寫(xiě)在前面 以前總看到問(wèn)題是蠢壹，基因結(jié)構(gòu)可視化的問(wèn)題止剖；現(xiàn)在則變成了啟動(dòng)子元件的預(yù)測(cè)或者說(shuō)可視化耳峦。這本身比較簡(jiǎn)單嵌戈，也比較玄乎迄本，所以我一直不是太樂(lè)意與別人討論固逗。但學(xué)院今天斷網(wǎng)左权，手上的...
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植物啟動(dòng)子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測(cè)-可視化分析 -
TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具無(wú)論是Windows晨仑，MacOS, Linux桌面的用戶(hù)褐墅，你都可以也會(huì)使用。 寫(xiě)在前面 伴隨基因組測(cè)序的普及洪己，越來(lái)越多物種的基因組測(cè)序項(xiàng)目開(kāi)展并報(bào)道妥凳，為科研工作者提供了更為全...
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零基礎(chǔ)多物種間共線性分析首先非常感謝Cj大神開(kāi)發(fā)出來(lái)的TBtools生信工具，為生信分析做圖帶來(lái)了極大的便利答捕。作為生信小白逝钥，在做多物種間共線性分析時(shí)，嘗試了多種方法拱镐，苦于沒(méi)有計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)艘款，一直沒(méi)能完成...
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研究生哗咆，常做實(shí)驗(yàn)，生信小白益眉。
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用TBtools晌柬，快速高效實(shí)現(xiàn)基因組共線性分析與可視化， 贊呜叫！寫(xiě)在前面 對(duì)于沒(méi)有做過(guò)共線性分析的小伙伴空繁，可以通過(guò)以下幾段內(nèi)容，了解一下朱庆，我為什么要費(fèi)勁巴拉畫(huà)出這樣一張圖盛泡。 除了基因組成的相似性,在不同基因組中基因排列順序的一致性更能夠體...
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基因家族分析——TBtools本次筆記分享主要參照 Y大寬和生信札記 的推文以及自己實(shí)際用過(guò)過(guò)程中的一些心得編寫(xiě)！ 一娱颊、大致思路 也可以參見(jiàn)：基因家族分析[http://www.reibang.com/...
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保姆級(jí)教程：手把手教你畫(huà)出內(nèi)容豐富的基因結(jié)構(gòu)圖 （進(jìn)化樹(shù)+CDD+UTR/CDS）寫(xiě)在前面：在基因家族生信分析（二）這篇文章里，簡(jiǎn)單提到了一種基因結(jié)構(gòu)繪制的方法箱硕，當(dāng)時(shí)是跟著視頻課做筆記拴竹，沒(méi)有實(shí)際操作。直到今天實(shí)際操作了一下剧罩，發(fā)現(xiàn)有很多需要注意的地方栓拜，今天就...
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PlantCARE預(yù)測(cè)植物啟動(dòng)子-順式作用元件啟動(dòng)子 啟動(dòng)子是RNA 聚合酶識(shí)別、結(jié)合和開(kāi)始轉(zhuǎn)錄的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特異性結(jié)合和轉(zhuǎn)錄起始所需的保守序列幕与，多數(shù)位于結(jié)構(gòu)基因轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)的上游,啟動(dòng)子本身不被...
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利用MegaX構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)Hi,大家好挑势。對(duì)于做實(shí)驗(yàn)的小伙伴來(lái)說(shuō)，我們經(jīng)常需要構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)啦鸣，那么很多人應(yīng)該都會(huì)選擇MEGA（Molecular Evolutionary Genetic Analysis）...
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如何利用NCBI預(yù)測(cè)基因的結(jié)構(gòu)域和保守位點(diǎn)1. 使用CD-Search工具來(lái)可以鑒定蛋白質(zhì)或者核酸序列內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域或功能單位潮饱。該工具位于NCBI中。具體我們可以進(jìn)入NCBI后選擇Conserved Domain然后...
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TBtools基因家族分析詳細(xì)教程（1）寫(xiě)在前面：非常感謝CJ開(kāi)發(fā)出如此強(qiáng)大的TBtools工具诫给，作者詳細(xì)講解了基因家族的分析過(guò)程和意義香拉，課程購(gòu)買(mǎi)地址，講的很棒中狂，可以試聽(tīng)凫碌。 一共分為4個(gè)部分TBtools基因家族分...
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InterPro 注釋和結(jié)果可視化一证鸥、InterPro數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介 Interpro是集成了蛋白質(zhì)家族、結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)的非冗余蛋白質(zhì)特征序列數(shù)據(jù)庫(kù)勤晚。 Interpro數(shù)據(jù)庫(kù)成員包括Coils 枉层、Gene3D、...
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ensemble使用教程ensemble數(shù)據(jù)庫(kù)的功能非常多赐写，在此主要介紹用ensemble下載目標(biāo)物種的全基因組文件和基因注釋文件鸟蜡，以及如何用ensemble進(jìn)行blast
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一文掌握R包DESeq2的差異基因分析過(guò)程轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的最直接目的端铛，就是設(shè)法尋找組間顯著表達(dá)變化的基因泣矛，解釋基因表達(dá)水平的變化對(duì)生物功能的影響。例如禾蚕，腫瘤患者與正常人群相比哪些編碼蛋白或非編碼RNA分子發(fā)生了失調(diào)您朽，這些...
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科研小白哗总，努力搞科研，發(fā)文章中倍试。這個(gè)平臺(tái)算是我的學(xué)習(xí)筆記吧讯屈！
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