2018年6月Nature Methods上發(fā)表了一篇關(guān)于機(jī)器學(xué)習(xí)分析特定基因集內(nèi)部關(guān)系工具的文章，簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)就是，通常我們做了差異基因分析得到一個(gè)基因集合腥沽，然后會(huì)用GO/KE...
IP屬地：青海
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GeNets：發(fā)表在nature上的基因組分析網(wǎng)站平臺(tái)工具 -
Augur || 尋找最先對(duì)實(shí)驗(yàn)條件做出響應(yīng)的細(xì)胞亞群我們提出了Augur寺酪，一種在單細(xì)胞數(shù)據(jù)中對(duì)生物擾動(dòng)最敏感的細(xì)胞類型進(jìn)行優(yōu)先排序的方法歹鱼。Augur采用了一個(gè)機(jī)器學(xué)習(xí)框架來(lái)量化高維空間中擾動(dòng)細(xì)胞和未擾動(dòng)細(xì)胞的可分離性比藻。我們?cè)趩?..
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iMAP: 單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合工具天花板說(shuō)在前面 Immugent在前段時(shí)間的一篇推文中：SciBet:一個(gè)軟件解決單細(xì)胞注釋所有煩惱[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4Mj...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘的起點(diǎn)：你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)中到底有哪些細(xì)胞類型?
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的普及边琉，為生命科學(xué)的研究提供了全新的手段绿语⊥褐ⅲ基于高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，既能發(fā)現(xiàn)特定組織中可能的細(xì)胞類型吕粹，也能了解不同細(xì)胞組成上的差別种柑，更能通過(guò)基因表達(dá)圖譜...
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ggplot2做分組箱線圖，添加bar和均值并修飾圖形并不覺(jué)得ggplot2作圖多好看匹耕，尤其是箱線圖和柱狀圖需要大量的修飾聚请，現(xiàn)在介紹ggplot2做分組箱線圖，添加箱子的bar和均值的幾個(gè)函數(shù) stat_boxplot() 函數(shù)...
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hdWGCNA：?jiǎn)渭?xì)胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[http://www.reibang.com/p/9331eb5377d1] 單細(xì)胞WGCNA分析方法+隨機(jī)森林[https://www.jian...
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跟著Nature Communications學(xué)作圖：R語(yǔ)言ggplot2繪制帶有條紋的分組柱形圖論文 Pan-African genome demonstrates how population-specific genome graphs improve high-t...
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如何給Seurat對(duì)象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中既鞠，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋煤傍，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽，或者說(shuō)起個(gè)別名嘱蛋，這些信息都存在@meta.data信息里蚯姆，所以不用特意去更改細(xì)胞名字，S...
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Seurat,Harmony,LIGER 三種整合軟件比較
常見(jiàn)問(wèn)題： 1）Seurat CCA整合分析后什么情況下用RNAassay浑槽，什么時(shí)候用intergratedassay蒋失？ conserved cell type marker...
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Scillus：一個(gè)R包解決單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的所有美圖說(shuō)在前面 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析發(fā)展到現(xiàn)在越來(lái)越平民化了，如今對(duì)于很多小伙伴來(lái)說(shuō)桐玻，入門單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析要比幾年前簡(jiǎn)單多了篙挽，這主要得利于很多輕便而且一站式的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析軟件的使用，其中...
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要解決問(wèn)題2022.04.05
1镊靴、多樣本讀取與創(chuàng)建對(duì)象 參考:Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總[http://www.reibang.com/p/5b26d7bc37b7]SingleCellEx...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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ggplot作圖問(wèn)題：科學(xué)計(jì)數(shù)法和標(biāo)題換行真的是實(shí)踐出真知啊，很多小細(xì)節(jié)問(wèn)題煮落，平時(shí)自己作圖的時(shí)候也沒(méi)有注意過(guò)敞峭，更沒(méi)有思考過(guò)。最近小伙伴找作圖蝉仇，在小伙伴的仔細(xì)琢磨下旋讹，也是發(fā)現(xiàn)了平時(shí)沒(méi)有注意的小問(wèn)題，這里提示下轿衔，希望對(duì)你...
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可視化系列【四】：跟著Nature Communications學(xué)畫圖：蜂巢圖不積跬步沉迹，無(wú)以至千里 本期我們嘗試復(fù)現(xiàn)2023年3月31日發(fā)表在Nature Communications上的TRABID overexpression enables sy...
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跟著高分SCI學(xué)作圖 -- 復(fù)雜熱圖+漸變色連線從這個(gè)系列開(kāi)始，師兄就帶著大家從各大頂級(jí)期刊中的Figuer入手害驹，從仿照別人的作圖風(fēng)格到最后實(shí)現(xiàn)自己游刃有余的套用在自己的分析數(shù)據(jù)上鞭呕！這一系列絕對(duì)是高質(zhì)量！還不趕緊點(diǎn)贊+在看...
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nature級(jí)別圖表：一個(gè)注釋氣泡熱圖函數(shù)（適用于單細(xì)胞及普通數(shù)據(jù)）之前我們寫過(guò)一個(gè)函數(shù)宛官，主要是展示單細(xì)胞比例圖（nature級(jí)別圖表：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞比例統(tǒng)計(jì)可視化函數(shù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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GENIE3 || 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)推斷前情提要：AUCell：在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中識(shí)別細(xì)胞對(duì)“基因集”的響應(yīng)[http://www.reibang.com/p/2fb20f44da67]RcisTarget || ...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析之蛋白活性推斷篇作者葫松，Evil Genius 世事無(wú)常 315打假日 2月26日獲知家里電信詐騙，到今日過(guò)去了17天底洗，從一開(kāi)始的震驚腋么，到冷靜也僅用了3天， 我特別感謝那些幫助了我的人枷恕，很多...
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對(duì)于單個(gè)單細(xì)胞樣本党晋，多少的測(cè)序數(shù)據(jù)量才合適前言，今天剛好在群里看到有人問(wèn)“請(qǐng)問(wèn)10X一個(gè)樣本測(cè)多少個(gè)G比較好”徐块，群主給出了答復(fù)未玻，但是我對(duì)300這個(gè)數(shù)怎么來(lái)的還是不理解，出于好奇心胡控，于是去查了一些資料扳剿，最終理清楚了。 ...
