果果_5129

需求 和這一篇的需求一致，不同公司的芯片原始數(shù)據(jù)處理方式也不同，最終都是為了得到表達(dá)矩陣查库，今天介紹的是illumina beadchip 芯片际插，用神奇的limma搞定它硝枉。找不...

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1.離群值是啥子[http://222.70.95.243:6893/files/tmp/%E7%A6%BB%E7%BE%A4%E5%80%BC%EF%BC%8C%E6%88...

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1.需求 如圖，熱圖自帶聚類樹(shù)弧蝇，將樣本(列)分成了三個(gè)簇碳褒。想要按照聚類的結(jié)果，獲取到 的信息看疗，并將這個(gè)信息添加到熱圖上沙峻。 2.作圖的數(shù)據(jù) 輸入數(shù)據(jù)是個(gè)表達(dá)矩陣，行為基因两芳，列為...

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emapplot是富集分析可視化的一種，展示有共同基因的通路怖辆，詳見(jiàn)：http://www.reibang.com/p/c45cc2e3890f[https://www.ji...

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在正文之前先分享一點(diǎn)生活故事： 上周天傍晚，我閃著腰了竖螃，躺了一晚上不見(jiàn)好淑廊，發(fā)朋友圈尋醫(yī)問(wèn)藥了： 因?yàn)樽龅氖巧欧窒恚遗笥讶镝t(yī)學(xué)生和醫(yī)生非常多特咆，我想看他們?cè)趺凑f(shuō)季惩。我收到了幾...

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本文內(nèi)容是基于statquest-協(xié)方差與相關(guān)系數(shù)的學(xué)習(xí)筆記，介紹協(xié)方差腻格、相關(guān)系數(shù)和R^1三個(gè)統(tǒng)計(jì)量画拾，并添加了R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)，我知道一寫(xiě)統(tǒng)計(jì)學(xué)就會(huì)閱讀量暴跌菜职，沒(méi)人看就當(dāng)寫(xiě)給自己看...

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雙向富集分析圖 1.需求 上下調(diào)基因分別富集分析，把結(jié)果放在一張圖上: 2.示例數(shù)據(jù)和r包準(zhǔn)備 模擬的是kegg的富集結(jié)果酬核，編了一個(gè)數(shù)據(jù)蜜另。p是p值。畫(huà)圖的時(shí)候用-log10(...

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0.寫(xiě)在前面 統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)刷起來(lái)蚕钦。其實(shí)這又是一個(gè)系列，晦澀難懂沒(méi)人看的那種鹅很。但這樣的知識(shí)確實(shí)非常有價(jià)值嘶居，能夠帶給我以及認(rèn)真學(xué)習(xí)的讀者們實(shí)打?qū)嵉倪M(jìn)步，所以不管閱讀量高低，我都寫(xiě)邮屁。...

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0.寫(xiě)在前面 從我學(xué)生信開(kāi)始整袁，畫(huà)熱圖用的就是pheatmap，有時(shí)復(fù)雜化的需求會(huì)用到ComplexHeatmap佑吝。作為R語(yǔ)言畫(huà)圖的絕對(duì)霸主坐昙，ggplot2的熱圖卻無(wú)法在熱圖的...

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最廣為人知的富集分析做法是把上調(diào)芋忿、下調(diào)基因分別或者合并炸客，拿來(lái)做GO和KEGG富集分析。經(jīng)常有一些數(shù)據(jù)集戈钢，拿差異基因做得不到結(jié)果痹仙，那是因?yàn)榇_實(shí)富集不到任何通路，是正常的殉了。不妨試...

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臨近國(guó)慶節(jié)啦，花花9月19號(hào)上完了9月的線上課薪铜，飛回自己家里當(dāng)廢物啦（不要問(wèn)我為什么不帶豆豆众弓，回家當(dāng)廢物怎么能帶豆豆呢，帶了豆豆還怎么當(dāng)廢物呢）何況豆豆是一個(gè)要按時(shí)按點(diǎn)上班的...

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今天又來(lái)開(kāi)放性討論啦谓娃。最近做了一個(gè)TCGA的數(shù)據(jù)分析，走到最后多因素cox模型構(gòu)建這一步了鞍恢，選擇了三個(gè)基因傻粘，對(duì)數(shù)據(jù)集劃分了高低風(fēng)險(xiǎn)，C-index值和timeROC計(jì)算的AU...

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0. 需求 群里看到學(xué)員求助一個(gè)圖，畫(huà)它窒典。 其實(shí)就是個(gè)點(diǎn)圖加棍蟆炊，棒棒糖圖。找到了示例數(shù)據(jù)和代碼： https://www.r-graph-gallery.com/301-cu...

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0.需求解讀 這是富集分析比較常見(jiàn)的一個(gè)圖瀑志，左圖右表涩搓。 圖的最外層是GOterm的編號(hào)，中間灰色背景層表示基因的logFC分布劈猪，可以看到每個(gè)term對(duì)應(yīng)到的市上調(diào)基因還是下調(diào)...

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劉小澤寫(xiě)于2020.7.21為何取名叫“交響樂(lè)”昧甘？因?yàn)閱渭?xì)胞分析就像一個(gè)大樂(lè)團(tuán)，需要各個(gè)流程的協(xié)同配合單細(xì)胞交響樂(lè)1-常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)SingleCellExperiment單...

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0.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 可以是矩陣 行是一邊，列是一邊，矩陣正文的數(shù)字表示連接的強(qiáng)度浇冰。 可以是tidy數(shù)據(jù)框 一行是一個(gè)連接關(guān)系贬媒，第一列和第二列是要連接的兩邊，第三列是連接的強(qiáng)度肘习。...

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0.需求解讀 左邊是幾個(gè)GO term际乘，右邊是基因。每個(gè)term一個(gè)顏色漂佩，基因的顏色按照l(shuí)ogFC漸變脖含。基因與term之間有連線投蝉，就是他們之間有從屬關(guān)系养葵。 1.數(shù)據(jù)和R包準(zhǔn)備...