱凝，畫一個...
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HZAU植科院農(nóng)學(xué)本科畢業(yè)生<br>HZAU信息學(xué)院生信專業(yè)碩士畢業(yè)生<br>目前就職于國內(nèi)某知名藥企數(shù)據(jù)分析崗位<br>主要擅長SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對爬蟲茸炒、網(wǎng)站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡書不定時查看，有需要?dú)g迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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關(guān)于Hisat2的參考基因組和注釋文件
已知Gencode的注釋文件（gtf和gff3）都是帶“chr”’的阵苇，UCSC帶“chr”壁公，ENSEMBL不帶“chr”，NCBI最新的甚至不帶染色體號（建議摒棄NCBI的绅项，...
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基礎(chǔ)——illumina測序原理與細(xì)節(jié)（以RNA-seq為例）目前我們主要分析的數(shù)據(jù)還是二代測序的數(shù)據(jù)快耿，也就是大家經(jīng)常掛在嘴邊的 NGS囊陡，而這其中最大的贏家應(yīng)該算是 illumina 測序公司了，其經(jīng)典的邊合成邊測序（sequencin...
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hisat2索引的使用
做RNA-seq的時候，必須要用的就是索引了倚聚。hisat2的索引线衫，在官網(wǎng)上有幾種，經(jīng)過我的咨詢惑折，分析授账。在用轉(zhuǎn)錄組的時候，帶上tran這個標(biāo)志的惨驶，同時白热，盡量選用最全的那個，多了...
