一锻拘、簡介 BWA宜岛，即Burrows-Wheeler-Alignment Tool。BWA 是一種能夠?qū)⒉町惗容^小的序列比對到一個較大的參考基因組上的軟件包屿讽。它由三個不同的算法...
發(fā)簡信
IP屬地：內(nèi)蒙古
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多长窄，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧滔吠。有時候感覺是浪費(fèi)時間，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識挠日，不斷記錄反思疮绷，也...
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R語言pheatmap熱圖色條控制小技巧本期介紹一個控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧。 使用的是R語言的pheatmap包嚣潜，先生成隨機(jī)數(shù)據(jù)： data1如下： 查看數(shù)據(jù)范圍： 使用上面的矩陣做熱圖冬骚，要求低值...
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測序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析懂算，就需要知道每個基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類只冻，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應(yīng)關(guān)系，以及基因與G...
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fasta文件與fastq文件相互轉(zhuǎn)化
fastq轉(zhuǎn)化為fasta 一般應(yīng)該是由fastq轉(zhuǎn)化為fasta(給出四種): fasta改為fastq fasta文件缺失信息计技，假設(shè)quality score of 40...
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單細(xì)胞測序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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R數(shù)據(jù)可視化7:氣泡圖 Bubble Plot“氣泡圖”這個名字聽著就很可愛是不是喜德！今天讓我們來看看這個氣泡圖長什么樣，可以展示什么樣的數(shù)據(jù)垮媒，以及如何用R作圖舍悯。 什么是氣泡圖 氣泡圖（Bubble Plot）就是由一個個...
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遺傳分化指數(shù)(Fst)的計算
在群體遺傳學(xué)中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標(biāo)有許多種，較為常見的就是遺傳分化指數(shù)（Fst）睡雇，fst是由F統(tǒng)計量演變而來萌衬，F(xiàn)統(tǒng)計量主要有三種（FIS，F(xiàn)IF入桂，F(xiàn)ST）奄薇。Fst...
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重復(fù)一篇文獻(xiàn)的GWAS（二）：用GEMMA跑GWAS上一篇寫的是：重復(fù)一篇文獻(xiàn)的GWAS（一）：基因型數(shù)據(jù)整理這一篇主要講GWAS的核心流程和畫圖。 軟件使用參考：使用GEMMA進(jìn)行復(fù)雜性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)http...
