小滿娶夏 - 簡書

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小滿娶夏

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歐易生物
寫了 0 字，被 135 人關(guān)注，獲得了 48 個喜歡
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組
鯤鵬的生信筆記編雷绢，351 篇文章振亮，210 人關(guān)注

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的分析方法前沿追蹤

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影響人類歷史的大人物
朱小虎XiaohuZhu 編诵原，24 篇文章掉盅，5079 人關(guān)注

這些影響人類歷史的偉大思想會指引人類前進(jìn)的方向占婉。
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吳軍讀書會
Sting 編搜囱，91 篇文章丑瞧，655 人關(guān)注

收錄讀吳軍先生的書的讀書筆記柑土，如《浪潮之巔》、《數(shù)學(xué)之美》绊汹、《硅谷之謎》冰单、《文明之光???????》、《大學(xué)之路》等的讀書筆記或心得灸促，也可以是聽吳軍先生得到專欄《硅谷來信》的心得诫欠。
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GEO&TCGA數(shù)據(jù)庫挖掘
765f2ea50d22 編，-2 篇文章浴栽，114 人關(guān)注

生信小白也能玩轉(zhuǎn)GEO/TCGA數(shù)據(jù)庫荒叼，關(guān)注微信公眾號：“百味科研芝士”，解鎖更多技能
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生信小白成長記
琪音編典鸡，15 篇文章被廓，351 人關(guān)注

農(nóng)學(xué)跨生信，之前總覺得萝玷，沒人教嫁乘，怕走彎路，遲遲不肯踏踏實實從基礎(chǔ)一點一點積累慢慢學(xué)起球碉。一會看看生物蜓斧，一會寫寫代碼，抓不住重點也沒有提高睁冬。后來關(guān)注了生信技能樹挎春，還蹭了建設(shè)人Jimmy大佬組織的線下聚會，聽到幾位大佬介紹后豆拨，發(fā)現(xiàn)他們都是自學(xué)直奋，自己摸索的，并且給我強(qiáng)調(diào)了記筆記的重要性施禾。這是一個對知識管理的過程脚线，記錄下學(xué)習(xí)的一點一滴，寫下來的筆記是給自己的（有時候會覺得寫的不好弥搞，也不敢分享出來邮绿，沒有正向激勵，漸漸就不寫了）拓巧，當(dāng)然如果也可以像大佬們那樣對他人的學(xué)習(xí)起到幫助斯碌，我也會覺得非常榮幸和開心吶。加油啦～～
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RNA-seq小考核作業(yè)
因地制宜的生信達(dá)人編肛度，3 篇文章傻唾，197 人關(guān)注

作業(yè)在：RNA-seq小考核 | 生信菜鳥團(tuán)，鏈接是 http://www.bio-info-trainee.com/3920.html 任務(wù)量有點重，歡迎大家在提交作業(yè)的同時寫一下自己的心得體會冠骄，踩坑記錄等等

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Perl小推車
白菜代碼小推車編伪煤，101 篇文章，189 人關(guān)注

本小推車專門推各種perl相關(guān)的基本語法介紹凛辣，資源抱既，應(yīng)用。特別是與生物信息學(xué)應(yīng)用相關(guān)的文章扁誓。 ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的防泵，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? perl基本語法蝗敢，比如和python語法的區(qū)別 ?? perl上下文捷泞，比如將列表賦值給標(biāo)量會發(fā)生什么 ?? perl特殊變量，比如$_ $/ $\ ?? perl入門寿谴，比如循環(huán)锁右，常見的正則使用等 ?? perl進(jìn)階，比如引用讶泰，比如map grep等 ?? perl高級咏瑟，比如命名空間，繼承痪署，閉包等 ?? perl的單行程序码泞，比如與linux的各個工具搭配 ?? perl常用模塊，比如File::Basename Yaml ?? perl繪圖惠桃，比如svg模塊浦夷，GD模塊，circos工具等等 ?? perl與生物信息學(xué)之間的關(guān)系辜王，比如用perl提取genbank ?? perl6的相關(guān)用法（生信不太建議學(xué)perl6）備注：本文很多的文章也可在 JSON_NULL 的專題『碼神之路：perl篇』中找到。這個專題對我的幫助很大罐孝，感謝這位簡友
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生信工具
白菜代碼小推車編呐馆，111 篇文章，706 人關(guān)注

一些生物信息學(xué)用到的軟件莲兢，工具汹来，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對比如blast改艇、bowtie收班、diamond等 ?? 多序列比對比如mega、clustalW谒兄、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools摔桦、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL邻耕、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK鸥咖、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測序質(zhì)量評估的FastQC兄世、BUSCO啼辣、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit御滩、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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生信在線數(shù)據(jù)庫
科研私家菜編鸥拧，89 篇文章，321 人關(guān)注

生信在線數(shù)據(jù)庫
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生信可視化
鄭寶童編削解，131 篇文章富弦，240 人關(guān)注

收集整理jianshu上生信可視化相關(guān)的文章
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生物信息筆記
wangpeng905 編，21 篇文章钠绍，573 人關(guān)注

記錄數(shù)據(jù)分析過程中遇到的那些讓我漲知識的坑舆声，生信札記

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生信分析流程
白菜代碼小推車編，194 篇文章柳爽，2700 人關(guān)注

收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章媳握。感謝這些簡友整理的生信分析流程！如果簡友投稿沒有被我收入專題磷脯，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強(qiáng)的專題中了蛾找。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的赵誓，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看打毛。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖俩功、曼哈頓圖的繪制等 ?? python幻枉、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用诡蜓，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法熬甫，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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生信修煉
LeoinUSA 編，98 篇文章蔓罚，207 人關(guān)注

生信學(xué)習(xí)的心得體會椿肩，和大家分享
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生信相關(guān)
lian_xin 編，208 篇文章豺谈，367 人關(guān)注
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R語言作業(yè)
因地制宜的生信達(dá)人編郑象，66 篇文章，786 人關(guān)注

歡迎大家分享自己在完成生信技能樹R語言作業(yè)時的筆記心得初級10 個題目：http://www.bio-info-trainee.com/3793.html 中級要求是：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html 高級要求是完成20題： http://www.bio-info-trainee.com/3415.html
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生物信息學(xué)從零開始學(xué)
柳葉刀與小鼠標(biāo) 編茬末，137 篇文章厂榛，928 人關(guān)注

記錄學(xué)習(xí)生信的點滴

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生物信息雜談
生信雜談編，125 篇文章，986 人關(guān)注

計算機(jī)輔助藥物涉及噪沙、測序分析炼彪、Python、R正歼、機(jī)器學(xué)習(xí)辐马、論文寫作、網(wǎng)站制作局义、LOL喜爷、dota2。熱愛生信萄唇，熱愛生活檩帐。
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生信猿
oddxix 編，136 篇文章另萤，811 人關(guān)注

微信公眾號oddxix 生物信息高通量測序
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生物信息學(xué)與算法
王詩翔編湃密，1232 篇文章，4346 人關(guān)注

生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA四敞，技術(shù)文檔與博客泛源，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者忿危、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題达箍，貢獻(xiàn)你的文字，無論是原創(chuàng)還是筆記铺厨，我們需要你缎玫，將本專題打造為生信知識寶庫、交流平臺解滓。內(nèi)容可以是對生物信息學(xué)與算法知識相關(guān)資源的收集赃磨、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計 * 計算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)