大佬有沒(méi)有遇到fastp過(guò)濾后峦耘，雙端序列個(gè)數(shù)不匹配的情況玻蝌？該如何處理
2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對(duì)及分析匯總（個(gè)人分析記錄貼）0_1 前言 有時(shí)間再詳細(xì)寫(xiě)introduction反砌。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來(lái)，后續(xù)持續(xù)更新内贮。 0_2 用到的軟件或腳本 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
@雨后漣漪 442167241到群（QQ）里來(lái)，在群文件中下載
如何使用SPDE進(jìn)行共線性分析（MCScanX）在進(jìn)行共線性分析的時(shí)候需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件：一個(gè)是blast文件，一個(gè)是gff文件鼎兽。這兩個(gè)文件都是需要經(jīng)過(guò)相應(yīng)處理的。在這里還是稍微跟同學(xué)們說(shuō)一下原理：共線性的本質(zhì)其實(shí)就是找序列...
@關(guān)敲柯 來(lái)群里吧854485483（QQ）
CIDP---啟動(dòng)子铣除，基因全長(zhǎng)以及CDS序列提取因?yàn)镃IDP需要目的序列谚咬，對(duì)于沒(méi)有生信基礎(chǔ)的同學(xué)來(lái)說(shuō)從基因組提取序列是一個(gè)相對(duì)痛苦的過(guò)程。所以給同學(xué)們?cè)O(shè)置了序列提取模塊尚粘。請(qǐng)同學(xué)們進(jìn)行軟件安裝以及命名文件夾和文件的時(shí)候避免使...
CIDP---CRISPR sgRNA設(shè)計(jì)模塊各位老師泽铛、同學(xué)尚辑，大家好，今天向大家推出一款我最新開(kāi)發(fā)的厚宰、用于CRIPSR系統(tǒng)中sgRNA設(shè)計(jì)的軟件腌巾，CIDP遂填。 還是老規(guī)矩，首先向同學(xué)們介紹為什么做這么一款軟件澈蝙。 CRISP...
因?yàn)镃IDP需要目的序列，對(duì)于沒(méi)有生信基礎(chǔ)的同學(xué)來(lái)說(shuō)從基因組提取序列是一個(gè)相對(duì)痛苦的過(guò)程灯荧。所以給同學(xué)們?cè)O(shè)置了序列提取模塊礁击。請(qǐng)同學(xué)們進(jìn)行軟件安裝以及命名文件夾和文件的時(shí)候避免使...
基本過(guò)程是設(shè)計(jì)完sgRNA后需要將sgRNA插入到載體序列中，這個(gè)時(shí)候就涉及到了插入哪個(gè)位點(diǎn)的問(wèn)題逗载。因?yàn)橥瑢W(xué)們手中可能有各種各樣的載體哆窿，所以在這里確實(shí)沒(méi)有辦法給同學(xué)們?cè)O(shè)置自動(dòng)...
各位老師、同學(xué)厉斟，大家好挚躯，今天向大家推出一款我最新開(kāi)發(fā)的、用于CRIPSR系統(tǒng)中sgRNA設(shè)計(jì)的軟件擦秽，CIDP码荔。 還是老規(guī)矩，首先向同學(xué)們介紹為什么做這么一款軟件感挥。 CRISP...
老規(guī)矩缩搅，先和同學(xué)們介紹一下為什么要做這么一款軟件？基因組比對(duì)paf格式文件： 當(dāng)同學(xué)們需要進(jìn)行基因組層面的序列比較時(shí)触幼，通常要面對(duì)如上所示的比對(duì)結(jié)果文件硼瓣，這個(gè)文件可能有幾十萬(wàn)甚...
@68e13bfc6728 我覺(jué)得是，也就是說(shuō)置谦，如果你的序列不是cds序列堂鲤，這個(gè)是用不了的
diamond & blast：DNA蛋白序列比對(duì)導(dǎo)讀 用query基因、DNA序列媒峡、16S擴(kuò)增子序列筑累、蛋白序列比對(duì)基因注釋、物種注釋 丝蹭、基因功能注釋數(shù)據(jù)庫(kù)慢宗。Blast準(zhǔn)確性高，速度慢奔穿。Diamond速度更快镜沽，常用于二代測(cè)序...
@朱橘橘 謝謝對(duì)SPDE感興趣，目前贱田，SPDE已經(jīng)滿員兩個(gè)群缅茉，可加到第三個(gè)QQ群中：442167241
如何使用SPDE進(jìn)行基因家族分析---序列的獲取以及比對(duì)看同學(xué)們掙扎在拿獎(jiǎng)學(xué)金、畢業(yè)和升學(xué)的路上而苦于沒(méi)有文章是時(shí)候給大家解決一下這個(gè)問(wèn)題了男摧。首先蔬墩，我們需要解決的是序列的問(wèn)題译打。我本身是做植物研究的，對(duì)植物較為了解拇颅，這幾個(gè)基因組網(wǎng)站...
