前言 今日份看文獻《SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering》[https://www....
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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利用AUC值表征基因集在細胞中的活躍程度 -
@范范6908 然后改完源碼后重新build
R語言解決clusterProfiler enrichKEGG error: "Wrong 'species' or the network is unreachable."
解決方法 更改clusterProfiler包的源碼并重新編譯 下載源碼： Bioconductor - clusterProfiler[https://www.biocon...
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@范范6908 建議先刪除原來的clusterprofile包
R語言解決clusterProfiler enrichKEGG error: "Wrong 'species' or the network is unreachable."
解決方法 更改clusterProfiler包的源碼并重新編譯 下載源碼： Bioconductor - clusterProfiler[https://www.biocon...
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R語言解決clusterProfiler enrichKEGG error: "Wrong 'species' or the network is unreachable."解決方法 更改clusterProfiler包的源碼并重新編譯 下載源碼： Bioconductor - clusterProfiler[https://www.biocon...
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Obsidian作為第二大腦工具的基本使用和配置背景和說明 作為第二大腦系統(tǒng)的筆記軟件确徙，本片我們來講一下Obsidian的基本使用和配置醒串。關(guān)于“第二大腦系統(tǒng)筆記方法選擇和軟件選型”我會單獨寫一篇Bolg進行說明。作為第二大...
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純生信發(fā)文的新技能鄙皇，同一份GEO數(shù)據(jù)可以發(fā)兩篇SCI
為什么有些人總是能發(fā)好幾篇純生信SCI芜赌？因為人家掌握了方法，例如利用同一份GEO數(shù)據(jù)可以發(fā)兩篇SCI伴逸，具體操作如下： 第一篇純生信SCI可以這樣做： 第一步缠沈，數(shù)據(jù)下載處理、合...
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Week1— 單細胞表觀組和轉(zhuǎn)錄組整合分析造血分化過程中的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機制原文：這篇文章是18年4月發(fā)表在Cell上的错蝴， 原文鏈接: Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regul...
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【R語言】factoextra生成發(fā)表級PCA主成分分析圖（一）前面給大家介紹過主成分分析 ?R做PCA主成分分析[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F...
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跟著Cell學作圖：R語言ggplot2做散點圖并添加擬合曲線和文字標簽論文 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421008916#da0010[https://w...
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文獻分享：從原始數(shù)據(jù)開始一步一步分析ATAC-seq
最近在編寫全新的ATAC-seq流程洲愤，看到一個非常好的文獻《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq d...
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super-enhancer神器ROSE的使用
ROSE是大名鼎鼎的Richard A.Young實驗室開發(fā)的，全稱是RANK ORDERING OF SUPER ENHANCERS顷锰，用來找增強子和超級增強子柬赐。 ROSE安...
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單細胞CNV分析——inferCNV 結(jié)果再挖計算每個細胞的CNV score或者判斷每個細胞是否是癌細胞 文獻《Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heteroge...
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Nature：首次報道發(fā)現(xiàn)細胞競爭是阻礙跨物種嵌合體形成的壁壘之一
2021年1月28日，得克薩斯大學西南醫(yī)學中心吳軍博士團隊聯(lián)合中山大學附屬第一醫(yī)院馍惹、深圳華大生命科學研究院等機構(gòu)科學家團隊在《自然》（Nature）雜志上聯(lián)合發(fā)表題為“Cel...
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可視化神器Plotly繪制矩形樹狀圖大家好躺率，我是Peter~ 今天給大家?guī)淼氖且黄P(guān)于Plotly繪圖的文章：如何使用Plotly來繪制矩形樹狀圖 Plotly文章 目前Plotly的文章更新到第17篇，推薦...
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10X單細胞 & 10XVDJ 聯(lián)合分析之PlatypusDBhello万矾，大家好悼吱，今天我們來分享一個10X單細胞和VDJ聯(lián)合分析的方法，PlatypusDB良狈，關(guān)于轉(zhuǎn)錄組和VDJ聯(lián)合分析的方法后添，之前也分享了不少了，這篇文章參考于Platy...
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單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣Cell Ranger是一個“傻瓜”軟件薪丁，你只需提供原始的fastq文件遇西，它就會返回feature-barcode表達矩陣馅精。為啥不說是gene-cell，舉個例子粱檀，cell ...
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單細胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...