板塊“如何發(fā)高分”代號“Masterpiece”（杰作）旨在以圖講文，讓大家更快速更直觀的了解每篇高分文獻的“閃光點”。
文獻信息
【文獻標題】Delineating the dynamic evolution from preneoplasia to invasive lung adenocarcinoma by integrating single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics
【發(fā)表雜志】Exp Mol Med.（IF：12.153）
【發(fā)表時間】2022年11月
【應用技術】10x Genomics scRNA-seq湘纵；10x Genomics ST-seq
【關? 鍵? 詞】肺腺癌（LUAD），肺原位腺癌（AIS)滤淳，肺微浸潤腺癌（MIA)梧喷，浸潤性肺腺癌（IAC)，空間轉錄組聯(lián)合單細胞測序
閃光點
作為當下測序技術的新寵脖咐，空間铺敌、單細胞轉錄組測序聯(lián)用已然成為癌癥方向研究的熱點。本文首次利用單細胞和空間轉錄組技術對肺腺癌（LUAD）侵襲過程中細胞特異性變化及空間分布變化進行研究屁擅。并首次在單細胞水平發(fā)現(xiàn)AT2細胞和Clara細胞都可能是肺腺癌的起源細胞偿凭，挑戰(zhàn)了肺腺癌單純AT2起源的經典理論。
方法與結論
樣本：肺原位腺癌（AIS)派歌，肺微浸潤腺癌（MIA)弯囊，浸潤性肺腺癌（IAC)
亮點圖解析
單細胞轉錄組測序（scRNA-seq）能夠獲得每個細胞的表達信息，但是由于前期組織樣本被消化成單細胞懸液胶果，導致細胞在自然組織中空間分布信息的丟失匾嘱。空間轉錄組（ST-seq）能夠獲得空間維度的轉錄本分布信息早抠，但是每個spot可能捕獲了多個細胞的基因表達信息霎烙，所以達不到單細胞的分辨率[1]。
scRNA-seq得不到細胞空間位置信息蕊连，ST-seq達不到單細胞分辨率悬垃，但是如果將兩者結合起來分析，就能夠獲得在天然組織環(huán)境中單個細胞的轉錄特征咪奖，從而研究特定細胞亞群在發(fā)育盗忱、穩(wěn)態(tài)或疾病中的相互作用，輕松達到“1+1>2”的效果羊赵。
癌癥浸潤的意思就是腫瘤細胞突破基底膜并破壞周圍組織趟佃，腫瘤細胞會改造、重建微環(huán)境（TME）昧捷，來幫助其更好地生長闲昭、轉移。scRNA-seq與ST-seq聯(lián)用靡挥，可以將腫瘤細胞亞群映射到組織空間區(qū)域序矩，并描述它們與TME細胞亞群的相互作用。
本文使用RCTD（單細胞跋破、空間聯(lián)合的分析方法）[2]將單細胞類型分配到空間轉錄組spots上簸淀，具體來說就是通過計算每個spot的基因表達譜與參考數(shù)據(jù)集（scRNA-seq數(shù)據(jù)集）中的不同細胞類型的基因表達譜之間的相似度或相關性瓶蝴，來推斷每個spot內包含了哪些細胞類型，以及它們各自占的比例租幕。之后通過分析比較LUAD侵襲過程中癌癥區(qū)域各細胞亞群的富集程度來研究TME細胞空間分布在LUAD侵襲中的影響男窟。
肺癌、乳腺癌颤枪、導管癌汗捡、胃癌等都會出現(xiàn)浸潤癌階段，研究癌癥侵襲浸潤過程中癌細胞以及TME細胞亞群特異性變化汇鞭、空間分布變化及細胞分子機制有助于我們揭示癌癥的動態(tài)演化規(guī)律凉唐，為癌癥的臨床早期診斷和精準治療提供理論基礎和指導。
詳細解析
小編將整篇文獻的研究方法及結論以流程圖的形式展現(xiàn)出來霍骄，想繼續(xù)了解文獻詳細脈絡的朋友們台囱，可以查看高清解析圖。
引用文獻
[1] Rao, Anjali et al. “Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics.”?Nature?vol. 596,7871 (2021): 211-220. doi:10.1038/s41586-021-03634-9
[2] Cable, Dylan M et al. “Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics.”?Nature biotechnology?vol. 40,4 (2022): 517-526. doi:10.1038/s41587-021-00830-w
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