這個世界流行離開，但我們卻不擅長告別
發(fā)簡信
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@初色 看起來是你有一個變量沒有內(nèi)容
如何構(gòu)建表達矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個詞是我杜撰的鳍鸵，用來強調(diào)表達矩陣構(gòu)建過程并不簡單苇瓣。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢，講了他幫一個粉絲從公共數(shù)據(jù)庫...
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單細胞分析實錄(13): inferCNV結(jié)合UPhyloplot2分析腫瘤進化
這一個分析偿乖，我目前只在Nature Communications上面看到過兩篇文章击罪，都是2020年發(fā)表的。腫瘤進化是單細胞里面做腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性一個比較創(chuàng)新的角度贪薪，我參與的課題...
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在原有的UMAP上標注RNA velocity
1.讀入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的圖。 3.將RNA velocit...
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單細胞譜系分化高級算法2021.02.14今天收集了三個與譜系分化有關(guān)的單細胞高級算法：MAGIC（2018 Cell）毫别，PHATE（2019 NBT）娃弓，Palantir（2019 NBT）。它們...
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使用HINT-ATAC進行ATAC-Seq的footprinting分析關(guān)于ATAC-seq分析岛宦，在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯台丛，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...
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@請你吃糖_94e5 不客氣~
如何構(gòu)建表達矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個詞是我杜撰的，用來強調(diào)表達矩陣構(gòu)建過程并不簡單砾肺。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢挽霉，講了他幫一個粉絲從公共數(shù)據(jù)庫...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-18-scRNA包學(xué)習(xí)Monocle2劉小澤寫于19.9.2-第三單元第七講：使用scRNA包學(xué)習(xí)Monocle2筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：h...
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Monocle2包學(xué)習(xí)筆記（三）：Constructing Single Cell Trajectories
image Monocle2使用反向圖嵌入（Reversed Graph Embedding）的機器學(xué)習(xí)算法，來對單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)進行單細胞發(fā)育軌跡推斷分析变汪。Mono...
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GENIE3 || 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)推斷前情提要：AUCell：在單細胞轉(zhuǎn)錄組中識別細胞對“基因集”的響應(yīng)[http://www.reibang.com/p/2fb20f44da67]RcisTarget || ...
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單細胞軌跡推斷分析（擬時間分析）dyno使用教程作者：yuanzan鏈接：dyno使用教程--1個R包實現(xiàn)59種單細胞軌跡推斷分析)來源：微信公眾號著作權(quán)歸作者所有裙盾，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者硅蹦。 在上一期的《單細胞軌跡分析...
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單細胞軌跡（擬時間）分析軟件方法選擇指導(dǎo)原則作者：seqyuan鏈接：單細胞軌跡分析知多少--擬時間分析比較來源：微信公眾號著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者闷煤。 單細胞轉(zhuǎn)錄組、蛋白組涮瞻、表觀組學(xué)等單細胞技術(shù)的發(fā)...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析鲤拿，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程署咽，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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scRNA-seq數(shù)據(jù)分析 || Monocle3同系列文章： sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[http://www.reibang.com/p...
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@當鴨遇到雞 嗯有道理呀
提問|如何批量統(tǒng)計區(qū)間測序覆蓋度近顷？
項目背景 對bam文件按多種自定義的劃窗來統(tǒng)計區(qū)間的測序覆蓋度。 我的需求 對于同一個bam文件宁否，根據(jù)不同分割條件產(chǎn)生的多個bed文件窒升，循環(huán)批量計算測序覆蓋度。 比如慕匠，輸入為...
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@當鴨遇到雞 bedtools不能多線程饱须，沒辦法啦
提問|如何批量統(tǒng)計區(qū)間測序覆蓋度？
項目背景 對bam文件按多種自定義的劃窗來統(tǒng)計區(qū)間的測序覆蓋度台谊。 我的需求 對于同一個bam文件蓉媳，根據(jù)不同分割條件產(chǎn)生的多個bed文件，循環(huán)批量計算測序覆蓋度锅铅。 比如酪呻，輸入為...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心玩荠，又辜負了努力
