越來越懶了，不想寫記錄呀！算了蕴忆，強迫自己一把娩鹉！ 水平有限逾滥，若有錯誤掂榔，懇請指出窒百！ 信使RNA ( messenger RNA, mRNA)加工過程中的精細調(diào)控對基因的表達具有重...
發(fā)簡信
IP屬地：河北
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Dapars2 分析可變多聚腺苷酸化（APA 3’UTR）與腫瘤
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單細胞空間聯(lián)合分析之SpatialScope作者词裤，Evil Genius 今天有人問我刺洒，HD的出現(xiàn)是否會取代visium,我個人覺得短期不會，visium和HD會并行存在很長時間吼砂，現(xiàn)有的visium數(shù)據(jù)也也很大部分沒有...
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最新7+生信周偎，從單細胞出發(fā)抹剩，結(jié)合腫瘤分型并建模，確定基因進行實驗驗證影響因子：7.3 研究概述：作為最致命的乳腺癌亞型蓉坎，三陰性乳腺癌（TNBC）是一種侵襲性極強的內(nèi)分泌惡性腫瘤澳眷，復(fù)發(fā)率和遠處轉(zhuǎn)移率都很高。盡管化療和新輔助免疫療法在改善患者預(yù)后...
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蛋白組DIA分析：Spectronaut軟件使用指南官方文檔： https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf 0. 準(zhǔn)備 Spectronaut軟件是蛋白組DIA...
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生信 | 生信人搭建數(shù)據(jù)庫的學(xué)習(xí)流程
寫在前面 目前各種組學(xué)培訓(xùn)開展的如火如荼蛉艾，卻鮮有生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫搭建的相關(guān)教程和學(xué)習(xí)流程钳踊。原因有以下幾個： 1.學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)庫的搭建付出多衷敌，回報少。有這功夫應(yīng)該可以把大部分組學(xué)知...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組分析之DoubletFinder去除雙細胞單細胞轉(zhuǎn)錄組拓瞪，因為其技術(shù)原因缴罗，在很多時候，會造成雙細胞的情況祭埂，一般我們進行基礎(chǔ)的質(zhì)控之后瞒爬，好點的數(shù)據(jù)是沒有問題的。目前也有很多算法進行雙細胞的預(yù)測沟堡，但是一定要注意侧但，無論是哪種...
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RunPrestoAll：Seurat差異基因分析加速利器！單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的差異基因表達分析是一種用于比較不同細胞之間基因表達水平的方法航罗。在單細胞RNA測序數(shù)據(jù)中禀横，每個細胞的基因表達水平都被測量，并以基因計數(shù)矩陣的形式進行存儲粥血。差異...
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NBIS系列單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)（八）：擬時序細胞軌跡推斷第八節(jié)：擬時序細胞軌跡推斷 在本節(jié)教程中柏锄，我們將學(xué)習(xí)如何通過擬時序分析推斷細胞分化軌跡。slingshot包可以對單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)進行細胞分化譜系構(gòu)建和偽時間推斷复亏，它...
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單細胞細胞比例分析方法列舉1.利用箱線圖比較兩類樣本的某個細胞比例差異 比較直觀缔御，但是缺點在于如果單細胞樣本個數(shù)過少且異質(zhì)性大抬闷，導(dǎo)致很難有統(tǒng)計學(xué)顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個，我的...
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機器學(xué)習(xí)筆記8-GNN與GCN原理GNN 輸入：鄰接矩陣A?點的特征X 優(yōu)勢：傳統(tǒng)輸入的格式是固定的耕突，GNN可以接受更加復(fù)雜的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) 任務(wù)：graph級別的任務(wù)：對整個圖進行分類或預(yù)測Node或edge級別...
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RSS指數(shù)及regulon細胞類型特異性RSS特異性指數(shù) ??繼前一篇帖子[網(wǎng)絡(luò)CSI評估基因關(guān)聯(lián)性及regulon聚類模塊化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...
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8.8分1區(qū)純生信笤成，10種聚類方法+百種機器學(xué)習(xí)方法，可重復(fù)眷茁！影響因子：8.8 研究概述：膀胱癌是最常見的尿路上皮癌炕泳，其中肌層浸潤性膀胱癌（MIBC）往往進展迅速并發(fā)生轉(zhuǎn)移，死亡率高上祈。雖然免疫療法在肌層浸潤性尿路上皮癌（MUC）的治療中...
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算法筆記（3）-機器學(xué)習(xí)算法分類機器學(xué)習(xí)根據(jù)任務(wù)的不同培遵，可以分為監(jiān)督學(xué)習(xí)、無監(jiān)督學(xué)習(xí)登刺、半監(jiān)督學(xué)習(xí)籽腕、強化學(xué)習(xí)。具體總結(jié)成如下圖所示： 監(jiān)督學(xué)習(xí) 訓(xùn)練數(shù)據(jù)包含了類別信息塘砸。要解決的問題是分類和回歸节仿，分類典型的算法...
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轉(zhuǎn)移性黑色素瘤的綜合基因組分析（NGS panel + 機器學(xué)習(xí)）轉(zhuǎn)移性黑色素瘤的綜合基因組分析：來自7個意大利癌癥中心的網(wǎng)絡(luò)篩查結(jié)果 Comprehensive genomic profiling on metastatic Melano...
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多個單細胞數(shù)據(jù)集整合方法1. 整合不同數(shù)據(jù)集中同一類細胞方法： 該方法來自一篇21年5月份的Nature：Cross-tissue organization of the fibroblast li...
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單細胞3端和5端測序的區(qū)別單細胞5端測序就是再在每一個單獨的GEM里廊宪，除了 Gel Bead表面攜帶的Barcode和UMI所在的核酸序列，還有游離的poly-dT作為引物來結(jié)合RNA 3'端 pol...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.reibang.com/p/71ed43163ce1]女轿，但生成的結(jié)果沒有進行可視化箭启，...
