clusterProfiler 是一個(gè)在 R 語(yǔ)言中用于功能注釋分析和可視化的強(qiáng)大工具辈灼。它提供了多種方法來(lái)分析和解釋高通量生物學(xué)數(shù)據(jù)集幢码。gseKEGG 和 enrichKEG...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：云南
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gseKEGG和enrichKEGG的差別
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使用GeneSet 生成GeneSetCollection 基因集對(duì)象
代碼來(lái)自曾老師的某乎推文 《對(duì)象何必到處亂找柴底，自己創(chuàng)造即可》使用的時(shí)候老報(bào)錯(cuò)产舞，就給他分解了一下檬寂，查找了原因，解決了一下势木。主要的代碼就是 GeneSetCollection（）...
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常用的一些linux基礎(chǔ)命令
各位看官老爺們大家好蛛倦，俗話說(shuō)，萬(wàn)丈高樓平地起啦桌，今天就帶大家學(xué)習(xí)下生物信息學(xué)習(xí)過(guò)程經(jīng)常用到的最基礎(chǔ)但也是最實(shí)用的一些linux命令溯壶，當(dāng)你的小伙伴們還在使用鼠標(biāo)點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)的時(shí)候，你只...
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生信小白一枚，<br><br>有問(wèn)題可以私信我板驳，<br><br>謝謝又跛。
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寫的真好
【生信實(shí)戰(zhàn)】只會(huì)GO/KEGG，何不試試Reactome數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行富集分析
REACTOME 是一個(gè)開源若治、放開慨蓝、人工整理并經(jīng)過(guò)同行評(píng)審的通路數(shù)據(jù)庫(kù)。目標(biāo)是為各個(gè)通路提供可視化端幼、可解釋的分析礼烈，以支持基礎(chǔ)研究、臨床研究婆跑、基因組分析此熬、建模、系統(tǒng)生物學(xué)等滑进。 ...
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【生信實(shí)戰(zhàn)】只會(huì)GO/KEGG犀忱，何不試試Reactome數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行富集分析REACTOME 是一個(gè)開源、放開扶关、人工整理并經(jīng)過(guò)同行評(píng)審的通路數(shù)據(jù)庫(kù)阴汇。目標(biāo)是為各個(gè)通路提供可視化、可解釋的分析驮审，以支持基礎(chǔ)研究鲫寄、臨床研究、基因組分析疯淫、建模地来、系統(tǒng)生物學(xué)等。 ...
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處理報(bào)錯(cuò)：ggplot2折線圖報(bào)錯(cuò)熙掺，不出折線未斑，沒(méi)有線，成點(diǎn)圖了币绩？! Do you need to adjust the group aesthetic?師姐讓畫一個(gè)關(guān)于動(dòng)物體重隨時(shí)間變化的折線圖蜡秽，不會(huì)用prism府阀，所以就用R ggplot2 去畫函數(shù)代碼很簡(jiǎn)單ggplot(dat_se, aes(x=time, y=weig...
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GEO RAW.tar ‘原始數(shù)據(jù)?’ 讀取，獲得表達(dá)矩陣芽突。最近在下載GEO數(shù)據(jù)的時(shí)候试浙，下載到了一個(gè)這個(gè)，GSE41789_RAW寞蚌， 下載后的數(shù)據(jù)是一個(gè)壓縮包田巴，解壓縮后 是這個(gè)樣子的。 第一次使用這種數(shù)據(jù)有些一籌莫展挟秤，不知道怎么去讀取...
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你可真是個(gè)小可愛(ài)Ｒ疾浮！Ｋ腋铡管宵！
使用wget下載GEO數(shù)據(jù)
我們有時(shí)需要下載GEO數(shù)據(jù)，使用getGEO的話比較麻煩攀甚，特別是當(dāng)我們只需要其中某一兩個(gè)文件時(shí)箩朴。但是當(dāng)我們直接復(fù)制文件鏈接，使用wget下載時(shí)云稚，卻只能下載當(dāng)前的網(wǎng)頁(yè)隧饼。 經(jīng)過(guò)我...
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使用wget下載GEO數(shù)據(jù)我們有時(shí)需要下載GEO數(shù)據(jù)沈堡，使用getGEO的話比較麻煩静陈，特別是當(dāng)我們只需要其中某一兩個(gè)文件時(shí)。但是當(dāng)我們直接復(fù)制文件鏈接诞丽，使用wget下載時(shí)鲸拥，卻只能下載當(dāng)前的網(wǎng)頁(yè)。 經(jīng)過(guò)我...
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有沒(méi)有意義撞叨，畫個(gè)圖看看吧
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周運(yùn)來(lái)牵敷，男，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥法希，穩(wěn)健枷餐，瀟灑，大方苫亦，靠譜毛肋。一段生信緣怨咪，一棵技能樹。生信技能樹核心成員润匙，單細(xì)胞天地供稿人诗眨，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家孕讳。
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心卫病，又辜負(fù)了努力
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不看私信<br>看不到的文章是被簡(jiǎn)書鎖了
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將文件導(dǎo)入R 新手村任務(wù) 導(dǎo)入R 一大門檻Error: unexpected input in "gse72815 <- read.table('Referdatacounts/GSE72815_series_mat...
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單細(xì)胞表達(dá)矩陣文件轉(zhuǎn)換
先附上學(xué)習(xí)連接https://mp.weixin.qq.com/s/NaZ5kz3ew2O01cFEnK8sXg這個(gè)問(wèn)題之前也遇到過(guò)幽告，在此搬個(gè)小板凳來(lái)學(xué)習(xí)學(xué)習(xí) 數(shù)據(jù)下載 由于...
