背景 feature 定義：基因組上對具有不同性質(zhì)區(qū)域的定義 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)。 優(yōu)點(diǎn)：利于分類整理結(jié)果假夺。 兩類測序bias 長度bi...
IP屬地：重慶
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關(guān)于readsCount、RPKM/FPKM搞乏、RPM(CPM)、TPM的理解
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方便快捷的smallRNA數(shù)據(jù)分析流程前言 ??今天來跟大家分享一個(gè)smallRNA的分析流程——sRNAnalyzer[http://srnanalyzer.systemsbiology.net/]无宿。這個(gè)流程是...
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CubicHeatMap - 重磅推出 - 魔方熱圖 - 偽三維Emmm, 今天的主圖拜银， 寫在前面 博士畢業(yè)論文中，使用的樣品包括： 不同的類型 / 或者說不同的組織 不同的時(shí)間 / 或者說時(shí)間序列所以遭垛，是一個(gè)多X多的設(shè)計(jì)。對于這類實(shí)驗(yàn)設(shè)...
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R繪圖 | 兩組genes的累積曲線分布比較操灿！
出發(fā)點(diǎn)： 源自Single cell RNA sequencing to dissect the molecular heterogeneity in lupus nephr...
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bamtofastq 將bam文件轉(zhuǎn)成fastq文件目標(biāo) 通常比對好的bam锯仪，如果需要重新比對，需要將文件轉(zhuǎn)成原始的測序文件的格式fastq趾盐。通過bedtools中的bamtofastq 能夠?qū)⑽募D(zhuǎn)成fastq bedtoo...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫于19.6.8之前最開始學(xué)習(xí)IGV的時(shí)候?qū)戇^兩篇推文久窟，當(dāng)時(shí)簡單做了了解，但有朋友說意猶未盡本缠，嗯我也這么覺得斥扛，總覺得還是學(xué)的不夠。推薦閱讀：https://github...
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【陳巍學(xué)基因-3】small RNA-seqMicro RNA參與許多的生命調(diào)節(jié)過程丹锹，是近十年來的一個(gè)研究重點(diǎn)稀颁。 這次介紹：1.small RNA建庫測序方法2.small RNA的生物信息學(xué)分析 表達(dá)量差異分析 聚類...
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生信介紹-資源分享與匯總
1. linux 學(xué)習(xí)：http://wiki.jikexueyuan.com/project/learn-linux-step-by-step/ 2.python：http...
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bedtools intersect簡單介紹整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具棱烂。本文只對使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹。 一般而言阶女，我們獲得了MACS的peak calling結(jié)果時(shí)颊糜，我們會想探...
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NGS 數(shù)據(jù)過濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過濾對后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率秃踩。Trimmomatic 是...
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基因組重復(fù)序列檢測：RepeatMasker的安裝及使用RepeatMasker是重復(fù)序列檢測的常用工具衬鱼，通過與參考數(shù)據(jù)庫的相似性比對來準(zhǔn)確識別或屏蔽基因組中的重復(fù)序列，屬于同源預(yù)測注釋的方式吞瞪。下文除了RepeatMasker的使...
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Read count霉颠、CPM、 RPKM荆虱、FPKM和TPM的區(qū)別1. 為什么我們要進(jìn)行Normalization 測序深度：某些低表達(dá)量的基因只有在較高的測序深度時(shí)才能檢測到蒿偎。一般而言，隨著測序深度的增加怀读，基因種類以及可變剪接體的數(shù)目也會...
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Kaplan-Meier生存分析的結(jié)果解讀和繪制方法1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一種單因素生存分析诉位，它可用于研究1個(gè)因素對于生存時(shí)間的影響。參考：生存分析之Kaplan-Meier曲線都告...
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利用R包TCGAbiolinks進(jìn)行各種數(shù)據(jù)下載下載TCGA數(shù)據(jù)的方法有很多菜枷，上一篇介紹了如何用gdc-client批量下載數(shù)據(jù)苍糠，基于網(wǎng)上有很多用TCGAbiolinks包下載數(shù)據(jù)的教程，所以也想學(xué)習(xí)一下這個(gè)方法啤誊。TCGA...
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不常上線蚊锹，有事可以找@547的小書童呀