@e04031c50da8 加到群里吧奏司，目前的版本已經(jīng)可以實(shí)現(xiàn)動(dòng)物的，在這里交流不太方便
GFAP---Transcription factor模塊對(duì)于一些沒(méi)有生信基礎(chǔ)的同學(xué)來(lái)說(shuō)樟插，想要從一堆未知功能的基因中挑選出想要的轉(zhuǎn)錄因子韵洋，可能還要花費(fèi)大量的時(shí)間成本去學(xué)習(xí)這個(gè)過(guò)程。而轉(zhuǎn)錄因子又在植物中起著非常重要的作用黄锤，因此又不得不...
@4f6196e92c65 這不是獨(dú)立的軟件搪缨，是SPDE的功能之一，可以考慮加到群里
For circos模塊---circos文件的準(zhǔn)備circos軟件在展示基因組信息方面具有十分重要的作用鸵熟。關(guān)于該軟件的使用可以在網(wǎng)上找到很多教程副编，但關(guān)于如何準(zhǔn)備運(yùn)行circos所需要的文件則沒(méi)有軟件可以實(shí)現(xiàn)。因此流强，特意開(kāi)發(fā)了...
后來(lái)發(fā)現(xiàn)齿桃，即便努力實(shí)現(xiàn)了各科代表物種的注釋?zhuān)谀承┣闆r下還是直接注釋可能更方便些。于是對(duì)GFAP添加了一個(gè)新的模塊煮盼，該模塊直接用pfam, GO, KEGG官網(wǎng)數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋...
請(qǐng)教大佬一個(gè)問(wèn)題：比對(duì)結(jié)果里面標(biāo)注負(fù)鏈的，它對(duì)應(yīng)的位置信息是怎么算呢带污？是按照負(fù)鏈來(lái)還是按照正鏈來(lái)僵控？minimap2有沒(méi)有自動(dòng)調(diào)整？
Minimap2比對(duì)隨筆Minimap2是李恒大牛在2018年開(kāi)發(fā)的針對(duì)于三代測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)的工具鱼冀，minimap2的優(yōu)勢(shì)是速度快报破，而且聽(tīng)說(shuō)比對(duì)的結(jié)果也比較不錯(cuò)，不知道甩samtools幾條街千绪；缺...
@白菜罐 謝謝提問(wèn)充易，這其實(shí)是個(gè)經(jīng)驗(yàn)值，一般認(rèn)為1e-5就差不多荸型，這個(gè)值越小盹靴，代表?xiàng)l件越苛刻，出來(lái)的結(jié)果可能越準(zhǔn)確瑞妇，但一般不會(huì)設(shè)太小稿静，如果太小，有可能出現(xiàn)假陰性的情況
如何使用SPDE進(jìn)行基因家族分析---序列的獲取以及比對(duì)看同學(xué)們掙扎在拿獎(jiǎng)學(xué)金辕狰、畢業(yè)和升學(xué)的路上而苦于沒(méi)有文章是時(shí)候給大家解決一下這個(gè)問(wèn)題了改备。首先，我們需要解決的是序列的問(wèn)題蔓倍。我本身是做植物研究的悬钳，對(duì)植物較為了解盐捷，這幾個(gè)基因組網(wǎng)站...
@白菜罐這個(gè)主要是根據(jù)目前已經(jīng)發(fā)表的文獻(xiàn)來(lái)
如何使用SPDE進(jìn)行基因家族分析---序列的獲取以及比對(duì)看同學(xué)們掙扎在拿獎(jiǎng)學(xué)金、畢業(yè)和升學(xué)的路上而苦于沒(méi)有文章是時(shí)候給大家解決一下這個(gè)問(wèn)題了默勾。首先碉渡，我們需要解決的是序列的問(wèn)題。我本身是做植物研究的灾测，對(duì)植物較為了解爆价，這幾個(gè)基因組網(wǎng)站...
早年用一些外國(guó)軟件的時(shí)候總是希望能夠找到漢化版本，到自己做軟件了媳搪，反而忽視了這個(gè)問(wèn)題铭段。既然本照著為同學(xué)們解決問(wèn)題的原則，今天終于將GFAP進(jìn)行了漢化以更方便同學(xué)們的操作秦爆。至于...
@大叔的生信備忘錄 不客氣序愚，加油~
GFAP---GO analysis模塊GO富集分析是基因功能分析中非常重要的一個(gè)大類(lèi)，其主要的作用是為了人們提供基因發(fā)揮作用的類(lèi)型指導(dǎo)等限，即感興趣的基因到底在哪些生物學(xué)進(jìn)程中發(fā)揮作用爸吮。在GFAP中，可以根據(jù)近緣物種...
