寫在前面 早前已經(jīng)推過《新手eggNOG-Mapper詳細(xì)教程》怠益，但仍然有很多人遇到使用問題。換句話盔憨，可能那個(gè)教程不能徹底解決大伙遇到的問題。于是我決定寫一個(gè)完美的教程缨称，徹底...
發(fā)簡(jiǎn)信
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零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM... -
用PLAM下的mcmctree做分歧時(shí)間估計(jì)
用mcmctree做分歧時(shí)間估計(jì)的時(shí)候遇到報(bào)錯(cuò)： 問題是序列不符合phylip格式废亭，每個(gè)名字沒有區(qū)分開 1.使用以下命令行將orthofinder處理好的多序列比對(duì)結(jié)果，fa...
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一個(gè)簡(jiǎn)易版提取最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的方法根據(jù)gff和基因組文件提取最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本有很多工具具钥，但發(fā)現(xiàn)沒有一個(gè)適合我的豆村，因?yàn)槟切┕ぞ哂懈鞣N輸入文件限制，例如GetTransTool[https://pypi.org/pro...
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貼心 | GXF Fix 修復(fù) / 優(yōu)化基因結(jié)構(gòu)注釋信息文件 - GTF/GFF3寫在前面 目前基因組測(cè)序和組裝成本幾乎已經(jīng)到任何一個(gè)課題組都可以單獨(dú)負(fù)擔(dān)的價(jià)碼骂删，大量物種的基因組序列被測(cè)定和釋放掌动。與此同時(shí)，對(duì)應(yīng)的基因結(jié)構(gòu)注釋信息文件宁玫，如GTF或GFF3文件...
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「基因組」日常工作之修改注釋文件和NCBI基因組下載
只想水一水粗恢，我某一天水別人的東西。今天欧瘪，看了半個(gè)小時(shí)的nextdenovo組裝 segmentation fault 報(bào)錯(cuò)異常眷射，終于從github上的回復(fù)看到了解決思路，老...
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超級(jí)爽佛掖！~精細(xì)比較近源物種 / 單倍型 / 基因組的神器妖碉！寫在前面 三年前，那時(shí)往“全國(guó)植物基因組會(huì)議”投個(gè)了摘要芥被，也準(zhǔn)備了下墻報(bào)欧宜，有點(diǎn)期待能得到點(diǎn)認(rèn)可。當(dāng)然和以前一樣拴魄，優(yōu)秀跟我沒啥關(guān)系冗茸。這是結(jié)果，結(jié)果當(dāng)然不會(huì)反過來影響過程匹中。為了讓...
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大佬夏漱，我想問下您修改后的gff文件有沒有嘗試上傳到ncbi呢？這樣修改后會(huì)不會(huì)有什么問題顶捷？
python-gffutils 修改gff3文件基因名稱
gff3格式 基因結(jié)構(gòu)注釋文件一般為gff3的格式挂绰，一共是9列，依次為基因組序列id焊切，注釋來源扮授，類型芳室，起始位置专肪，終止位置，得分堪侯，正負(fù)鏈嚎尤，相位，屬性伍宦⊙克溃基因結(jié)構(gòu)注釋文件中乏梁，基因包...
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python-gffutils 修改gff3文件基因名稱gff3格式 基因結(jié)構(gòu)注釋文件一般為gff3的格式，一共是9列关贵，依次為基因組序列id遇骑，注釋來源，類型揖曾，起始位置落萎，終止位置，得分炭剪，正負(fù)鏈练链，相位，屬性奴拦∶焦模基因結(jié)構(gòu)注釋文件中，基因包...
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跑通GWAS错妖，用這些腳本就夠了最近跑通了一遍GWAS分析绿鸣，全程在linux操作，雖然具體還有好多需要微調(diào)的地方暂氯，先把代碼整理分享出來mark一下 前期準(zhǔn)備 1.理論知識(shí) 強(qiáng)烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...
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如何對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋基因組組裝完成后枚驻，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個(gè)問題株旷，需要對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋再登。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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如何使用Juicebox 對(duì)juicer和3dDNA運(yùn)行后的HiC結(jié)果進(jìn)行可視化編輯推薦首先研讀官方github教程 Juicebox Assembly Tools[https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Juic...
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跟著Nature Genetics學(xué)數(shù)據(jù)分析：使用GEC軟件計(jì)算有效位點(diǎn)數(shù)從而確定GWAS的閾值論文 Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural variation across...
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「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖主成分分析(PCA)是一種線性降維方法晾剖，能從紛繁復(fù)雜的數(shù)據(jù)中抽離出關(guān)鍵因素锉矢，用來區(qū)分不同的樣本。這里我們不談PCA背后的數(shù)學(xué)原理齿尽，只談哪些軟件能夠處理數(shù)據(jù)沽损，我找到了以下三款 ...
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2022-06-14eggNOG注釋及cluster Profiler富集eggNOG網(wǎng)站注釋蛋白序列得到文件query_seqs.fa.emapper.annotations python環(huán)境 #git clone https://github....
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如何構(gòu)建表達(dá)矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個(gè)詞是我杜撰的，用來強(qiáng)調(diào)表達(dá)矩陣構(gòu)建過程并不簡(jiǎn)單循头。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個(gè)技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢绵估，講了他幫一個(gè)粉絲從公共數(shù)據(jù)庫...
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2022-07-09學(xué)習(xí)構(gòu)建orgdb庫以下內(nèi)容全部來自于此文章http://www.reibang.com/p/f2e4dbaae719[http://www.reibang.com/p/f2e4dbaae7...
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奇奇怪怪的gene symbol
有一些基因的symbol很奇怪，真百思--不得姐呀卡骂！比如: 純字母開頭 C orf 系列基因国裳，HS.系列基因，KRTAP系列基因全跨，LOC系列基因缝左，MIR系列基因，LINC系列...
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簡(jiǎn)潔 | 優(yōu)雅地整理 BLAST 比對(duì)結(jié)果寫在前面 用過 BLAST 進(jìn)行基因功能注釋的朋友應(yīng)該常常遇到兩個(gè)問題： BLAST 輸出格式較多，選擇哪一類輸出格式更為實(shí)用渺杉？ 輸出結(jié)果信息較多蛇数，如果方便下游數(shù)據(jù)分析？ B...
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circos畫圖中l(wèi)inks文件生成
文件格式要求 如何生成該格式是越？ 生成共線性文件NTX_1g01972 1972 NTX_1g01973 1973 1NTX_1g01980 1980 NTX...
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用TBtools做物種內(nèi)共線性分析（僅步驟）主要是參考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我們拿到的是以下的材料 1. Blast比對(duì) 根據(jù)以下選...