基因流（也稱基因遷移）是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質学歧，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成衩匣。通過基因交流向群體中引入新的等位基因祭芦，是遺傳變異一個非常重要的來源粉渠，...
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群體進化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全 -
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2024-11-09 | 孟德爾隨機化分析一瓣铣、孟德爾隨機化（Mendelian Randomization炮叶， MR）的原理 隨機對照實驗（RCT）一般被認為是明確因果關系的金標準碗旅。其要求研究對象隨機分組，為減少偏倚镜悉，...
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講的蠻好的啊
2024-11-09 | 孟德爾隨機化分析
一、孟德爾隨機化（Mendelian Randomization稼锅， MR）的原理 隨機對照實驗（RCT）一般被認為是明確因果關系的金標準吼具。其要求研究對象隨機分組，為減少偏倚矩距，...
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使用scanpy進行高可變基因的篩選
作者：童蒙編輯：angelica 代碼解讀scanpy又來啦拗盒，不要錯過～～今天我們講的是：高可變基因的篩選。 函數(shù) scanpy.pp.highly_variable_gen...
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scATAC數(shù)據(jù)分析的正確打開方式-Signac
簡介 單細胞測序技術是近十年最偉大的科學進展之一锥债，其涵蓋多方面的內(nèi)容陡蝇。scRNA-seq想必大家都較為熟悉，但是scATAC-seq出現(xiàn)在大家印象中的次數(shù)并不多赞弥，但是這種現(xiàn)象...
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單細胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件毅整、peak calling，以及counts矩陣的關系绽左，本文就來梳理一下scATAC-seq的上游數(shù)據(jù)處理中的...
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單細胞數(shù)據(jù)處理小細節(jié)匯總1. Seurat對象查看當前的Assay 在進行了SCTransform操作后悼嫉，矩陣默認會變成SCT矩陣，如果不加設置拼窥，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣戏蔑。修改Defau...
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Seurat繪圖函數(shù)總結（更新版）更多重要函數(shù)見：Seurat重要命令匯總[http://www.reibang.com/p/104f9290af8b] Seurat繪圖函數(shù)總結 在使用R語言進行單細胞數(shù)據(jù)...
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SCTransform：單細胞樣本的標準化Seurat從3.0版本引進了SCTransform這個函數(shù)用來對數(shù)據(jù)做標準化总棵，并且這一個函數(shù)可以代替三個函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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一網(wǎng)打盡scRNA矩陣格式讀取和轉化(h5 h5ad loom)??scRNA矩陣存儲的文件格式有10X單細胞測序數(shù)據(jù)鳍寂、h5、h5ad情龄、loom：10X單細胞測序數(shù)據(jù)經(jīng)過cellranger處理后會得到矩陣的三個文件：matrix.mtx...
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技術 | 單細胞轉錄組測序之10x Genomics10X Genomics 是一個綜合的單細胞測序技術平臺迄汛，可以應用于多種單細胞測序上，包括Single cell gene expression, Single cell I...
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Signac::Enhence_CoveragePlot 的參考實現(xiàn)方案效果圖 Signac中的 CoveragePlot是一種用于展示基因組覆蓋度的圖形工具，常用于 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessib...
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為什么要以數(shù)據(jù)庫的思維來理解單細胞數(shù)據(jù)在我們涉足單細胞數(shù)據(jù)分析不久之后就會發(fā)現(xiàn)，我們在和一套新的理念打交道祷肯。在這套理念中沉填，對象是常見的，數(shù)據(jù)是多維的佑笋，往往是一張核心表及其附屬翼闹。我們對一張表是熟悉的，Excel極大...
