1.加載數(shù)據(jù) 2.執(zhí)行默認的差異表達測試 Seurat 的大部分差異表達特征可以通過“FindMarkers()”函數(shù)訪問。 默認情況下骂蓖,Seurat 基于非參數(shù) Wilco...

1.加載數(shù)據(jù) 2.執(zhí)行默認的差異表達測試 Seurat 的大部分差異表達特征可以通過“FindMarkers()”函數(shù)訪問。 默認情況下骂蓖,Seurat 基于非參數(shù) Wilco...
============================================寫在前面:可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做?[https://www.jians...
文章目錄 加載R包和輸入數(shù)據(jù) 表達數(shù)據(jù)整理3.edgeR包做差異表達4.limma包做差異表達5.DESeq2包做差異表達6.比較三種包差異表達基因篩選結果 1. 加載R包和...
寫這篇文章一部分原因是填2年前的一個坑 轉錄組入門(7):差異表達分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波無重復的差異表達分析, 所以專門去學了edgeR 我個人是不太推薦...
本期解讀 iTRAQ-based quantitative proteomic reveals proteomic changes in Serratia sp. CM01 ...
轉錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組找蜜,與特定DNA序列結合 (TFBS/motif) 腥例,調控DNA轉錄過程的一類蛋白質。轉錄...
今天學習繪制下面這個paper里面的一個圖子姜。 從圖中祟绊,可以看出,圖片分成2個部分哥捕,左邊是進化樹牧抽,右邊是類似氣泡圖。 下面我們用一組簡單的文件進行測試: 進化樹文件: (((A...
我在前面也分享過幾篇關于WGCNA的帖子遥赚,其實WGCNA本身就是對基因進行了加權共表達扬舒,合理分組的結果。 如果對于一個表達量矩陣凫佛,本身就至于2個分組讲坎,WT和處理,那么簡單的差...
背景 一行命令構建系統(tǒng)進化樹毫炉。其實這個想法去年的時就開始構思了瓮栗。當時在給師兄師姐幫忙構建幾個基因家族的系統(tǒng)進化樹,還是用著以前本科時候就學會的幾個Windows下的建樹軟件M...
背景 當我們使用 CentriMo 進行motif 富集后瞄勾,如采用下面的命令 會在test目錄產(chǎn)生三個文件(centrimo.html费奸,centrimo.tsv,site_c...
Enrichment Map是一個用于功能豐富可視化Cytoscape軟件的插件,必須使用任何可用方法在EnrichmentMap之外生成富集結果进陡。將基因集(例如通路和Gen...
文章目錄 第一課 新手上路 第三課 獲取外部數(shù)據(jù) 第四課 表達分析 第五課 使用Agilent Literature Search插件 第六課 GO分析 第七課 模塊和復合物...
1. 環(huán)境配置 2. 數(shù)據(jù)下載 (1)prefetch下載 首先找到要下載的數(shù)據(jù)(SRR...號)創(chuàng)建project文件夾 利用chipseq環(huán)境中prefetch 軟件進行...
跟著Cell學作圖|8.富集網(wǎng)絡圖(Cytoscape/ClueGO) “實踐是檢驗真理的唯一標準货邓。”“復現(xiàn)是學習R語言的最好辦法四濒。” DOI: 10.1016/j.cell...
歡迎關注”生信修煉手冊”! 在之前的文章中职辨,我們提到利用網(wǎng)絡聚類算法可以從復雜的蛋白質網(wǎng)絡中挖掘蛋白復合體或者相應的功能模塊盗蟆,其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白復合體的算法...
部分示例數(shù)據(jù)如下 第一列是數(shù)值 第二列是處理一-第三列是處理二 最終出圖如下 這里自動做統(tǒng)計檢驗的函數(shù)是 stat_compare_means() 首先是做箱線圖和小提琴圖的...
首先介紹如何在染色體上標注基因家族成員位置。先上圖: 要實現(xiàn)這個圖需要準備兩個文件舒裤,一個基因組格式化的fai文件喳资,該文件的獲取在: 需要注意的一點是,有些同學可能動過了自己的...